seq1 = pF1KE9464.tfa, 1119 bp
seq2 = pF1KE9464/gi568815595r_127473524.tfa (gi568815595r:127473524_127680146), 206623 bp

>pF1KE9464 1119
>gi568815595r:127473524_127680146 (Chr3)

(complement)

1-125  (100001-100125)   100% ->
126-258  (100275-100407)   100% ->
259-345  (103071-103157)   100% ->
346-418  (103254-103326)   100% ->
419-498  (103451-103530)   100% ->
499-609  (104097-104207)   100% ->
610-670  (104338-104398)   100% ->
671-773  (104642-104744)   100% ->
774-854  (104882-104962)   100% ->
855-1119  (106359-106623)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACACCCTGGAGGAGGTGACTTGGGCCAATGGGAGCACAGCGCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACACCCTGGAGGAGGTGACTTGGGCCAATGGGAGCACAGCGCTACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCACCCCTGGCACCAAACATCAGTGTGCCTCATCGCTGCCTGCTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCACCCCTGGCACCAAACATCAGTGTGCCTCATCGCTGCCTGCTGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTACGAAGACATTGGCACCTCCAG         GGTCCGGTACTGGGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100101 TCTACGAAGACATTGGCACCTCCAGGTG...CAGGGTCCGGTACTGGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCTTGCTGCTCATCCCCAATGTGCTCTTCCTCATCTTCCTGCTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100291 CTCTTGCTGCTCATCCCCAATGTGCTCTTCCTCATCTTCCTGCTCTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTTCCATCTGCTCGGGCGAAGATCCGCATCACCTCCAGCCCCATTTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100341 GCTTCCATCTGCTCGGGCGAAGATCCGCATCACCTCCAGCCCCATTTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCACCTTCTACATCCTG         GTGTTTGTGGTGGCGCTGGTGGGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100391 TCACCTTCTACATCCTGGTG...CAGGTGTTTGTGGTGGCGCTGGTGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTGCCCGGGCCGTGGTATCCATGACGGTGAGCACCTCGAACGCTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103095 ATTGCCCGGGCCGTGGTATCCATGACGGTGAGCACCTCGAACGCTGCAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTTGCTGATAAG         ATCCTGTGGGAGATCACCCGCTTCTTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103145 TGTTGCTGATAAGGTG...CAGATCCTGTGGGAGATCACCCGCTTCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCTGGCCATCGAGCTGAGTGTGATCATCCTGGGCCTGGCCTTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103282 TGCTGGCCATCGAGCTGAGTGTGATCATCCTGGGCCTGGCCTTTGGTG..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419     GCCACCTGGAGAGTAAGTCCAGCATCAAGCGGGTGCTGGCCATCAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103332 .CAGGCCACCTGGAGAGTAAGTCCAGCATCAAGCGGGTGCTGGCCATCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CACAGTGCTGTCCCTGGCCTACTCTGTCACCCAG         GGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103497 CACAGTGCTGTCCCTGGCCTACTCTGTCACCCAGGTA...CAGGGGACCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAGATCCTGTACCCTGATGCCCATCTCTCAGCTGAGGACTTTAATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104104 TGGAGATCCTGTACCCTGATGCCCATCTCTCAGCTGAGGACTTTAATATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TATGGCCATGGGGGCCGCCAGTTCTGGCTGGTCAGCTCCTGCTTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104154 TATGGCCATGGGGGCCGCCAGTTCTGGCTGGTCAGCTCCTGCTTCTTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTG         GTCTACTCTCTGGTGGTCATCCTTCCCAAGACCCCGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104204 CCTGGTG...TAGGTCTACTCTCTGGTGGTCATCCTTCCCAAGACCCCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGAAGGAGCGCATCTCCCTGCCTT         CTCGGAGGAGCTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104375 TGAAGGAGCGCATCTCCCTGCCTTGTG...CAGCTCGGAGGAGCTTCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTGTATGCGGGCATCCTGGCACTGCTCAACCTACTGCAGGGGCTGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104659 GTGTATGCGGGCATCCTGGCACTGCTCAACCTACTGCAGGGGCTGGGGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTGCTGCTGTGCTTCGACATCATCGAGGGGCTCTG         CTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104709 TGTGCTGCTGTGCTTCGACATCATCGAGGGGCTCTGGTG...CAGCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TAGATGCCACAACCTTCCTGTACTTCAGCTTCTTCGCTCCGCTCATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104887 TAGATGCCACAACCTTCCTGTACTTCAGCTTCTTCGCTCCGCTCATCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GTGGCTTTCCTCCGGGGCTTCTTCGG         CTCGGAGCCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104937 GTGGCTTTCCTCCGGGGCTTCTTCGGGTG...CAGCTCGGAGCCCAAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CCTCTTCTCCTACAAATGCCAAGTGGACGAGACAGAGGAGCCAGATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106374 CCTCTTCTCCTACAAATGCCAAGTGGACGAGACAGAGGAGCCAGATGTAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ACCTACCCCAGCCCTACGCTGTGGCCCGGCGGGAGGGCCTGGAGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106424 ACCTACCCCAGCCCTACGCTGTGGCCCGGCGGGAGGGCCTGGAGGCTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGGGCTGCTGGGGCCTCAGCTGCCAGCTACTCGAGCACGCAGTTCGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106474 GGGGCTGCTGGGGCCTCAGCTGCCAGCTACTCGAGCACGCAGTTCGACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGCCGGCGGGGTGGCCTACCTGGATGACATCGCTTCCATGCCCTGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106524 TGCCGGCGGGGTGGCCTACCTGGATGACATCGCTTCCATGCCCTGCCACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGGCAGCATCAACAGCACAGACAGCGAGCGCTGGAAGGCCATCAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106574 CTGGCAGCATCAACAGCACAGACAGCGAGCGCTGGAAGGCCATCAATGCC