seq1 = pF1KE9547.tfa, 1659 bp
seq2 = pF1KE9547/gi568815581f_9726064.tfa (gi568815581f:9726064_9989702), 263639 bp

>pF1KE9547 1659
>gi568815581f:9726064_9989702 (Chr17)

1-189  (100001-100189)   100% ->
190-277  (107744-107831)   100% ->
278-382  (110308-110412)   100% ->
383-504  (116432-116553)   100% ->
505-611  (128432-128538)   100% ->
612-765  (131360-131513)   100% ->
766-925  (133879-134038)   100% ->
926-986  (135076-135136)   100% ->
987-1056  (135958-136027)   100% ->
1057-1145  (144684-144772)   100% ->
1146-1284  (154315-154453)   100% ->
1285-1326  (161869-161910)   100% ->
1327-1659  (163307-163639)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTGGGATCGAGCAGGGCAGGGCCTGGGAGAGGAAGCGCGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCTGGGATCGAGCAGGGCAGGGCCTGGGAGAGGAAGCGCGGGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGCCTGGCGTCCACGAGCTGCCCATGGGCATCCCTGCCCCCTGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGCCTGGCGTCCACGAGCTGCCCATGGGCATCCCTGCCCCCTGGGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGTCCTCTCTCCTTCCACAGGAAGTGCTCTCTCTGGGCCCCTGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGTCCTCTCTCCTTCCACAGGAAGTGCTCTCTCTGGGCCCCTGGGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCTTCCTCACTCTGGTCCTGCTGGTTTCCATCAAGCAA         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100151 CCCTTCCTCACTCTGGTCCTGCTGGTTTCCATCAAGCAAGTA...CAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACAGGATCCCTCCTTGAGGAAACGACTCGGAAGTGGGCTCAGTACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107746 TACAGGATCCCTCCTTGAGGAAACGACTCGGAAGTGGGCTCAGTACAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCATGTCTGAGAGACTTACTCAAGGAACCTTCTG         GCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107796 AGGCATGTCTGAGAGACTTACTCAAGGAACCTTCTGGTA...TAGGCATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTTGTAACGGGACATTTGATCAGTACGTGTGTTGGCCTCATTCTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110313 TTTTGTAACGGGACATTTGATCAGTACGTGTGTTGGCCTCATTCTTCTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGAAATGTCTCTGTACCCTGCCCTTCATACTTACCTTGGTGGAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110363 TGGAAATGTCTCTGTACCCTGCCCTTCATACTTACCTTGGTGGAGTGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383          AGAGCTCAGGAAGGGCCTACAGACACTGCTTGGCTCAGGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110413 GTA...CAGAGAGCTCAGGAAGGGCCTACAGACACTGCTTGGCTCAGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTTGGCAGACGATAGAGAACGCCACGGATATTTGGCAGGATGACTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116473 ACTTGGCAGACGATAGAGAACGCCACGGATATTTGGCAGGATGACTCCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATGCTCCGAGAACCACAGCTTCAAGCAAAAC         GTGGATCGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116523 ATGCTCCGAGAACCACAGCTTCAAGCAAAACGTG...CAGGTGGATCGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCCTTGCTGTCAACCTTGCAGCTGATGTACACCGTGGGATACTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128442 ATGCCTTGCTGTCAACCTTGCAGCTGATGTACACCGTGGGATACTCCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCTCTTATCTCCCTCTTCCTGGCTCTCACCCTCCTCTTGTTTCTTCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 128492 TCTCTTATCTCCCTCTTCCTGGCTCTCACCCTCCTCTTGTTTCTTCGGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    612       AAAACTCCACTGCACGCGCAACTACATCCACATGAACTTGTTTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128542 ...CAGAAAACTCCACTGCACGCGCAACTACATCCACATGAACTTGTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTTCTTTCATCCTGAGAACCCTGGCTGTACTGGTGAAGGACGTCGTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131404 CTTCTTTCATCCTGAGAACCCTGGCTGTACTGGTGAAGGACGTCGTCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACAACTCTTACTCCAAGAGGCCTGACAATGAGAATGGGTGGATGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131454 TACAACTCTTACTCCAAGAGGCCTGACAATGAGAATGGGTGGATGTCCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTGTCAGAG         