seq1 = pF1KE9548.tfa, 1194 bp
seq2 = pF1KE9548/gi568815588r_69304883.tfa (gi568815588r:69304883_69516323), 211441 bp

>pF1KE9548 1194
>gi568815588r:69304883_69516323 (Chr10)

(complement)

1-392  (100001-100392)   99% ->
393-587  (101185-101379)   100% ->
588-741  (107249-107402)   99% ->
742-938  (109044-109240)   100% ->
939-1194  (111240-111495)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGACCTGTGACATTGTGACTGAAGCCAATATCTCATCTGGCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGACCTGTGACATTGTGACTGAAGCCAATATCTCATCTGGCCCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCAACACCACGGGCACCACAGCCTTCTCCATGCCCAGCTGGCAACTGG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCAACACCACGGGCATCACAGCCTTCTCCATGCCCAGCTGGCAACTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACTGTGGGCCACAGCCTACCTGGCCCTGGTGCTGGTGGCCGTGACGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACTGTGGGCCACAGCCTACCTGGCCCTGGTGCTGGTGGCCGTGACGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGCCATCGTCATCTGGATCATCCTGGCCCATCGGAGGATGCGCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGCCATCGTCATCTGGATCATCCTGGCCCATCGGAGGATGCGCACAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCAACTACTTCATCGTCAATCTGGCGCTGGCTGACCTCTGCATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCAACTACTTCATCGTCAATCTGGCGCTGGCTGACCTCTGCATGGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTCAATGCCGCCTTCAACTTTGTCTATGCCAGCCACAACATCTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTTCAATGCCGCCTTCAACTTTGTCTATGCCAGCCACAACATCTGGTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGGCCGTGCCTTCTGCTACTTCCAGAACCTCTTCCCCATCACAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGGCCGTGCCTTCTGCTACTTCCAGAACCTCTTCCCCATCACAGCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTTTGTCAGCATCTACTCCATGACCGCCATTGCTGCCGACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100351 GTTTGTCAGCATCTACTCCATGACCGCCATTGCTGCCGACAGGCA...CA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    393  GTACATGGCCATCGTCCACCCCTTCCAGCCTCGGCTTTCAGCTCCCAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101184 GGTACATGGCCATCGTCCACCCCTTCCAGCCTCGGCTTTCAGCTCCCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCAAGGCGGTTATTGCTGGCATCTGGCTGGTGGCTCTCGCCCTGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101234 ACCAAGGCGGTTATTGCTGGCATCTGGCTGGTGGCTCTCGCCCTGGCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCCTCAGTGCTTCTACTCCACCGTCACCATGGACCAGGGTGCCACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101284 CCCTCAGTGCTTCTACTCCACCGTCACCATGGACCAGGGTGCCACCAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCGTGGTGGCCTGGCCCGAAGACAGCGGGGGCAAGACGCTCCTCCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101334 GCGTGGTGGCCTGGCCCGAAGACAGCGGGGGCAAGACGCTCCTCCTGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588      GTACCACCTCGTGGTGATCGCCCTCATCTACTTCCTGCCGCTCGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101384 ..CAGGTACCACCTCGTGGTGATCGCCCTCATCTACTTCCTGCCGCTCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGTGATGTTTGTAGCCTACAGCGTCATCGGCCTCACGCTCTGGAGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107294 GGTGATGTTTGTAGCCTACAGCGTCATCGGCCTCACGCTCTGGAGGCGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAGTGCCCGGACATCAGGCGCACGGTGCCAACCTGCGCCACCTGCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107344 CAGTGCCCGGACATCAGGCGCACGGTGCCAACCTGCGCCACCTGCAGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAGAAGAAG         TTTGTGAAGACCATGGTGCTGGTGGTGCTGAC
        | |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107394 ATGAAGAAGGTG...CAGTTTGTGAAGACCATGGTGCTGGTGGTGCTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTTTGCCATCTGCTGGCTGCCCTACCACCTCTACTTCATCCTGGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109076 GTTTGCCATCTGCTGGCTGCCCTACCACCTCTACTTCATCCTGGGCAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCCAGGAGGACATCTACTGCCACAAGTTCATCCAGCAAGTCTACCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109126 TCCAGGAGGACATCTACTGCCACAAGTTCATCCAGCAAGTCTACCTGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTCTTCTGGTTGGCCATGAGCTCTACCATGTACAATCCCATCATCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109176 CTCTTCTGGTTGGCCATGAGCTCTACCATGTACAATCCCATCATCTACTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTGTCTCAACCACAG         GTTTCGCTCTGGATTCCGGCTTGCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109226 CTGTCTCAACCACAGGTG...CAGGTTTCGCTCTGGATTCCGGCTTGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TCCGCTGCTGCCCATGGGTCACACCCACCAAGGAAGATAAGCTCGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111266 TCCGCTGCTGCCCATGGGTCACACCCACCAAGGAAGATAAGCTCGAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACTCCCACGACCTCCCTCTCCACGAGAGTCAACAGGTGTCACACTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111316 ACTCCCACGACCTCCCTCTCCACGAGAGTCAACAGGTGTCACACTAAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GACTTTGTTCATGGCTGGGGACACAGCCCCCTCCGAGGCTACCAGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111366 GACTTTGTTCATGGCTGGGGACACAGCCCCCTCCGAGGCTACCAGTGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGGCGGGGCGTCCCCAGGATGGATCAGGGCTATGGTTTGGGTATGGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111416 AGGCGGGGCGTCCCCAGGATGGATCAGGGCTATGGTTTGGGTATGGTTTG

   1200     .    :    .    :    .    :
   1165 CTTGCCCCCACCAAAACTCATGTTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 111466 CTTGCCCCCACCAAAACTCATGTTGAAATT