seq1 = pF1KE9462.tfa, 1458 bp
seq2 = pF1KE9462/gi568815581f_74332039.tfa (gi568815581f:74332039_74547025), 214987 bp

>pF1KE9462 1458
>gi568815581f:74332039_74547025 (Chr17)

1-103  (100001-100103)   99% ->
104-1186  (107707-108789)   100% ->
1187-1281  (111780-111874)   100% ->
1282-1458  (114811-114987)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGGGCGTGGTAGTCAACAGCAACAACCCACACGCCGGCAGGGCCA
        |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGGGGCGTGGCAGTCAACAGCAACAACCCACACGCCGGCAGGGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAACTCCCATCTCCCTCACCAGCCGGAAAGTACGAGTCGGCTCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAACTCCCATCTCCCTCACCAGCCGGAAAGTACGAGTCGGCTCAGCCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAG         GGACCCAACCAGAGCCTGGCCTGGGAGCCAGGATGGCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGGTG...TAGGGACCCAACCAGAGCCTGGCCTGGGAGCCAGGATGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATCCACAAAGCCTTGGTGATGTGCCTGGGACTGCCTCTCTTCCTGTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107745 ATCCACAAAGCCTTGGTGATGTGCCTGGGACTGCCTCTCTTCCTGTTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGGGCCTGGGCCCAGGGCCATGTCCCACCCGGCTGCAGCCAAGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107795 AGGGGCCTGGGCCCAGGGCCATGTCCCACCCGGCTGCAGCCAAGGCCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCCCTGTACTACAACCTGTGTGACCGCTCTGGGGCGTGGGGCATCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107845 ACCCCCTGTACTACAACCTGTGTGACCGCTCTGGGGCGTGGGGCATCGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGAGGCCGTGGCTGGGGCGGGCATTGTCACCACGTTTGTGCTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107895 CTGGAGGCCGTGGCTGGGGCGGGCATTGTCACCACGTTTGTGCTCACCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCCTGGTGGCCAGCCTCCCCTTTGTGCAGGACACCAAGAAACGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107945 CATCCTGGTGGCCAGCCTCCCCTTTGTGCAGGACACCAAGAAACGGAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGCTGGGGACCCAGGTATTCTTCCTTCTGGGGACCCTGGGCCTCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107995 TGCTGGGGACCCAGGTATTCTTCCTTCTGGGGACCCTGGGCCTCTTCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCGTGTTTGCCTGTGTGGTGAAGCCCGACTTCTCCACCTGTGCCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108045 CTCGTGTTTGCCTGTGTGGTGAAGCCCGACTTCTCCACCTGTGCCTCTCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCGCTTCCTCTTTGGGGTTCTGTTCGCCATCTGCTTCTCTTGTCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108095 GCGCTTCCTCTTTGGGGTTCTGTTCGCCATCTGCTTCTCTTGTCTGGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CTCACGTCTTTGCCCTCAACTTCCTGGCCCGGAAGAACCACGGGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108145 CTCACGTCTTTGCCCTCAACTTCCTGGCCCGGAAGAACCACGGGCCCCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGCTGGGTGATCTTCACTGTGGCTCTGCTGCTGACCCTGGTAGAGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108195 GGCTGGGTGATCTTCACTGTGGCTCTGCTGCTGACCCTGGTAGAGGTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CATCAATACAGAGTGGCTGATCATCACCCTGGTTCGGGGCAGTGGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108245 CATCAATACAGAGTGGCTGATCATCACCCTGGTTCGGGGCAGTGGCGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCGGCCCTCAGGGCAACAGCAGCGCAGGCTGGGCCGTGGCCTCCCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108295 GCGGCCCTCAGGGCAACAGCAGCGCAGGCTGGGCCGTGGCCTCCCCCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCATCGCCAACATGGACTTTGTCATGGCACTCATCTACGTCATGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108345 GCCATCGCCAACATGGACTTTGTCATGGCACTCATCTACGTCATGCTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCTGCTGGGTGCCTTCCTGGGGGCCTGGCCCGCCCTGTGTGGCCGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108395 GCTGCTGGGTGCCTTCCTGGGGGCCTGGCCCGCCCTGTGTGGCCGCTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGCGCTGGCGTAAGCATGGGGTCTTTGTGCTCCTCACCACAGCCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108445 AGCGCTGGCGTAAGCATGGGGTCTTTGTGCTCCTCACCACAGCCACCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTTGCCATATGGGTGGTGTGGATCGTCATGTATACTTACGGCAACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108495 GTTGCCATATGGGTGGTGTGGATCGTCATGTATACTTACGGCAACAAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCACAACAGTCCCACCTGGGATGACCCCACGCTGGCCATCGCCCTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108545 GCACAACAGTCCCACCTGGGATGACCCCACGCTGGCCATCGCCCTCGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CCAATGCCTGGGCCTTCGTCCTCTTCTACGTCATCCCCGAGGTCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108595 CCAATGCCTGGGCCTTCGTCCTCTTCTACGTCATCCCCGAGGTCTCCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GTGACCAAGTCCAGCCCAGAGCAAAGCTACCAGGGGGACATGTACCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108645 GTGACCAAGTCCAGCCCAGAGCAAAGCTACCAGGGGGACATGTACCCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCGGGGCGTGGGCTATGAGACCATCCTGAAAGAGCAGAAGGGTCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108695 CCGGGGCGTGGGCTATGAGACCATCCTGAAAGAGCAGAAGGGTCAGAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TGTTCGTGGAGAACAAGGCCTTTTCCATGGATGAGCCGGTTGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 108745 TGTTCGTGGAGAACAAGGCCTTTTCCATGGATGAGCCGGTTGCAGGTG..

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187     CTAAGAGGCCGGTGTCACCATACAGCGGGTACAATGGGCAGCTGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108795 .TAGCTAAGAGGCCGGTGTCACCATACAGCGGGTACAATGGGCAGCTGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GACCAGTGTGTACCAGCCCACTGAGATGGCCCTGATGCACAAAGTTCCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111826 GACCAGTGTGTACCAGCCCACTGAGATGGCCCTGATGCACAAAGTTCCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1282         TCCGAAGGAGCTTACGACATCATCCTCCCACGGGCCACCGCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111876 TA...CAGTCCGAAGGAGCTTACGACATCATCCTCCCACGGGCCACCGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 AACAGCCAGGTGATGGGCAGTGCCAACTCGACCCTGCGGGCTGAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114853 AACAGCCAGGTGATGGGCAGTGCCAACTCGACCCTGCGGGCTGAAGACAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GTACTCGGCCCAGAGCCACCAGGCGGCCACACCGCCGAAAGACGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114903 GTACTCGGCCCAGAGCCACCAGGCGGCCACACCGCCGAAAGACGGCAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .
   1424 ACTCTCAGGTCTTTAGAAACCCCTACGTGTGGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114953 ACTCTCAGGTCTTTAGAAACCCCTACGTGTGGGAC