seq1 = pF1KE9538.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KE9538/gi568815594r_67640483.tfa (gi568815594r:67640483_67854335), 213853 bp

>pF1KE9538 984
>gi568815594r:67640483_67854335 (Chr4)

(complement)

1-522  (100001-100522)   100% ->
523-742  (109549-109768)   100% ->
743-984  (113612-113853)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAACAGTGCCTCTCCTGAACAGAATCAAAATCACTGTTCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAAACAGTGCCTCTCCTGAACAGAATCAAAATCACTGTTCAGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACAACAGCATCCCACTGATGCAGGGCAACCTCCCCACTCTGACCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACAACAGCATCCCACTGATGCAGGGCAACCTCCCCACTCTGACCTTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGGAAAGATCCGAGTGACGGTTACTTTCTTCCTTTTTCTGCTCTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGGAAAGATCCGAGTGACGGTTACTTTCTTCCTTTTTCTGCTCTCTGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTTTAATGCTTCTTTCTTGTTGAAACTTCAGAAGTGGACACAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCTTTAATGCTTCTTTCTTGTTGAAACTTCAGAAGTGGACACAGAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAGAAAGGGAAAAAGCTCTCAAGAATGAAGCTGCTCTTAAAACATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGAAAGGGAAAAAGCTCTCAAGAATGAAGCTGCTCTTAAAACATCTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTAGCCAACCTGTTGGAGACTCTGATTGTCATGCCACTGGATGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCTTAGCCAACCTGTTGGAGACTCTGATTGTCATGCCACTGGATGGGATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGAACATTACAGTCCAATGGTATGCTGGAGAGTTACTCTGCAAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGAACATTACAGTCCAATGGTATGCTGGAGAGTTACTCTGCAAAGTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGTTATCTAAAGCTTTTCTCCATGTATGCCCCAGCCTTCATGATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGTTATCTAAAGCTTTTCTCCATGTATGCCCCAGCCTTCATGATGGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGATCAGCCTGGACCGCTCCCTGGCTATCACGAGGCCCCTAGCTTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGATCAGCCTGGACCGCTCCCTGGCTATCACGAGGCCCCTAGCTTTGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCAACAGCAAAGTCGGACAGTCCATGGTTGGCCTGGCCTGGATCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCAACAGCAAAGTCGGACAGTCCATGGTTGGCCTGGCCTGGATCCTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAGTGTCTTTGCAGGACCACAG         TTATACATCTTCAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100501 TAGTGTCTTTGCAGGACCACAGGTA...CAGTTATACATCTTCAGGATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTCATCTAGCAGACAGCTCTGGACAGACAAAAGTTTTCTCTCAATGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109568 TTCATCTAGCAGACAGCTCTGGACAGACAAAAGTTTTCTCTCAATGTGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACACACTGCAGTTTTTCACAATGGTGGCATCAAGCATTTTATAACTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109618 ACACACTGCAGTTTTTCACAATGGTGGCATCAAGCATTTTATAACTTTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CACCTTCAGCTGCCTCTTCATCATCCCTCTTTTCATCATGCTGATCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109668 CACCTTCAGCTGCCTCTTCATCATCCCTCTTTTCATCATGCTGATCTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGCAAAAATCATCTTCACCCTGACACGGGTCCTTCATCAGGACCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109718 ATGCAAAAATCATCTTCACCCTGACACGGGTCCTTCATCAGGACCCCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 G         AACTACAACTGAATCAGTCCAAGAACAATATACCAAGAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109768 GGTA...CAGAACTACAACTGAATCAGTCCAAGAACAATATACCAAGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ACGGCTGAAGACTCTAAAAATGACGGTTGCATTTGCCACTTCATTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113652 ACGGCTGAAGACTCTAAAAATGACGGTTGCATTTGCCACTTCATTTACTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TCTGCTGGACTCCCTACTATGTCCTAGGAATTTGGTATTGGTTTGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113702 TCTGCTGGACTCCCTACTATGTCCTAGGAATTTGGTATTGGTTTGATCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAAATGTTAAACAGGTTGTCAGACCCAGTAAATCACTTCTTCTTTCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113752 GAAATGTTAAACAGGTTGTCAGACCCAGTAAATCACTTCTTCTTTCTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGCCTTTTTAAACCCATGCTTTGATCCACTTATCTATGGATATTTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113802 TGCCTTTTTAAACCCATGCTTTGATCCACTTATCTATGGATATTTTTCTC

   1000 
    983 TG
        ||
 113852 TG