seq1 = pF1KE9535.tfa, 2097 bp
seq2 = pF1KE9535/gi568815596r_48587700.tfa (gi568815596r:48587700_48855577), 267878 bp

>pF1KE9535 2097
>gi568815596r:48587700_48855577 (Chr2)

(complement)

1-161  (99907-100067)   100% ->
162-233  (124280-124351)   100% ->
234-308  (126351-126425)   100% ->
309-383  (129828-129902)   100% ->
384-458  (131882-131956)   100% ->
459-536  (132045-132122)   100% ->
537-605  (141524-141592)   100% ->
606-680  (146556-146630)   100% ->
681-866  (156778-156963)   100% ->
867-947  (161274-161354)   100% ->
948-2097  (166729-167878)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCAGCGGTTCTCGGCGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCTGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99907 ATGAAGCAGCGGTTCTCGGCGCTGCAGCTGCTGAAGCTGCTGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCCGCCGCTGCCACGAGCGCTGCGCGAGGCGCTCTGCCCTGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99957 GCAGCCGCCGCTGCCACGAGCGCTGCGCGAGGCGCTCTGCCCTGAGCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAACTGCGTGCCCGACGGCGCCCTGCGCTGCCCCGGCCCCACGGCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 GCAACTGCGTGCCCGACGGCGCCCTGCGCTGCCCCGGCCCCACGGCCGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCACTCGACT         ATCACTTGCCTACCTCCCTGTCAAAGTGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100057 CTCACTCGACTGTG...TAGATCACTTGCCTACCTCCCTGTCAAAGTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCATCTCAAGCTTTCAGAGGACTTAATGAGGTCATAAAAAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 124310 CCCATCTCAAGCTTTCAGAGGACTTAATGAGGTCATAAAAATGTA...TA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    234  TGAAATCTCTCAGATTGATTCCCTGGAAAGGATAGAAGCTAATGCCTTT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126350 GTGAAATCTCTCAGATTGATTCCCTGGAAAGGATAGAAGCTAATGCCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAACCTCCTCAATTTGTCTGAAAT         ACTGATCCAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 126400 GACAACCTCCTCAATTTGTCTGAAATGTA...CAGACTGATCCAGAACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAAAAATCTGAGATACATTGAGCCCGGAGCATTTATAAATCTTCCCCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129843 CAAAAATCTGAGATACATTGAGCCCGGAGCATTTATAAATCTTCCCCGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAAAATACTT         GAGCATCTGTAACACAGGCATCAGAAAGTTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 129893 TAAAATACTTGTG...CAGGAGCATCTGTAACACAGGCATCAGAAAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCAGATGTTACGAAGGTCTTCTCCTCTGAATCAAATTTCATTCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 131913 CCAGATGTTACGAAGGTCTTCTCCTCTGAATCAAATTTCATTCTGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    459    GGAAATTTGTGATAACTTACACATAACCACCATACCAGGAAATGCTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132042 AAGGGAAATTTGTGATAACTTACACATAACCACCATACCAGGAAATGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTCAAGGGATGAATAATGAATCTGTAACACT         CAAACTATAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 132092 TTCAAGGGATGAATAATGAATCTGTAACACTGTG...CAGCAAACTATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGAAATGGATTTGAAGAAGTACAAAGTCATGCATTCAATGGGACGACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141534 GGAAATGGATTTGAAGAAGTACAAAGTCATGCATTCAATGGGACGACACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GACTTCACT         GGAGCTAAAGGAAAACGTACATCTGGAGAAGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 141584 GACTTCACTGTA...CAGGGAGCTAAAGGAAAACGTACATCTGGAGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGCACAATGGAGCCTTCCGTGGGGCCACAGGGCCGAAAACCTT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 146588 TGCACAATGGAGCCTTCCGTGGGGCCACAGGGCCGAAAACCTTGTG...C

