seq1 = pF1KE9508.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KE9508/gi568815587f_18073257.tfa (gi568815587f:18073257_18274222), 200966 bp

>pF1KE9508 966
>gi568815587f:18073257_18274222 (Chr11)

1-966  (100001-100966)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCAACCGTCCCAGTCTTCGGTACAAAACTGACACCAATCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCCAACCGTCCCAGTCTTCGGTACAAAACTGACACCAATCAACGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGTGAGGAGACTCCTTGCTACAATCAGACCCTGAGCTTCACGGTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACGTGAGGAGACTCCTTGCTACAATCAGACCCTGAGCTTCACGGTGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTGCATCATTTCCCTTGTCGGACTGACAGGAAACGCGGTTGTGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTGCATCATTTCCCTTGTCGGACTGACAGGAAACGCGGTTGTGCTCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCTGGGCTACCGCATGCGCAGGAACGCTGTCTCCATCTACATCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCTGGGCTACCGCATGCGCAGGAACGCTGTCTCCATCTACATCCTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGGCCGCAGCAGACTTCCTCTTCCTCAGCTTCCAGATTATACGTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100201 CCTGGCCGCAGCAGACTTCCTCTTCCTCAGCTTCCAGATTATACGTTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CATTACGCCTCATCAATATCAGCCATCTCATCCGCAAAATCCTCGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CATTACGCCTCATCAATATCAGCCATCTCATCCGCAAAATCCTCGTTTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGATGACCTTTCCCTACTTTACAGGCCTGAGTATGCTGAGCGCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGATGACCTTTCCCTACTTTACAGGCCTGAGTATGCTGAGCGCCATCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACCGAGCGCTGCCTGTCTGTTCTGTGGCCCATCTGGTACCGCTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACCGAGCGCTGCCTGTCTGTTCTGTGGCCCATCTGGTACCGCTGCCGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCCCCACACACCTGTCAGCGGTCGTGTGTGTCCTGCTCTGGGGCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCCCCACACACCTGTCAGCGGTCGTGTGTGTCCTGCTCTGGGGCCTGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGCTGTTTAGTATGCTGGAGTGGAGGTTCTGTGACTTCCTGTTTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGCTGTTTAGTATGCTGGAGTGGAGGTTCTGTGACTTCCTGTTTAGTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGCTGATTCTAGTTGGTGTGAAACGTCAGATTTCATCCCAGTCGCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGCTGATTCTAGTTGGTGTGAAACGTCAGATTTCATCCCAGTCGCGTGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGATTTTTTTATGTGTGGTTCTCTGTGTTTCCAGCCTGGTCCTGCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGATTTTTTTATGTGTGGTTCTCTGTGTTTCCAGCCTGGTCCTGCTGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGATCCTCTGTGGATCCCGGAAGATGCCGCTGACCAGGCTGTACGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGATCCTCTGTGGATCCCGGAAGATGCCGCTGACCAGGCTGTACGTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCCTGCTCACAGTGCTGGTCTTCCTCCTCTGCGGCCTGCCCTTCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATCCTGCTCACAGTGCTGGTCTTCCTCCTCTGCGGCCTGCCCTTCGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTCTGGGGGCCCTAATTTACAGGATGCACCTGAATTTGGAAGTCTTATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTCTGGGGGCCCTAATTTACAGGATGCACCTGAATTTGGAAGTCTTATAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGTCATGTTTATCTGGTTTGCATGTCCCTGTCCTCTCTAAACAGTAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGTCATGTTTATCTGGTTTGCATGTCCCTGTCCTCTCTAAACAGTAGTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAACCCCATCATTTACTTCTTCGTGGGCTCCTTTAGGCAGCGTCAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAACCCCATCATTTACTTCTTCGTGGGCTCCTTTAGGCAGCGTCAAAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGCAGAACCTGAAGCTGGTTCTCCAGAGGGCTCTGCAGGACAAGCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGCAGAACCTGAAGCTGGTTCTCCAGAGGGCTCTGCAGGACAAGCCTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTGGATAAAGGTGAAGGGCAGCTTCCTGAGGAAAGCCTGGAGCTGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTGGATAAAGGTGAAGGGCAGCTTCCTGAGGAAAGCCTGGAGCTGTCGGG

    950     .    :    .
    951 AAGCAGATTGGGGCCA
        ||||||||||||||||
 100951 AAGCAGATTGGGGCCA