seq1 = pF1KE9516.tfa, 2226 bp
seq2 = pF1KE9516/gi568815579f_14288449.tfa (gi568815579f:14288449_14508010), 219562 bp

>pF1KE9516 2226
>gi568815579f:14288449_14508010 (Chr19)

1-22  (93076-93097)   100% ->
23-73  (100002-100052)   100% ->
74-190  (100254-100370)   100% ->
191-346  (102476-102631)   100% ->
347-493  (109210-109356)   100% ->
494-540  (109441-109487)   100% ->
541-618  (109614-109691)   100% ->
619-796  (112938-113115)   100% ->
797-904  (113205-113312)   100% ->
905-1170  (114149-114414)   100% ->
1171-1350  (115935-116114)   100% ->
1351-1542  (117300-117491)   100% ->
1543-1769  (117883-118109)   100% ->
1770-1836  (118252-118318)   100% ->
1837-1928  (118421-118512)   100% ->
1929-2097  (118613-118781)   100% ->
2098-2199  (119460-119561)   100% ->
2200-2226  (119644-119670)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGGCCGCGTCTTTCTCG         CATTCTGTGTCTGGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  93076 ATGGGAGGCCGCGTCTTTCTCGGTA...CAGCATTCTGTGTCTGGCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTGCCGGGAGCTGAAACCCAGGACTCCAGGG         GCTGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100021 TCTGCCGGGAGCTGAAACCCAGGACTCCAGGGGTG...CAGGCTGTGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 GGTGGTGCCCTCAGAACTCCTCGTGTGTCAATGCCACCGCCTGTCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100263 GGTGGTGCCCTCAGAACTCCTCGTGTGTCAATGCCACCGCCTGTCGCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AATCCAGGGTTCAGCTCTTTTTCTGAGATCATCACCACCCCGACGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100313 AATCCAGGGTTCAGCTCTTTTTCTGAGATCATCACCACCCCGACGGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTGTGACG         ACATCAACGAGTGTGCAACACCGTCGAAAGTGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100363 TTGTGACGGTA...CAGACATCAACGAGTGTGCAACACCGTCGAAAGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CATGCGGAAAATTCTCGGACTGCTGGAACACAGAGGGGAGCTACGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102509 CATGCGGAAAATTCTCGGACTGCTGGAACACAGAGGGGAGCTACGACTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGTGCAGCCCGGGATATGAGCCTGTTTCTGGGGCAAAAACATTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102559 GTGTGCAGCCCGGGATATGAGCCTGTTTCTGGGGCAAAAACATTCAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGAGAGCGAGAACACCTGTCAAG         ATGTGGACGAGTGCAGCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102609 TGAGAGCGAGAACACCTGTCAAGGTA...CAGATGTGGACGAGTGCAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCGGGCAGCATCAGTGTGACAGCTCCACCGTCTGCTTCAACACCGTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109228 CCGGGCAGCATCAGTGTGACAGCTCCACCGTCTGCTTCAACACCGTGGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCATACAGCTGCCGCTGCCGCCCAGGCTGGAAGCCCAGACACGGAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109278 TCATACAGCTGCCGCTGCCGCCCAGGCTGGAAGCCCAGACACGGAATCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAATAACCAAAAGGACACTGTCTGTGAAG         ATATGACTTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109328 GAATAACCAAAAGGACACTGTCTGTGAAGGTA...CAGATATGACTTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCACCTGGACCCCGCCCCCTGGAGTCCACAGCCAG         ACGCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109453 CCACCTGGACCCCGCCCCCTGGAGTCCACAGCCAGGTG...CAGACGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCCCGATTCTTCGACAAAGTCCAGGACCTGGGCAGAGACTCCAAGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109620 TCCCGATTCTTCGACAAAGTCCAGGACCTGGGCAGAGACTCCAAGACAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTCAGCCGAGGTCACCATCCAG         AATGTCATCAAATTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 109670 CTCAGCCGAGGTCACCATCCAGGTA...TAGAATGTCATCAAATTGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGAACTGATGGAAGCTCCTGGAGACGTAGAGGCCCTGGCGCCACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112957 ATGAACTGATGGAAGCTCCTGGAGACGTAGAGGCCCTGGCGCCACCTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CGGCACCTCATAGCCACCCAGCTGCTCTCAAACCTTGAAGATATCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113007 CGGCACCTCATAGCCACCCAGCTGCTCTCAAACCTTGAAGATATCATGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GATCCTGGCCAAGAGCCTGCCTAAAGGCCCCTTCACCTACATTTCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113057 GATCCTGGCCAAGAGCCTGCCTAAAGGCCCCTTCACCTACATTTCCCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CGAACACAG         AGCTGACCCTGATGATCCAGGAGCGGGGGGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113107 CGAACACAGGTG...CAGAGCTGACCCTGATGATCCAGGAGCGGGGGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGAACGTCACTATGGGTCAGAGCAGCGCACGCATGAAGCTGAATTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113237 AAGAACGTCACTATGGGTCAGAGCAGCGCACGCATGAAGCTGAATTGGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGTGGCAGCTGGAGCCGAGGATCCAG         GCCCCGCCGTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113287 TGTGGCAGCTGGAGCCGAGGATCCAGGTA...CAGGCCCCGCCGTGGCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCATCCTCTCCATCCAGAACATGACGACATTGCTGGCCAATGCCTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114164 GCATCCTCTCCATCCAGAACATGACGACATTGCTGGCCAATGCCTCCTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AACCTGCATTCCAAGAAGCAAGCCGAACTGGAGGAGATATATGAAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114214 