seq1 = pF1KE9504.tfa, 1164 bp
seq2 = pF1KE9504/gi568815578f_22935484.tfa (gi568815578f:22935484_23136647), 201164 bp

>pF1KE9504 1164
>gi568815578f:22935484_23136647 (Chr20)

1-1164  (100001-101164)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGCCCCCTCGACGCTGCCCCCCGGGGGCGAGGAAGGGCTGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGCCCCCTCGACGCTGCCCCCCGGGGGCGAGGAAGGGCTGGGGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCTGGCCCTCTGCAGCCAATGCCAGTAGCGCTCCGGCGGAGGCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCTGGCCCTCTGCAGCCAATGCCAGTAGCGCTCCGGCGGAGGCGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCGGTGGCGGGGCCCGGGGACGCGCGGGCGGCGGGCATGGTCGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCGGTGGCGGGGCCCGGGGACGCGCGGGCGGCGGGCATGGTCGCTATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTGCATCTACGCGCTGGTGTGCCTGGTGGGGCTGGTGGGCAACGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGTGCATCTACGCGCTGGTGTGCCTGGTGGGGCTGGTGGGCAACGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTCATCTTCGTGATCCTTCGCTACGCCAAGATGAAGACGGCTACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTCATCTTCGTGATCCTTCGCTACGCCAAGATGAAGACGGCTACCAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTACCTGCTCAACCTGGCCGTAGCCGACGAGCTCTTCATGCTGAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTACCTGCTCAACCTGGCCGTAGCCGACGAGCTCTTCATGCTGAGCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCTTCGTGGCCTCGTCGGCCGCCCTGCGCCACTGGCCCTTCGGCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCTTCGTGGCCTCGTCGGCCGCCCTGCGCCACTGGCCCTTCGGCTCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGTGCCGCGCGGTGCTCAGCGTCGACGGCCTCAACATGTTCACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGTGCCGCGCGGTGCTCAGCGTCGACGGCCTCAACATGTTCACCAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTTCTGTCTCACCGTGCTCAGCGTGGACCGCTACGTGGCCGTGGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTTCTGTCTCACCGTGCTCAGCGTGGACCGCTACGTGGCCGTGGTGCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTCTGCGCGCGGCGACCTACCGGCGGCCCAGCGTGGCCAAGCTCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCTCTGCGCGCGGCGACCTACCGGCGGCCCAGCGTGGCCAAGCTCATCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTGGGCGTGTGGCTGGCATCCCTGTTGGTCACTCTCCCCATCGCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGGGCGTGTGGCTGGCATCCCTGTTGGTCACTCTCCCCATCGCCATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCGCAGACACCAGACCGGCTCGCGGCGGCCAGGCCGTGGCCTGCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCGCAGACACCAGACCGGCTCGCGGCGGCCAGGCCGTGGCCTGCAACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGTGGCCACACCCGGCCTGGTCGGCAGTCTTCGTGGTCTACACTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGTGGCCACACCCGGCCTGGTCGGCAGTCTTCGTGGTCTACACTTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGGGCTTCCTGCTGCCCGTGCTGGCCATTGGCCTGTGCTACCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTGGGCTTCCTGCTGCCCGTGCTGGCCATTGGCCTGTGCTACCTGCTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCGTGGGCAAGATGCGCGCCGTGGCCCTGCGCGCTGGCTGGCAGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCGTGGGCAAGATGCGCGCCGTGGCCCTGCGCGCTGGCTGGCAGCAGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGGCGCTCGGAGAAGAAAATCACCAGGCTGGTGCTGATGGTCGTGGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGGCGCTCGGAGAAGAAAATCACCAGGCTGGTGCTGATGGTCGTGGTCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTTTGTGCTCTGCTGGATGCCTTTCTACGTGGTGCAGCTGCTGAACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100801 CTTTGTGCTCTGCTGGATGCCTTTCTACGTGGTGCAGCTGCTGAACCTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCGTGACCAGCCTTGATGCCACCGTCAACCACGTGTCCCTTATCCTCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100851 TCGTGACCAGCCTTGATGCCACCGTCAACCACGTGTCCCTTATCCTTAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TATGCCAACAGCTGCGCCAACCCTATTCTCTATGGCTTCCTCTCCGACAA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100901 TATGCCAACAGCTGCGCCAACCCCATTCTCTATGGCTTCCTCTCCGACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTTCCGCCGATCCTTCCAGCGGGTTCTCTGCCTGCGCTGCTGCCTCCTGG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTTCCGCCGATTCTTCCAGCGGGTTCTCTGCCTGCGCTGCTGCCTCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAGGTGCTGGAGGTGCTGAGGAGGAGCCCCTGGACTACTATGCCACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAGGTGCTGGAGGTGCTGAGGAGGAGCCCCTGGACTACTATGCCACTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTCAAGAGCAAAGGTGGGGCAGGGTGCATGTGCCCCCCACTCCCCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTCAAGAGCAAAGGTGGGGCAGGGTGCATGTGCCCCCCACTCCCCTGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCAGGAAGCCCTGCAACCAGAACCCGGCCGCAAGCGCATCCCCCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCAGGAAGCCCTGCAACCAGAACCCGGCCGCAAGCGCATCCCCCTCACCA

   1150     .    :
   1151 GGACCACCACCTTC
        ||||||||||||||
 101151 GGACCACCACCTTC