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    681   GGATATTTCTTCCACCAAATTGCAGGCCCTGCCGAGCTATGGCCTAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156776 AGGGATATTTCTTCCACCAAATTGCAGGCCCTGCCGAGCTATGGCCTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GTCCATTCAGAGGCTAATTGCCACGTCATCCTATTCTCTAAAAAAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156826 GTCCATTCAGAGGCTAATTGCCACGTCATCCTATTCTCTAAAAAAATTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CATCAAGAGAAACATTTGTCAATCTCCTGGAGGCCACGTTGACTTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156876 CATCAAGAGAAACATTTGTCAATCTCCTGGAGGCCACGTTGACTTACCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AGCCACTGCTGTGCTTTTAGAAACTTGCCAACAAAAGA         ACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 156926 AGCCACTGCTGTGCTTTTAGAAACTTGCCAACAAAAGAGTA...CAGACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GAATTTTTCACATTCCATTTCTGAAAACTTTTCCAAACAATGTGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161277 GAATTTTTCACATTCCATTTCTGAAAACTTTTCCAAACAATGTGAAAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CAGTAAGGAAAGTGAATAACAAAACACT         TTATTCTTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 161327 CAGTAAGGAAAGTGAATAACAAAACACTGTA...CAGTTATTCTTCCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CTTGCTGAGAGTGAACTGAGTGGCTGGGACTATGAATATGGTTTCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166742 CTTGCTGAGAGTGAACTGAGTGGCTGGGACTATGAATATGGTTTCTGCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ACCCAAGACACCCCGATGTGCTCCTGAACCAGATGCTTTTAATCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166792 ACCCAAGACACCCCGATGTGCTCCTGAACCAGATGCTTTTAATCCCTGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAGATATTATGGGCTATGACTTCCTTAGGGTCCTGATTTGGCTGATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166842 AAGATATTATGGGCTATGACTTCCTTAGGGTCCTGATTTGGCTGATTAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATTCTAGCCATCATGGGAAACATGACTGTTCTTTTTGTTCTCCTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166892 ATTCTAGCCATCATGGGAAACATGACTGTTCTTTTTGTTCTCCTGACAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TCGTTACAAACTTACAGTGCCTCGTTTTCTCATGTGCAATCTCTCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166942 TCGTTACAAACTTACAGTGCCTCGTTTTCTCATGTGCAATCTCTCCTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGACTTTTGCATGGGGCTCTATCTGCTGCTCATAGCCTCAGTTGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166992 CAGACTTTTGCATGGGGCTCTATCTGCTGCTCATAGCCTCAGTTGATTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAAACCAAGGGCCAGTACTATAACCATGCCATAGACTGGCAGACAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167042 CAAACCAAGGGCCAGTACTATAACCATGCCATAGACTGGCAGACAGGGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGGGTGCAGCACTGCTGGCTTTTTCACTGTATTCGCAAGTGAACTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167092 TGGGTGCAGCACTGCTGGCTTTTTCACTGTATTCGCAAGTGAACTTTCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCTACACCCTCACCGTCATCACTCTAGAAAGATGGCACACCATCACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167142 TCTACACCCTCACCGTCATCACTCTAGAAAGATGGCACACCATCACCTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCTATTCACCTGGACCAAAAGCTGCGATTAAGACATGCCATTCTGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167192 GCTATTCACCTGGACCAAAAGCTGCGATTAAGACATGCCATTCTGATTAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GCTTGGAGGATGGCTCTTTTCTTCTCTAATTGCTATGTTGCCCCTTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167242 GCTTGGAGGATGGCTCTTTTCTTCTCTAATTGCTATGTTGCCCCTTGTCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GTGTCAGCAATTACATGAAGGTCAGTATTTGCTTCCCCATGGATGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167292 GTGTCAGCAATTACATGAAGGTCAGTATTTGCTTCCCCATGGATGTGGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ACCACTCTCTCACAAGTCTATATATTAACCATCCTGATTCTCAATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167342 ACCACTCTCTCACAAGTCTATATATTAACCATCCTGATTCTCAATGTGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 GGCCTTCTTCATAATTTGTGCTTGCTACATTAAAATTTATTTTGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167392 GGCCTTCTTCATAATTTGTGCTTGCTACATTAAAATTTATTTTGCAGTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GAAACCCAGAATTAATGGCTACCAATAAAGATACAAAGATTGCTAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167442 GAAACCCAGAATTAATGGCTACCAATAAAGATACAAAGATTGCTAAGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 ATGGCAATCCTCATCTTCACCGATTTCACCTGCATGGCACCTATCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167492 ATGGCAATCCTCATCTTCACCGATTTCACCTGCATGGCACCTATCTCTTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 TTTTGCCATCTCAGCTGCCTTCAAAGTACCTCTTATCACAGTAACCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167542 TTTTGCCATCTCAGCTGCCTTCAAAGTACCTCTTATCACAGTAACCAACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CTAAAGTTTTACTGGTTCTTTTTTATCCCATCAATTCTTGTGCCAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167592 CTAAAGTTTTACTGGTTCTTTTTTATCCCATCAATTCTTGTGCCAATCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 TTTCTGTATGCAATATTCACTAAGACATTCCAAAGAGATTTCTTTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167642 TTTCTGTATGCAATATTCACTAAGACATTCCAAAGAGATTTCTTTCTTTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GCTGAGCAAATTTGGCTGCTGTAAACGTCGGGCTGAACTTTATAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167692 GCTGAGCAAATTTGGCTGCTGTAAACGTCGGGCTGAACTTTATAGAAGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 AAGATTTTTCAGCTTACACCTCCAACTGCAAAAATGGCTTCACTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167742 AAGATTTTTCAGCTTACACCTCCAACTGCAAAAATGGCTTCACTGGATCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 AATAAGCCTTCTCAATCCACCTTGAAGTTGTCCACATTGCACTGTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167792 AATAAGCCTTCTCAATCCACCTTGAAGTTGTCCACATTGCACTGTCAAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .
   2061 TACAGCTCTCCTAGACAAGACTCGCTACACAGAGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167842 TACAGCTCTCCTAGACAAGACTCGCTACACAGAGTGT