ATGTCCACCTCCTGCCGCTCAGTCCAGGTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 131504 CCTGTCAGAGGTA...CAGATGTCCACCTCCTGCCGCTCAGTCCAGGTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTTGCATTACTTTGTGGGTGCCAATTACTTATGGCTGCTGGTTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133910 TCTTGCATTACTTTGTGGGTGCCAATTACTTATGGCTGCTGGTTGAAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCTACCTCCACACGCTGCTGGAGCCCACAGTGCTTCCTGAGAGGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133960 CTCTACCTCCACACGCTGCTGGAGCCCACAGTGCTTCCTGAGAGGCGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GTGGCCCAGATACCTGCTGTTGGGTTGGG         CCTTCCCTGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 134010 GTGGCCCAGATACCTGCTGTTGGGTTGGGGTG...CAGCCTTCCCTGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TATTTGTTGTACCCTGGGGTTTCGCCCGTGCACACCTGGAGAACACAGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 135088 TATTTGTTGTACCCTGGGGTTTCGCCCGTGCACACCTGGAGAACACAGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987         GTGCTGGACAACAAATGGGAATAAGAAAATCTGGTGGATCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135138 TA...TAGGTGCTGGACAACAAATGGGAATAAGAAAATCTGGTGGATCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCGAGGACCCATGATGCTCTGTGTAACA         GTCAATTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 136000 CCGAGGACCCATGATGCTCTGTGTAACAGTA...AAGGTCAATTTCTTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCTTCCTGAAAATTCTCAAGCTTCTCATTTCTAAGCTCAAAGCTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144697 TCTTCCTGAAAATTCTCAAGCTTCTCATTTCTAAGCTCAAAGCTCATCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATGTGCTTCAGAGATTATAAATACAG         ATTGGCAAAATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 144747 ATGTGCTTCAGAGATTATAAATACAGGTG...CAGATTGGCAAAATCAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 ACTGGTCCTCATTCCTTTATTGGGCGTTCATGAGATCCTCTTCTCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154330 ACTGGTCCTCATTCCTTTATTGGGCGTTCATGAGATCCTCTTCTCTTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCACTGATGATCAAGTTGAAGGATTTGCAAAACTTATACGACTTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154380 TCACTGATGATCAAGTTGAAGGATTTGCAAAACTTATACGACTTTTCATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAGTTGACACTGAGCTCCTTTCAT         GGGTTCCTGGTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 154430 CAGTTGACACTGAGCTCCTTTCATGTA...CAGGGGTTCCTGGTGGCCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCAGTATGGTTTTGCCAATGGAGAG         GTGAAGGCTGAGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 161886 GCAGTATGGTTTTGCCAATGGAGAGGTA...CAGGTGAAGGCTGAGCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GGAAATACTGGGTCCGCTTCTTGCTAGCCCGCCACTCAGGCTGCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163323 GGAAATACTGGGTCCGCTTCTTGCTAGCCCGCCACTCAGGCTGCAGAGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TGTGTCCTGGGGAAGAACTTCCGGTTCCTAGGAAAATGTCCCAAGAAGCT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163373 TGTGTCCTGGGGAAGGACTTCCGGTTCCTAGGAAAATGTCCCAAGAAGCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTCGGAAGGAGATGGCGCTGAGAAGCTTCGGAAGCTGCAGCCCTCACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163423 CTCGGAAGGAGATGGCGCTGAGAAGCTTCGGAAGCTGCAGCCCTCACTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACAGTGGGCGGCTCCTACACCTAGCCATGCGAGGTCTTGGGGAGCTGGGC
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 163473 ACAGTGGGCGGCTCCTACATCTAGCCATGCGAGGTCTTGGGGAGCTGGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCCCAGCCCCAACAGGACCATGCACGCTGGCCCCGGGGCAGCAGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163523 GCCCAGCCCCAACAGGACCATGCACGCTGGCCCCGGGGCAGCAGCCTGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CGAGTGCAGTGAGGGGGATGTCACCATGGCCAACACCATGGAGGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163573 CGAGTGCAGTGAGGGGGATGTCACCATGGCCAACACCATGGAGGAGATTC

   1750     .    :    .
   1643 TGGAAGAGAGTGAGATC
        |||||||||||||||||
 163623 TGGAAGAGAGTGAGATC