seq1 = pF1KE9522.tfa, 2616 bp
seq2 = pF1KE9522/gi568815595f_51608984.tfa (gi568815595f:51608984_51818109), 209126 bp

>pF1KE9522 2616
>gi568815595f:51608984_51818109 (Chr3)

1-450  (100001-100450)   100% ->
451-1288  (103490-104327)   100% ->
1289-2364  (106079-107154)   100% ->
2365-2545  (108654-108834)   100% ->
2546-2616  (109056-109126)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATCGCTGCTTGCGCTCCTGGCACTGCTGCTGCTGTGGGGTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATCGCTGCTTGCGCTCCTGGCACTGCTGCTGCTGTGGGGTGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGAGGGCCCAGCCAAGAAGGTGCTGACCCTGGAGGGAGACTTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTGAGGGCCCAGCCAAGAAGGTGCTGACCCTGGAGGGAGACTTGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGTGGGCTGTTCCCAGTGCACCAGAAGGGCGGCCCAGCAGAGGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGTGGGCTGTTCCCAGTGCACCAGAAGGGCGGCCCAGCAGAGGACTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGTCCTGTCAATGAGCACCGTGGCATCCAGCGCCTGGAGGCCATGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTCCTGTCAATGAGCACCGTGGCATCCAGCGCCTGGAGGCCATGCTTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCACTGGACCGCATCAACCGTGACCCGCACCTGCTGCCTGGCGTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCACTGGACCGCATCAACCGTGACCCGCACCTGCTGCCTGGCGTGCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGTGCACACATCCTCGACAGTTGCTCCAAGGACACACATGCGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGTGCACACATCCTCGACAGTTGCTCCAAGGACACACATGCGCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGGCACTGGACTTTGTGCGTGCCTCACTCAGCCGTGGTGCTGATGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGGCACTGGACTTTGTGCGTGCCTCACTCAGCCGTGGTGCTGATGGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACGCCACATCTGCCCCGACGGCTCTTATGCGACCCATGGTGATGCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACGCCACATCTGCCCCGACGGCTCTTATGCGACCCATGGTGATGCTCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTGCCATCACTGGTGTTATTGGCGGTTCCTACAGTGATGTCTCCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTGCCATCACTGGTGTTATTGGCGGTTCCTACAGTGATGTCTCCATCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451          GTGGCCAACCTCTTGAGGCTATTTCAGATCCCACAGATTAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTA...CAGGTGGCCAACCTCTTGAGGCTATTTCAGATCCCACAGATTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTACGCCTCTACCAGTGCCAAGCTGAGTGACAAGTCCCGCTATGACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103531 CTACGCCTCTACCAGTGCCAAGCTGAGTGACAAGTCCCGCTATGACTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTGCCCGCACAGTGCCTCCTGACTTCTTCCAAGCCAAGGCCATGGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103581 TTGCCCGCACAGTGCCTCCTGACTTCTTCCAAGCCAAGGCCATGGCTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTCTCCGCTTCTTCAACTGGACCTATGTGTCCACTGTGGCGTCTGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103631 ATTCTCCGCTTCTTCAACTGGACCTATGTGTCCACTGTGGCGTCTGAGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGACTATGGCGAGACAGGCATTGAGGCCTTTGAGCTAGAGGCTCGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103681 CGACTATGGCGAGACAGGCATTGAGGCCTTTGAGCTAGAGGCTCGTGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCAACATCTGTGTGGCCACCTCGGAGAAAGTGGGCCGTGCCATGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103731 GCAACATCTGTGTGGCCACCTCGGAGAAAGTGGGCCGTGCCATGAGCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCGGCCTTTGAGGGTGTGGTGCGAGCCCTGCTGCAGAAGCCCAGTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103781 GCGGCCTTTGAGGGTGTGGTGCGAGCCCTGCTGCAGAAGCCCAGTGCCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CGTGGCTGTCCTGTTCACCCGTTCTGAGGATGCCCGGGAGCTGCTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103831 