seq1 = pF1KE9520.tfa, 1335 bp
seq2 = pF1KE9520/gi568815590f_144259294.tfa (gi568815590f:144259294_144461012), 201719 bp

>pF1KE9520 1335
>gi568815590f:144259294_144461012 (Chr8)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-1001  (100330-101200)   100% ->
1002-1125  (101297-101420)   100% ->
1126-1335  (101510-101719)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCACCCACGCCCGCCCGTCCGGTGCTGACCCACCTGCTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCACCCACGCCCGCCCGTCCGGTGCTGACCCACCTGCTGGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCTTCGGCATGGGCTCCTGGGCTGCGGTCAATGGGATCTGGGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCTTCGGCATGGGCTCCTGGGCTGCGGTCAATGGGATCTGGGTGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TACCTGTGGTGGTCAAAGAGCTTCCAGAGG         GTTGGAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TACCTGTGGTGGTCAAAGAGCTTCCAGAGGGTG...CAGGTTGGAGCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCTCTTACGTCTCTGTGCTTGTGGCTCTGGGGAACCTGGGTCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100341 CCCTCTTACGTCTCTGTGCTTGTGGCTCTGGGGAACCTGGGTCTGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGACCCTCTGGAGGAGGCTGGCCCCAGGAAAGGACGAGCAGGTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100391 GGTGACCCTCTGGAGGAGGCTGGCCCCAGGAAAGGACGAGCAGGTCCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCGGGTGGTGCAGGTGCTGGGCATGGTGGGCACAGCCCTGCTGGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100441 TCCGGGTGGTGCAGGTGCTGGGCATGGTGGGCACAGCCCTGCTGGCCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGTGGCACCATGTGGCCCCAGTGGCAGGACAGTTGCATTCTGTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100491 CTGTGGCACCATGTGGCCCCAGTGGCAGGACAGTTGCATTCTGTGGCCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTAGCACTGGCCTTTGTGCTGGCACTGGCATGCTGTGCCTCGAATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100541 CTTAGCACTGGCCTTTGTGCTGGCACTGGCATGCTGTGCCTCGAATGTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTTCCTGCCCTTCTTGAGCCACCTGCCACCTCGCTTCTTACGGTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100591 CTTTCCTGCCCTTCTTGAGCCACCTGCCACCTCGCTTCTTACGGTCATTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTCCTGGGTCAAGGCCTGAGTGCCCTGCTGCCCTGCGTGCTGGCCCTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100641 TTCCTGGGTCAAGGCCTGAGTGCCCTGCTGCCCTGCGTGCTGGCCCTAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCAGGGTGTGGGCCGCCTCGAGTGCCCGCCAGCCCCCATCAACGGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100691 GCAGGGTGTGGGCCGCCTCGAGTGCCCGCCAGCCCCCATCAACGGCACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTGGCCCCCCGCTCGACTTCCTTGAGCGTTTTCCCGCCAGCACCTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100741 CTGGCCCCCCGCTCGACTTCCTTGAGCGTTTTCCCGCCAGCACCTTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGGGCACTGACTGCCCTTCTGGTCGCTTCAGCTGCTGCCTTCCAGGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100791 TGGGCACTGACTGCCCTTCTGGTCGCTTCAGCTGCTGCCTTCCAGGGTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCTGCTGCTGTTGCCGCCACCACCATCTGTACCCACAGGGGAGTTAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100841 TCTGCTGCTGTTGCCGCCACCACCATCTGTACCCACAGGGGAGTTAGGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAGGCCTCCAGGTGGGAGCCCCAGGAGCAGAGGAAGAGGTGGAAGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100891 CAGGCCTCCAGGTGGGAGCCCCAGGAGCAGAGGAAGAGGTGGAAGAGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCACCACTGCAAGAGCCACCAAGCCAGGCAGCAGGCACCACCCCTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100941 TCACCACTGCAAGAGCCACCAAGCCAGGCAGCAGGCACCACCCCTGGTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGACCCTAAGGCCTATCAGCTTCTATCAGCCCGCAGTGCCTGCCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100991 AGACCCTAAGGCCTATCAGCTTCTATCAGCCCGCAGTGCCTGCCTGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCCTGTTGGCCGCCACCAACGCGCTGACCAATGGCGTGCTGCCTGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101041 GCCTGTTGGCCGCCACCAACGCGCTGACCAATGGCGTGCTGCCTGCCGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CAGAGCTTTTCCTGCTTACCCTACGGGCGTCTGGCCTACCACCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101091 CAGAGCTTTTCCTGCTTACCCTACGGGCGTCTGGCCTACCACCTGGCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGTGCTGGGCAGTGCTGCCAATCCCCTGGCCTGCTTCCTGGCCATGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101141 GGTGCTGGGCAGTGCTGCCAATCCCCTGGCCTGCTTCCTGGCCATGGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGCTGTGCAG         GTCCTTGGCAGGGCTGGGCGGCCTCTCTCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101191 TGCTGTGCAGGTA...CAGGTCCTTGGCAGGGCTGGGCGGCCTCTCTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTGGGCGTGTTCTGTGGGGGCTACCTGATGGCGCTGGCAGTCCTGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101328 CTGGGCGTGTTCTGTGGGGGCTACCTGATGGCGCTGGCAGTCCTGAGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTGCCCGCCCCTGGTGGGCACCTCGGCGGGGGTGGTCCTCGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 101378 CTGCCCGCCCCTGGTGGGCACCTCGGCGGGGGTGGTCCTCGTGGTG...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126   GTGCTGTCGTGGGTGCTGTGTCTTGGCGTGTTCTCCTACGTGAAGGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101508 AGGTGCTGTCGTGGGTGCTGTGTCTTGGCGTGTTCTCCTACGTGAAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCAGCCAGCTCCCTGCTGCATGGCGGGGGCCGGCCGGCATTGCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101558 GCAGCCAGCTCCCTGCTGCATGGCGGGGGCCGGCCGGCATTGCTGGCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CGGCGTGGCCATCCAGGTGGGCTCTCTGCTCGGCGCTGTTGCTATGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101608 CGGCGTGGCCATCCAGGTGGGCTCTCTGCTCGGCGCTGTTGCTATGTTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CCCCGACCAGCATCTATCACGTGTTCCACAGCAGAAAGGACTGTGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101658 CCCCGACCAGCATCTATCACGTGTTCCACAGCAGAAAGGACTGTGCAGAC

   1350     .    :
   1324 CCCTGTGACTCC
        ||||||||||||
 101708 CCCTGTGACTCC