seq1 = pF1KE9463.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE9463/gi568815595f_151780558.tfa (gi568815595f:151780558_151981545), 200988 bp

>pF1KE9463 1002
>gi568815595f:151780558_151981545 (Chr3)

1-15  (99336-99350)   100% ->
16-1002  (100002-100988)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGGGATCATG         GCATGGAATGCAACTTGCAAAAACTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
  99336 ATGCTGGGGATCATGGTA...TAGGCATGGAATGCAACTTGCAAAAACTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCTGGCAGCAGAGGCTGCCCTGGAAAAGTACTACCTTTCCATTTTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 GCTGGCAGCAGAGGCTGCCCTGGAAAAGTACTACCTTTCCATTTTTTATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGATTGAGTTCGTTGTGGGAGTCCTTGGAAATACCATTGTTGTTTACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 GGATTGAGTTCGTTGTGGGAGTCCTTGGAAATACCATTGTTGTTTACGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACATCTTCTCTCTGAAGAACTGGAACAGCAGTAATATTTATCTCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100128 TACATCTTCTCTCTGAAGAACTGGAACAGCAGTAATATTTATCTCTTTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCTCTGTCTCTGACTTAGCTTTTCTGTGCACCCTCCCCATGCTGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100178 CCTCTCTGTCTCTGACTTAGCTTTTCTGTGCACCCTCCCCATGCTGATAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGAGTTATGCCAATGGAAACTGGATATATGGAGACGTGCTCTGCATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100228 GGAGTTATGCCAATGGAAACTGGATATATGGAGACGTGCTCTGCATAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACCGATATGTGCTTCATGCCAACCTCTATACCAGCATTCTCTTTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100278 AACCGATATGTGCTTCATGCCAACCTCTATACCAGCATTCTCTTTCTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTTATCAGCATAGATCGATACTTGATAATTAAGTATCCTTTCCGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100328 TTTTATCAGCATAGATCGATACTTGATAATTAAGTATCCTTTCCGAGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCTTCTGCAAAAGAAAGAGTTTGCTATTTTAATCTCCTTGGCCATTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100378 ACCTTCTGCAAAAGAAAGAGTTTGCTATTTTAATCTCCTTGGCCATTTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTTTTAGTAACCTTAGAGTTACTACCCATACTTCCCCTTATAAATCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100428 GTTTTAGTAACCTTAGAGTTACTACCCATACTTCCCCTTATAAATCCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TATAACTGACAATGGCACCACCTGTAATGATTTTGCAAGTTCTGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100478 TATAACTGACAATGGCACCACCTGTAATGATTTTGCAAGTTCTGGAGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCAACTACAACCTCATTTACAGCATGTGTCTAACACTGTTGGGGTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100528 CCAACTACAACCTCATTTACAGCATGTGTCTAACACTGTTGGGGTTCCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTCCTCTTTTTGTGATGTGTTTCTTTTATTACAAGATTGCTCTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100578 ATTCCTCTTTTTGTGATGTGTTTCTTTTATTACAAGATTGCTCTCTTCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AAAGCAGAGGAATAGGCAGGTTGCTACTGCTCTGCCCCTTGAAAAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100628 AAAGCAGAGGAATAGGCAGGTTGCTACTGCTCTGCCCCTTGAAAAGCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCAACTTGGTCATCATGGCAGTGGTAATCTTCTCTGTGCTTTTTACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100678 TCAACTTGGTCATCATGGCAGTGGTAATCTTCTCTGTGCTTTTTACACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TATCACGTCATGCGGAATGTGAGGATCGCTTCACGCCTGGGGAGTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100728 TATCACGTCATGCGGAATGTGAGGATCGCTTCACGCCTGGGGAGTTGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCAGTATCAGTGCACTCAGGTCGTCATCAACTCCTTTTACATTGTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100778 GCAGTATCAGTGCACTCAGGTCGTCATCAACTCCTTTTACATTGTGACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GGCCTTTGGCCTTTCTGAACAGTGTCATCAACCCTGTCTTCTATTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100828 GGCCTTTGGCCTTTCTGAACAGTGTCATCAACCCTGTCTTCTATTTTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TTGGGAGATCACTTCAGGGACATGCTGATGAATCAACTGAGACACAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100878 TTGGGAGATCACTTCAGGGACATGCTGATGAATCAACTGAGACACAACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAAATCCCTTACATCCTTTAGCAGATGGGCTCATGAACTCCTACTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100928 CAAATCCCTTACATCCTTTAGCAGATGGGCTCATGAACTCCTACTTTCAT

   1000     .    :
    992 TCAGAGAAAAG
        |||||||||||
 100978 TCAGAGAAAAG