seq1 = pF1KE9512.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KE9512/gi568815583f_33962718.tfa (gi568815583f:33962718_34164313), 201596 bp

>pF1KE9512 1596
>gi568815583f:33962718_34164313 (Chr15)

1-1596  (100001-101596)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGGGATTCTTACCACAATGCAACCACCGTCAATGGCACCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGGGGATTCTTACCACAATGCAACCACCGTCAATGGCACCCCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAATCACCAGCCTTTGGAACGCCACAGGTTGTGGGAAGTCATCACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAATCACCAGCCTTTGGAACGCCACAGGTTGTGGGAAGTCATCACCATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCTGTGACTGCTGTGGTAAGCCTGATCACCATTGTGGGCAATGTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGCTGTGACTGCTGTGGTAAGCCTGATCACCATTGTGGGCAATGTCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCATGATCTCCTTCAAAGTCAACAGCCAGCTCAAGACAGTTAACAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCATGATCTCCTTCAAAGTCAACAGCCAGCTCAAGACAGTTAACAACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTACCTGCTCAGCTTAGCCTGTGCAGATCTCATCATTGGAATCTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTACCTGCTCAGCTTAGCCTGTGCAGATCTCATCATTGGAATCTTCTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGAACCTCTACACCACCTACATCCTCATGGGACGCTGGGCTCTCGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGAACCTCTACACCACCTACATCCTCATGGGACGCTGGGCTCTCGGGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGCTTGTGACCTTTGGCTTGCACTGGACTACGTGGCCAGCAACGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGCTTGTGACCTTTGGCTTGCACTGGACTACGTGGCCAGCAACGCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTCATGAACCTTCTGGTGATCAGTTTTGACCGTTACTTTTCCATCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTCATGAACCTTCTGGTGATCAGTTTTGACCGTTACTTTTCCATCACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GACCCTTGACATATCGGGCCAAGCGTACTCCGAAAAGGGCTGGCATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GACCCTTGACATATCGGGCCAAGCGTACTCCGAAAAGGGCTGGCATCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATTGGCTTGGCCTGGCTGATCTCCTTCATCCTCTGGGCCCCAGCAATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATTGGCTTGGCCTGGCTGATCTCCTTCATCCTCTGGGCCCCAGCAATCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTGCTGGCAGTACTTGGTTGGGAAGCGGACAGTTCCACTGGATGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTGCTGGCAGTACTTGGTTGGGAAGCGGACAGTTCCACTGGATGAGTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGATCCAGTTTCTCTCTGAGCCCACCATCACTTTTGGCACTGCCATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGATCCAGTTTCTCTCTGAGCCCACCATCACTTTTGGCACTGCCATTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCTTCTACATCCCTGTTTCTGTCATGACCATCCTCTACTGTCGAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCTTCTACATCCCTGTTTCTGTCATGACCATCCTCTACTGTCGAATCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGGGAAACAGAGAAGCGAACCAAGGACCTGGCTGACCTCCAGGGTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CCGGGAAACAGAGAAGCGAACCAAGGACCTGGCTGACCTCCAGGGTTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACTCTGTGACCAAAGCTGAGAAGAGAAAGCCAGCTCATAGGGCTCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACTCTGTGACCAAAGCTGAGAAGAGAAAGCCAGCTCATAGGGCTCTGTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGATCCTGCTTGCGCTGTCCTCGACCCACCCTGGCCCAGCGGGAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGATCCTGCTTGCGCTGTCCTCGACCCACCCTGGCCCAGCGGGAAAGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCAGGCCTCCTGGTCATCCTCCCGCAGGAGCACCTCCACCACTGGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCAGGCCTCCTGGTCATCCTCCCGCAGGAGCACCTCCACCACTGGGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CATCCCAAGCCACTGGCCCAAGCGCCAATTGGGCCAAAGCTGAGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CATCCCAAGCCACTGGCCCAAGCGCCAATTGGGCCAAAGCTGAGCAGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACCACCTGTAGCAGCTACCCTTCCTCAGAGGATGAGGACAAGCCCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACCACCTGTAGCAGCTACCCTTCCTCAGAGGATGAGGACAAGCCCGCCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TGACCCTGTCCTCCAAGTGGTCTACAAGAGTCAGGGTAAGGAAAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TGACCCTGTCCTCCAAGTGGTCTACAAGAGTCAGGGTAAGGAAAGCCCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GGGAAGAATTCAGTGCTGAAGAGACTGAGGAAACTTTTGTGAAAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GGGAAGAATTCAGTGCTGAAGAGACTGAGGAAACTTTTGTGAAAGCTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ACTGAAAAAAGTGACTATGACACCCCAAACTACCTTCTGTCTCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ACTGAAAAAAGTGACTATGACACCCCAAACTACCTTCTGTCTCCAGCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TGCTCATAGACCCAAGAGTCAGAAATGTGTGGCCTATAAGTTCCGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TGCTCATAGACCCAAGAGTCAGAAATGTGTGGCCTATAAGTTCCGATTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TGGTAAAAGCTGACGGGAACCAGGAGACCAACAATGGCTGTCACAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TGGTAAAAGCTGACGGGAACCAGGAGACCAACAATGGCTGTCACAAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AAAATCATGCCCTGCCCCTTCCCAGTGGCCAAGGAACCTTCAACGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AAAATCATGCCCTGCCCCTTCCCAGTGGCCAAGGAACCTTCAACGAAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCTCAATCCCAACCCCAGCCATCAAATGACCAAACGAAAGAGAGTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCTCAATCCCAACCCCAGCCATCAAATGACCAAACGAAAGAGAGTGGTCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TAGTCAAAGAGAGGAAAGCAGCCCAGACACTGAGTGCCATTCTCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TAGTCAAAGAGAGGAAAGCAGCCCAGACACTGAGTGCCATTCTCCTGGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TTCATCATCACATGGACCCCGTATAACATCATGGTCCTGGTTTCTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TTCATCATCACATGGACCCCGTATAACATCATGGTCCTGGTTTCTACCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CTGTGACAAGTGTGTCCCAGTCACCCTGTGGCACTTGGGCTATTGGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CTGTGACAAGTGTGTCCCAGTCACCCTGTGGCACTTGGGCTATTGGTTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GCTATGTCAATAGCACTGTCAACCCCATCTGCTATGCCCTCTGCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GCTATGTCAATAGCACTGTCAACCCCATCTGCTATGCCCTCTGCAACAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 ACCTTCAGGAAGACCTTTAAGATGCTGCTTCTCTGCCGATGGAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 ACCTTCAGGAAGACCTTTAAGATGCTGCTTCTCTGCCGATGGAAAAAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1551 AAAAGTGGAAGAGAAGTTGTACTGGCAGGGGAACAGCAAGCTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 AAAAGTGGAAGAGAAGTTGTACTGGCAGGGGAACAGCAAGCTACCC