seq1 = pF1KE9537.tfa, 972 bp
seq2 = pF1KE9537/gi568815593f_73023374.tfa (gi568815593f:73023374_73231727), 208354 bp

>pF1KE9537 972
>gi568815593f:73023374_73231727 (Chr5)

1-640  (100001-100640)   99% ->
641-782  (105017-105158)   100% ->
783-972  (108165-108354)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCCTGCAGCTGCTGCTGAGCCAGATGGGGACCAGCAGGACAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTCCTGCAGCTGCTGCTGAGCCAGATGGGGACCAGCAGGACAGACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCAGCAAACTCATCCTCTGCTTCTTTGTCTTCGGCGCCGTCTTGTTGT
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCAGCAAACTCATCTTCTGCTTCTTTGTCTTCGGCGCCGTCTTGTTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTGTGGGAGTCCTGCTCTCCATCTTTGGGTTCCAGGCATGCCAATATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTGTGGGAGTCCTGCTCTCCATCTTTGGGTTCCAGGCATGCCAATATAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCCTCCCAGACTGCCCCATGGTGCTCAAGGTGGCGGGGCCTGCATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCCTCCCAGACTGCCCCATGGTGCTCAAGGTGGCGGGGCCTGCATGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTGGTTGGGCTTGGGGCTGTGATCCTGGCCCGCTCCCGGGCGCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGTGGTTGGGCTTGGGGCTGTGATCCTGGCCCGCTCCCGGGCGCAACTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGCTCCGTGCAGGGCTGCAGAGAGGTCAGCAGATGGACCCCGACCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGCTCCGTGCAGGGCTGCAGAGAGGTCAGCAGATGGACCCCGACCGAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCATCTGTGGAGAGAGCCGCCAGTTTGCCCAGTGCCTTATCTTTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCATCTGTGGAGAGAGCCGCCAGTTTGCCCAGTGCCTTATCTTTGGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCTGTTCTTGACAAGCGGCATGCTCATCAGCGTCCTGGGCATTTGGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCTGTTCTTGACAAGCGGCATGCTCATCAGCGTCCTGGGCATTTGGGTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGGATGTGGCTCCAACTGGGCGCAGGAACCGCTAAACGAGACAGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGGATGTGGCTCCAACTGGGCGCAGGAACCGCTAAACGAGACAGACACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCGACTCAGAGCCCCGGATGTGTGGGTTCCTTTCTCTGCAGATCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCGACTCAGAGCCCCGGATGTGTGGGTTCCTTTCTCTGCAGATCATGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCCCTTGATTGTGCTTGTGGGATTGTGTTTCTTCGTGGTTGCCCATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCCCTTGATTGTGCTTGTGGGATTGTGTTTCTTCGTGGTTGCCCATGTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGAAGAGAAACACGCTGAATGCTGGCCAGGATGCCTCTGAGAGAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGAAGAGAAACACGCTGAATGCTGGCCAGGATGCCTCTGAGAGAGAAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGACAGATCCAGATTATGGAGCCTGTCCAGGTCACTGTAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100601 GGACAGATCCAGATTATGGAGCCTGTCCAGGTCACTGTAGGTG...TAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGACTCGGTAATAATATTTCCACCCCCTCCACCACCTTACTTTCCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105018 TGACTCGGTAATAATATTTCCACCCCCTCCACCACCTTACTTTCCTGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CTTCAGCTTCTGCGGTCGCTGAGAGTCCTGGAACTAACAGTCTGCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105068 CTTCAGCTTCTGCGGTCGCTGAGAGTCCTGGAACTAACAGTCTGCTTCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AATGAAAACCCCCCTTCATATTACAGTATTTTCAACTATGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105118 AATGAAAACCCCCCTTCATATTACAGTATTTTCAACTATGGGTA...TAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAGGACCCCAACTTCAGAGGGTGCAGCCTCTGAAAGAGACTGTGAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108165 CAGGACCCCAACTTCAGAGGGTGCAGCCTCTGAAAGAGACTGTGAATCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TATATACCATTTCTGGGACGAATTCATCTTCTGAGGCCTCACACACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108215 TATATACCATTTCTGGGACGAATTCATCTTCTGAGGCCTCACACACTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CATCTTCCATCTGAATTGCCTCCTAGATATGAAGAAAAAGAAAATGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108265 CATCTTCCATCTGAATTGCCTCCTAGATATGAAGAAAAAGAAAATGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGCTACATTCTTGCCTCTATCTTCTGAGCCTTCCCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108315 AGCTACATTCTTGCCTCTATCTTCTGAGCCTTCCCCACCG