CGTGGCTGTCCTGTTCACCCGTTCTGAGGATGCCCGGGAGCTGCTTGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCAGCCAGCGCCTCAATGCCAGCTTCACCTGGGTGGCCAGTGATGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103881 CCAGCCAGCGCCTCAATGCCAGCTTCACCTGGGTGGCCAGTGATGGTTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGGGCCCTGGAGAGTGTGGTGGCAGGCAGTGAGGGGGCTGCTGAGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103931 GGGGCCCTGGAGAGTGTGGTGGCAGGCAGTGAGGGGGCTGCTGAGGGTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TATCACCATCGAGCTGGCCTCCTACCCCATCAGTGACTTTGCCTCCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103981 TATCACCATCGAGCTGGCCTCCTACCCCATCAGTGACTTTGCCTCCTACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCCAGAGCCTGGACCCTTGGAACAACAGCCGGAACCCCTGGTTCCGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104031 TCCAGAGCCTGGACCCTTGGAACAACAGCCGGAACCCCTGGTTCCGTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TTCTGGGAGCAGAGGTTCCGCTGCAGCTTCCGGCAGCGAGACTGCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104081 TTCTGGGAGCAGAGGTTCCGCTGCAGCTTCCGGCAGCGAGACTGCGCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCACTCTCTCCGGGCTGTGCCCTTTGAGCAGGAGTCCAAGATCATGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104131 CCACTCTCTCCGGGCTGTGCCCTTTGAGCAGGAGTCCAAGATCATGTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TGGTCAATGCAGTGTACGCCATGGCCCATGCGCTCCACAACATGCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104181 TGGTCAATGCAGTGTACGCCATGGCCCATGCGCTCCACAACATGCACCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GCCCTCTGCCCCAACACCACCCGGCTCTGTGACGCGATGCGGCCAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104231 GCCCTCTGCCCCAACACCACCCGGCTCTGTGACGCGATGCGGCCAGTTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CGGGCGCCGCCTCTACAAGGACTTTGTGCTCAACGTCAAGTTTGATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 104281 CGGGCGCCGCCTCTACAAGGACTTTGTGCTCAACGTCAAGTTTGATGGTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1289       CCCCCTTTCGCCCAGCTGACACCCACAATGAGGTCCGCTTTGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104331 ...TAGCCCCCTTTCGCCCAGCTGACACCCACAATGAGGTCCGCTTTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CGCTTTGGTGATGGTATTGGCCGCTACAACATCTTCACCTATCTGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106123 CGCTTTGGTGATGGTATTGGCCGCTACAACATCTTCACCTATCTGCGTGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AGGCAGTGGGCGCTATCGCTACCAGAAGGTGGGCTACTGGGCAGAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106173 AGGCAGTGGGCGCTATCGCTACCAGAAGGTGGGCTACTGGGCAGAAGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 TGACTCTGGACACCAGCCTCATCCCATGGGCCTCACCCTCAGCCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106223 TGACTCTGGACACCAGCCTCATCCCATGGGCCTCACCCTCAGCCGGCCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 CTGCCCGCCTCTCGCTGCAGTGAGCCCTGCCTCCAGAATGAGGTGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106273 CTGCCCGCCTCTCGCTGCAGTGAGCCCTGCCTCCAGAATGAGGTGAAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 TGTGCAGCCGGGCGAAGTCTGCTGCTGGCTCTGCATTCCGTGCCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106323 TGTGCAGCCGGGCGAAGTCTGCTGCTGGCTCTGCATTCCGTGCCAGCCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 ATGAGTACCGATTGGACGAATTCACTTGCGCTGATTGTGGCCTGGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106373 ATGAGTACCGATTGGACGAATTCACTTGCGCTGATTGTGGCCTGGGCTAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TGGCCCAATGCCAGCCTGACTGGCTGCTTCGAACTGCCCCAGGAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106423 TGGCCCAATGCCAGCCTGACTGGCTGCTTCGAACTGCCCCAGGAGTACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 CCGCTGGGGCGATGCCTGGGCTGTGGGACCTGTCACCATCGCCTGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106473 CCGCTGGGGCGATGCCTGGGCTGTGGGACCTGTCACCATCGCCTGCCTCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 