seq1 = pF1KE9533.tfa, 1230 bp
seq2 = pF1KE9533/gi568815596r_11558482.tfa (gi568815596r:11558482_11770129), 211648 bp

>pF1KE9533 1230
>gi568815596r:11558482_11770129 (Chr2)

(complement)

1-624  (100001-100624)   99% ->
625-898  (107890-108163)   100% ->
899-989  (109997-110087)   100% ->
990-1230  (111408-111648)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACCAGCAGCCCGCGGCCCCCGCGGCCCAGCTCCAACCCGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACCAGCAGCCCGCGGCCCCCGCGGCCCAGCTCCAACCCGGGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCCTGGACGCCCGGCTGGGCGTGGACACTCGCCTCTGGGCCAAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCCTGGACGCCCGGCTGGGCGTGGACACTCGCCTCTGGGCCAAGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTTCACCGCGCTCTACGCACTCATCTGGGCGCTGGGCGCGGCGGGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTTCACCGCGCTCTACGCACTCATCTGGGCGCTGGGCGCGGCGGGCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGCTGTCCGTGCACGTGGTGCTGAAGGCGCGGGCCGGGCGAGCGGGGCG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100151 GCGCTGTCCGCGCACGTGGTGCTGAAGGCGCGGGCCGGGCGCGCGGGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGCGCCACCACGTGCTCAGCCTGGCGCTCGCGGGCCTGCTGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGCGCCACCACGTGCTCAGCCTGGCGCTCGCGGGCCTGCTGCTGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTCGGCGTGCCGGTGGAGCTCTACAGCTTCGTGTGGTTCCACTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGTCGGCGTGCCGGTGGAGCTCTACAGCTTCGTGTGGTTCCACTACCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TGGGTCTTCGGCGACCTGGGCTGCCGCGGCTACTACTTCGTGCACGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TGGGTCTTCGGCGACCTGGGCTGCCGCGGCTACTACTTCGTGCACGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTGCGCCTACGCCACGGTGCTGAGCGTGGCAGGCCTGAGCGCCGAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTGCGCCTACGCCACGGTGCTGAGCGTGGCAGGCCTGAGCGCCGAGCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCTAGCCGTGTGCCAGCCCCTGCGTGCCCGCAGCCTGCTGACGCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCTAGCCGTGTGCCAGCCCCTGCGTGCCCGCAGCCTGCTGACGCCACGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGGACCCGGTGGCTGGTGGCGCTCTCGTGGGCCGCCTCGCTCGGCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGGACCCGGTGGCTGGTGGCGCTCTCGTGGGCCGCCTCGCTCGGCCTCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATGCCCATGGCCGTCATCATGGGGCAGAAGCACGAACTCGAGACGGCGG
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGCCCATGGCCGTCATCATGGGGCAGAAGCACGAACTCGAGACGGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACGGGGAGCCGGAGCCCGCCTCGCGAGTGTGCACGGTGCTGGTGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACGGGGAGCCGGAGCCCGCCTCGCGAGTGTGCACGGTGCTGGTGAGCCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACCGCGCTCCAAGTCTTTATCCAG         GTGAATGTGCTGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100601 ACCGCGCTCCAAGTCTTTATCCAGGTA...CAGGTGAATGTGCTGGTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTCGTGCTCCCCTTGGCACTAACTGCTTTCCTGAATGGGGTCACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107907 CTTCGTGCTCCCCTTGGCACTAACTGCTTTCCTGAATGGGGTCACAGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCCACCTGCTGGCCCTCTGCTCCCAAGTGCCGTCCACTTCTACCCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107957 GCCACCTGCTGGCCCTCTGCTCCCAAGTGCCGTCCACTTCTACCCCGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGCTCCACCCCCAGCCGCCTGGAGCTGCTGAGTGAGGAGGGTCTCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108007 AGCTCCACCCCCAGCCGCCTGGAGCTGCTGAGTGAGGAGGGTCTCCTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTCATCGTATGGAAGAAGACCTTTATCCAGGGAGGCCAGGTCAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108057 CTTCATCGTATGGAAGAAGACCTTTATCCAGGGAGGCCAGGTCAGCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGAGACATAAAGACGTGCGCCGGATCCGCAGCCTCCAGCGCAGCGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108107 TGAGACATAAAGACGTGCGCCGGATCCGCAGCCTCCAGCGCAGCGTCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTTCTCA         GAGCCATCGTGGTCATGTATGTCATCTGCTGGCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108157 GTTCTCAGTT...CAGGAGCCATCGTGGTCATGTATGTCATCTGCTGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCCGTACCATGCCCGCAGGCTCATGTACTGCTACGTACCTGATGACGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110031 GCCGTACCATGCCCGCAGGCTCATGTACTGCTACGTACCTGATGACGCGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GGACTGA         CCCACTGTACAATTTCTACCACTACTTCTACATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110081 GGACTGAGTG...CAGCCCACTGTACAATTTCTACCACTACTTCTACATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTGACCAACACACTTTTCTACGTCAGCTCAGCTGTGACTCCTCTTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111442 GTGACCAACACACTTTTCTACGTCAGCTCAGCTGTGACTCCTCTTCTCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CAACGCCGTGTCCTCCTCCTTCAGAAGACTCTTCCTGGAAGCCGTCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 111492 CAACGCCGTGTCCTCCTCCTTCAGAAAACTCTTCCTGGAAGCCGTCAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCCTGTGTGGAGAGCACCACCCCATGAAGCGGTTACCCCCGAAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111542 CCCTGTGTGGAGAGCACCACCCCATGAAGCGGTTACCCCCGAAGCCCCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AGTCCCACCCTAATGGATACAGCTTCAGGCTTTGGGGATCCCCCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111592 AGTCCCACCCTAATGGATACAGCTTCAGGCTTTGGGGATCCCCCAGAAAC

   1250     .
   1224 CCGGACC
        |||||||
 111642 CCGGACC