seq1 = pF1KE9530.tfa, 1245 bp
seq2 = pF1KE9530/gi568815593r_152292194.tfa (gi568815593r:152292194_152505113), 212920 bp

>pF1KE9530 1245
>gi568815593r:152292194_152505113 (Chr5)

(complement)

1-726  (100001-100726)   99% ->
727-811  (106970-107054)   100% ->
812-937  (109530-109655)   100% ->
938-1245  (112613-112920)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGGGATGGAAAAACTTCAGAATGCTTCCTGGATCTACCAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGGGATGGAAAAACTTCAGAATGCTTCCTGGATCTACCAGCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTAGAAGATCCATTCCAGAAACACCTGAACAGCACCGAGGAGTATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTAGAAGATCCATTCCAGAAACACCTGAACAGCACCGAGGAGTATCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTTCCTCTGCGGACCTCGGCGCAGCCACTTCTTCCTCCCCGTGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTTCCTCTGCGGACCTCGGCGCAGCCACTTCTTCCTCCCCGTGTCTGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGTATGTGCCAATTTTTGTGGTGGGGGTCATTGGCAATGTCCTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGTATGTGCCAATTTTTGTGGTGGGGGTCATTGGCAATGTCCTGGTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGTGATTCTGCAGCACCAGGCTATGAAGACGCCCACCAACTACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGGTGATTCTGCAGCACCAGGCTATGAAGACGCCCACCAACTACTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTCAGCCTGGCGGTCTCTGACCTCCTGGTCCTGCTCCTTGGAATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTTCAGCCTGGCGGTCTCTGACCTCCTGGTCCTGCTCCTTGGAATGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGAGGTCTATGAGATGTGGCGCAACTACCCTTTCTTGTTCGGGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGAGGTCTATGAGATGTGGCGCAACTACCCTTTCTTGTTCGGGCCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCTGCTACTTCAAGACGGCCCTCTTTGAGACCGTGTGCTTCGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGCTGCTACTTCAAGACGGCCCTCTTTGAGACCGTGTGCTTCGCCTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCTCAGCATCACCACCGTCAGCGTGGAGCGCTACGTGGCCATCCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCCTCAGCATCACCACCGTCAGCGTGGAGCGCTACGTGGCCATCCTACAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGTTCCGCGCCAAACTGCAGAGCACCCGGCGCCGGGCCCTCAGGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCGTTCCGCGCCAAACTGCAGAGCACCCGGCGCCGGGCCCTCAGGATCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGGCATCGTCTGGGGCTTCTCCGTGCTCTTCTCCCTGCCCAACACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGGCATCGTCTGGGGCTTCTCCGTGCTCTTCTCCCTGCCCAACACCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCATGGCATCAAGTTCCACTACTTCCCCAATGGGTCCCTGGTCCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCATGGCATCAAGTTCCACTACTTCCCCAATGGGTCCCTGGTCCCAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCGGCCACCTTTACGGTCATCAAGCCCATGTGGATCTACAATTTCATCAT
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCGGCCACCTGTACGGTCATCAAGCCCATGTGGATCTACAATTTCATCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCAGGTCACCTCCTTCCTATTCTACCTCCTCCCCATGACTGTCATCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCAGGTCACCTCCTTCCTATTCTACCTCCTCCCCATGACTGTCATCAGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCCTCTACTACCTCATGGCACTCAGA         CTAAAGAAAGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100701 TCCTCTACTACCTCATGGCACTCAGAGTG...CAGCTAAAGAAAGACAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCTCTTGAGGCAGATGAAGGGAATGCAAATATTCAAAGACCCTGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106985 TCTCTTGAGGCAGATGAAGGGAATGCAAATATTCAAAGACCCTGCAGAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ATCAGTCAACAAGATGCTGT         TTGTCTTGGTCTTAGTGTTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107035 ATCAGTCAACAAGATGCTGTGTA...CAGTTGTCTTGGTCTTAGTGTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTATCTGTTGGGCCCCGTTCCACATTGACCGACTCTTCTTCAGCTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109551 CTATCTGTTGGGCCCCGTTCCACATTGACCGACTCTTCTTCAGCTTTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GAGGAGTGGAGTGAATCCCTGGCTGCTGTGTTCAACCTCGTCCATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109601 GAGGAGTGGAGTGAATCCCTGGCTGCTGTGTTCAACCTCGTCCATGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GTCAG         GTGTCTTCTTCTACCTGAGCTCAGCTGTCAACCCCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109651 GTCAGGTA...CAGGTGTCTTCTTCTACCTGAGCTCAGCTGTCAACCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TTATCTATAACCTACTGTCTCGCCGCTTCCAGGCAGCATTCCAGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112649 TTATCTATAACCTACTGTCTCGCCGCTTCCAGGCAGCATTCCAGAATGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ATCTCTTCTTTCCACAAACAGTGGCACTCCCAGCATGACCCACAGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112699 ATCTCTTCTTTCCACAAACAGTGGCACTCCCAGCATGACCCACAGTTGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ACCTGCCCAGCGGAACATCTTCCTGACAGAATGCCACTTTGTGGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112749 ACCTGCCCAGCGGAACATCTTCCTGACAGAATGCCACTTTGTGGAGCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCGAAGATATAGGTCCCCAATTCCCATGTCAGTCATCCATGCACAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112799 CCGAAGATATAGGTCCCCAATTCCCATGTCAGTCATCCATGCACAACTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CACCTCCCAACAGCCCTCTCTAGTGAACAGATGTCAAGAACAAACTATCA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112849 CACCTCCCAGCAGCCCTCTCTAGTGAACAGATGTCAAGAACAAACTATCA

   1250     .    :    .    :
   1224 AAGCTTCCACTTTAACAAAACC
        ||||||||||||||||||||||
 112899 AAGCTTCCACTTTAACAAAACC