GTGCCCTGGCCACCCTCTTTGTGCTGGGTGTCTTTGTGCGGCACAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106523 GTGCCCTGGCCACCCTCTTTGTGCTGGGTGTCTTTGTGCGGCACAATGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 ACACCAGTGGTCAAGGCCTCAGGTCGGGAGCTCTGCTACATCCTGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106573 ACACCAGTGGTCAAGGCCTCAGGTCGGGAGCTCTGCTACATCCTGCTGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 TGGTGTCTTCCTCTGCTACTGCATGACCTTCATCTTCATTGCCAAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106623 TGGTGTCTTCCTCTGCTACTGCATGACCTTCATCTTCATTGCCAAGCCAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 CCACGGCAGTGTGTACCTTACGGCGTCTTGGTTTGGGCACTGCCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106673 CCACGGCAGTGTGTACCTTACGGCGTCTTGGTTTGGGCACTGCCTTCTCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 GTCTGCTACTCAGCCCTGCTCACCAAGACCAACCGCATTGCACGCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106723 GTCTGCTACTCAGCCCTGCTCACCAAGACCAACCGCATTGCACGCATCTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 CGGTGGGGCCCGGGAGGGTGCCCAGCGGCCACGCTTCATCAGTCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106773 CGGTGGGGCCCGGGAGGGTGCCCAGCGGCCACGCTTCATCAGTCCTGCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2033 CACAGGTGGCCATCTGCCTGGCACTTATCTCGGGCCAGCTGCTCATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106823 CACAGGTGGCCATCTGCCTGGCACTTATCTCGGGCCAGCTGCTCATCGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2083 GTCGCCTGGCTGGTGGTGGAGGCACCGGGCACAGGCAAGGAGACAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106873 GTCGCCTGGCTGGTGGTGGAGGCACCGGGCACAGGCAAGGAGACAGCCCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2133 CGAACGGCGGGAGGTGGTGACACTGCGCTGCAACCACCGCGATGCAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106923 CGAACGGCGGGAGGTGGTGACACTGCGCTGCAACCACCGCGATGCAAGTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2183 TGTTGGGCTCGCTGGCCTACAATGTGCTCCTCATCGCGCTCTGCACGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106973 TGTTGGGCTCGCTGGCCTACAATGTGCTCCTCATCGCGCTCTGCACGCTT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2233 TATGCCTTCAAGACTCGCAAGTGCCCCGAAAACTTCAACGAGGCCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107023 TATGCCTTCAAGACTCGCAAGTGCCCCGAAAACTTCAACGAGGCCAAGTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2283 CATTGGCTTCACCATGTACACCACCTGCATCATCTGGCTGGCATTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107073 CATTGGCTTCACCATGTACACCACCTGCATCATCTGGCTGGCATTCCTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2333 CCATCTTCTATGTCACCTCCAGTGACTACCGG         GTACAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 107123 CCATCTTCTATGTCACCTCCAGTGACTACCGGGTG...CAGGTACAGACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2374 ACCACCATGTGCGTGTCAGTCAGCCTCAGCGGCTCCGTGGTGCTTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108663 ACCACCATGTGCGTGTCAGTCAGCCTCAGCGGCTCCGTGGTGCTTGGCTG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2424 CCTCTTTGCGCCCAAGCTGCACATCATCCTCTTCCAGCCGCAGAAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108713 CCTCTTTGCGCCCAAGCTGCACATCATCCTCTTCCAGCCGCAGAAGAACG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2474 TGGTTAGCCACCGGGCACCCACCAGCCGCTTTGGCAGTGCTGCTGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108763 TGGTTAGCCACCGGGCACCCACCAGCCGCTTTGGCAGTGCTGCTGCCAGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2524 GCCAGCTCCAGCCTTGGCCAAG         GGTCTGGCTCCCAGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108813 GCCAGCTCCAGCCTTGGCCAAGGTC...TAGGGTCTGGCTCCCAGTTTGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2565 CCCCACTGTTTGCAATGGCCGTGAGGTGGTGGACTCGACAACGTCATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109075 CCCCACTGTTTGCAATGGCCGTGAGGTGGTGGACTCGACAACGTCATCGC

   2650 
   2615 TT
        ||
 109125 TT