AACCTGCATTCCAAGAAGCAAGCCGAACTGGAGGAGATATATGAAAGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATCCGTGGTGTCCAACTCAGACGCCTCTCTGCCGTCAACTCCATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114264 CATCCGTGGTGTCCAACTCAGACGCCTCTCTGCCGTCAACTCCATCTTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGAGCCACAACAACACCAAGGAACTCAACTCCCCCATCCTTTTCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114314 TGAGCCACAACAACACCAAGGAACTCAACTCCCCCATCCTTTTCGCCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TCCCACCTTGAGTCCTCCGATGGGGAGGCGGGAAGAGACCCTCCTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114364 TCCCACCTTGAGTCCTCCGATGGGGAGGCGGGAAGAGACCCTCCTGCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 G         GACGTGATGCCTGGGCCACGGCAGGAGCTGCTCTGTGCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114414 GGTC...CAGGACGTGATGCCTGGGCCACGGCAGGAGCTGCTCTGTGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCTGGAAGAGTGACAGCGACAGGGGAGGGCACTGGGCCACCGAGGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115975 TCTGGAAGAGTGACAGCGACAGGGGAGGGCACTGGGCCACCGAGGGCTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CAGGTGCTGGGCAGCAAGAACGGCAGCACCACCTGCCAATGCAGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116025 CAGGTGCTGGGCAGCAAGAACGGCAGCACCACCTGCCAATGCAGCCACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAGCAGCTTTGCGATCCTTATGGCTCATTATGACGTGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 116075 GAGCAGCTTTGCGATCCTTATGGCTCATTATGACGTGGAGGTA...TAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ACTGGAAGCTGACCCTGATCACCAGGGTGGGACTGGCGCTGTCACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117301 ACTGGAAGCTGACCCTGATCACCAGGGTGGGACTGGCGCTGTCACTCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TGCCTGCTGCTGTGCATCCTCACTTTCCTGCTGGTGCGGCCCATCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117351 TGCCTGCTGCTGTGCATCCTCACTTTCCTGCTGGTGCGGCCCATCCAGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CTCGCGCACCACCATACACCTGCACCTCTGCATCTGCCTCTTCGTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117401 CTCGCGCACCACCATACACCTGCACCTCTGCATCTGCCTCTTCGTGGGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCACCATCTTCCTGGCCGGCATCGAGAACGAAGGCGGCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117451 CCACCATCTTCCTGGCCGGCATCGAGAACGAAGGCGGCCAGGTG...CAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTGGGGCTGCGCTGCCGCCTGGTGGCCGGGCTGCTGCACTACTGTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117883 GTGGGGCTGCGCTGCCGCCTGGTGGCCGGGCTGCTGCACTACTGTTTCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GGCCGCCTTCTGCTGGATGAGCCTCGAAGGCCTGGAGCTCTACTTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117933 GGCCGCCTTCTGCTGGATGAGCCTCGAAGGCCTGGAGCTCTACTTTCTTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGGTGCGCGTGTTCCAAGGCCAGGGCCTGAGTACGCGCTGGCTCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117983 TGGTGCGCGTGTTCCAAGGCCAGGGCCTGAGTACGCGCTGGCTCTGCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 ATCGGCTATGGCGTGCCCCTGCTCATCGTGGGCGTCTCGGCTGCCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118033 ATCGGCTATGGCGTGCCCCTGCTCATCGTGGGCGTCTCGGCTGCCATCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CAGCAAGGGCTACGGCCGCCCCAGATA         CTGCTGGTTGGACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 118083 CAGCAAGGGCTACGGCCGCCCCAGATAGTG...TAGCTGCTGGTTGGACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TTGAGCAGGGCTTCCTCTGGAGCTTCTTGGGACCTGTGACCTTCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118266 TTGAGCAGGGCTTCCTCTGGAGCTTCTTGGGACCTGTGACCTTCATCATT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TTG         TGCAATGCTGTCATTTTCGTGACTACCGTCTGGAAGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118316 TTGGTA...CAGTGCAATGCTGTCATTTTCGTGACTACCGTCTGGAAGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CACTCAGAAGTTTTCTGAAATCAATCCAGACATGAAGAAATTAAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118459 CACTCAGAAGTTTTCTGAAATCAATCCAGACATGAAGAAATTAAAGAAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CGAG         GGCGCTGACCATCACGGCCATCGCGCAGCTCTTCCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118509 CGAGGTG...CAGGGCGCTGACCATCACGGCCATCGCGCAGCTCTTCCTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 TTGGGCTGCACCTGGGTCTTTGGCCTGTTCATCTTCGACGATCGGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118650 TTGGGCTGCACCTGGGTCTTTGGCCTGTTCATCTTCGACGATCGGAGCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GGTGCTGACCTATGTGTTTACCATCCTCAACTGCCTGCAGGGCGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118700 GGTGCTGACCTATGTGTTTACCATCCTCAACTGCCTGCAGGGCGCCTTCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 TCTACCTGCTGCACTGCCTGCTCAACAAGAAG         GTTCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118750 TCTACCTGCTGCACTGCCTGCTCAACAAGAAGGTG...CAGGTTCGGGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 GAATACCGGAAGTGGGCCTGCCTAGTTGCTGGGGGGAGCAAGTACTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119469 GAATACCGGAAGTGGGCCTGCCTAGTTGCTGGGGGGAGCAAGTACTCAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 ATTCACCTCCACCACGTCTGGCACTGGCCACAATCAGACCCGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 119519 ATTCACCTCCACCACGTCTGGCACTGGCCACAATCAGACCCGGGTA...C

   2350     .    :    .    :    .
   2200   GCCCTCAGGGCATCAGAGTCCGGCATA
        >>|||||||||||||||||||||||||||
 119642 AGGCCCTCAGGGCATCAGAGTCCGGCATA