seq1 = pF1KE9541.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KE9541/gi568815581r_4932960.tfa (gi568815581r:4932960_5134606), 201647 bp

>pF1KE9541 1344
>gi568815581r:4932960_5134606 (Chr17)

(complement)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-1010  (100249-101128)   99% ->
1011-1134  (101223-101346)   100% ->
1135-1344  (101438-101647)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCACCCACGCTGGGCCGTCTGGTGCTGACCCACCTGCTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCACCCACGCTGGGCCGTCTGGTGCTGACCCACCTGCTGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTTTTTGGCATGGGCTCCTGGGCTGCTGTGAACGGGATCTGGGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTTTTTGGCATGGGCTCCTGGGCTGCTGTGAACGGGATCTGGGTGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCTGTGGTGGTAAAAGACCTTCCAGAGG         GTTGGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TGCCTGTGGTGGTAAAAGACCTTCCAGAGGGTG...CAGGTTGGAGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTCATACCTCTCTGTGGTTGTGGCGCTGGGAAACCTGGGTCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100260 CCCTCATACCTCTCTGTGGTTGTGGCGCTGGGAAACCTGGGTCTGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGACCCTGTGGAGGCGGCTGGCCCCGGGCAAGGGCGAGCAGGTCCCCA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100310 GGTGACCCTGTGGAGGCAGCTGGCCCCGGGCAAGGGCGAGCAGGTCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCAGGTGGTACAGGTGCTGAGTGTAGTGGGCACAGCCCTGCTGGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100360 TCCAGGTGGTACAGGTGCTGAGTGTAGTGGGCACAGCCCTGCTGGCCCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTGGCACCACGTGGCCCCAGTGGCAGGGCAGCTCCACTCTGTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100410 CTGTGGCACCACGTGGCCCCAGTGGCAGGGCAGCTCCACTCTGTGGCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTAACTCTGGCCTTGGTGTTGGCAATGGCCTGTTGTACCTCTAATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100460 CCTAACTCTGGCCTTGGTGTTGGCAATGGCCTGTTGTACCTCTAATGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTTCCTGCCCTTCCTGAGCCACCTGCCACCTCCTTTCTTACGGTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100510 CTTTCCTGCCCTTCCTGAGCCACCTGCCACCTCCTTTCTTACGGTCTTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCCTGGGTCAGGGTCTCAGTGCCCTACTCCCCTGTGTGCTGGCCCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100560 TTCCTGGGTCAGGGTCTCAGTGCCCTACTCCCCTGTGTGCTGGCCCTAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCAAGGTGTGGGCCGCCTCGAGTGCCCACCAGCGCCCACCAATGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100610 GCAAGGTGTGGGCCGCCTCGAGTGCCCACCAGCGCCCACCAATGGCACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGGGCCTCCCCTCGACTTCCCTGAGCGTTTTCCTGCCAGCACCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100660 CTGGGCCTCCCCTCGACTTCCCTGAGCGTTTTCCTGCCAGCACCTTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGGGCACTGACTGCCCTTCTGGTCACTTCAGCTGCCGCCTTCCGGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100710 TGGGCACTGACTGCCCTTCTGGTCACTTCAGCTGCCGCCTTCCGGGGTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTGTTGCTGTTGCCATCACTACCCTCTGTAACCACAGGGGGCTCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100760 CCTGTTGCTGTTGCCATCACTACCCTCTGTAACCACAGGGGGCTCAGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTGAACTTCAACTGGGATCCCCAGGAGCAGAGGAGGAAGAGAAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100810 CTGAACTTCAACTGGGATCCCCAGGAGCAGAGGAGGAAGAGAAGGAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GAAGAGGCTTTGCCATTGCAGGAGCCACCGAGCCAGGCAGCAGGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100860 GAAGAGGCTTTGCCATTGCAGGAGCCACCGAGCCAGGCAGCAGGCACCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CCCTGGCCCAGACCCTGAGGTCCATCAGCTGTTCTCAGCCCATGGTGCCT
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100910 CCCTGGCCCAGACCCTGAGGCCCATCAGCTGTTCTCAGCCCATGGTGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCCTGCTGGGCCTGATGGCCTTCACCAGTGCCGTGACCAATGGCGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100960 TCCTGCTGGGCCTGATGGCCTTCACCAGTGCCGTGACCAATGGCGTGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCTTCTGTGCAGAGCTTTTCCTGTTTGCCCTATGGGCGCCTGGCCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101010 CCTTCTGTGCAGAGCTTTTCCTGTTTGCCCTATGGGCGCCTGGCCTACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTGGCTGTGGTGCTGGGCAGTGCCGCCAACCCCCTTGCCTGCTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101060 CCTGGCTGTGGTGCTGGGCAGTGCCGCCAACCCCCTTGCCTGCTTCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCATGGGCGTGCTGTGCAG         GTCCCTGGCAGGGCTGGTTGGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101110 CCATGGGCGTGCTGTGCAGGTG...CAGGTCCCTGGCAGGGCTGGTTGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTTTCTCTGCTGGGCATGCTCTTTGGGGCCTACCTGATGGCACTGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101245 CTTTCTCTGCTGGGCATGCTCTTTGGGGCCTACCTGATGGCACTGGCAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCTGAGCCCCTGCCCACCCCTGGTGGGCACCACTGCAGGGGTGGTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101295 CCTGAGCCCCTGCCCACCCCTGGTGGGCACCACTGCAGGGGTGGTCCTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TG         GTGCTGTCGTGGGTGCTGTGTCTGTGTGTGTTCTCATAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101345 TGGTG...CAGGTGCTGTCGTGGGTGCTGTGTCTGTGTGTGTTCTCATAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GTGAAGGTGGCTGCAAGCTCCCTGCTGCATGGTGGGGGTCGGCCGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101477 GTGAAGGTGGCTGCAAGCTCCCTGCTGCATGGTGGGGGTCGGCCGGCATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GCTGGCAGCTGGTGTGGCCATCCAAGTGGGCTCCCTGCTTGGTGCCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101527 GCTGGCAGCTGGTGTGGCCATCCAAGTGGGCTCCCTGCTTGGTGCCGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CCATGTTCCCTCCCACCAGCATCTACCACGTGTTTCAAAGCAGAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101577 CCATGTTCCCTCCCACCAGCATCTACCACGTGTTTCAAAGCAGAAAGGAC

   1350     .    :    .    :
   1324 TGTGTAGACCCCTGTGGCCCC
        |||||||||||||||||||||
 101627 TGTGTAGACCCCTGTGGCCCC