seq1 = pF1KE9461.tfa, 1443 bp
seq2 = pF1KE9461/gi568815597f_202022964.tfa (gi568815597f:202022964_202228553), 205590 bp

>pF1KE9461 1443
>gi568815597f:202022964_202228553 (Chr1)

1-630  (100001-100630)   99% ->
631-1443  (104778-105590)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGTGGCTGTGGCCCCTGGCTGTCTCTCTTGCTGTGATTTTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGTGGCTGTGGCCCCTGGCTGTCTCTCTTGCTGTGATTTTGGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGCTAAGCAGGGTCTCTGGGGGTGCCCCCCTGCACCTGGGCAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGCTAAGCAGGGTCTCTGGGGGTGCCCCCCTGCACCTGGGCAGGCACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGCCGAGACCCAGGAGCAGCAGAGCCGATCCAAGAGGGGCACCGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGCCGAGACCCAGGAGCAGCAGAGCCGATCCAAGAGGGGCACCGAGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGAGGCCAAGGGCGTGCAGCAGTATGTGCCTGAGGAGTGGGCGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGAGGCCAAGGGCGTGCAGCAGTATGTGCCTGAGGAGTGGGCGGAGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCCGGCCCATTCACCCTGCTGGCCTGCAGCCAACCAAGCCCTTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCCGGCCCATTCACCCTGCTGGCCTGCAGCCAACCAAGCCCTTGGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCACCAGCCCTAACCCCGACAAGGATGGGGGCACCCCAGACAGTGGGCAG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCACCAGCCCTAACCCCGGCAAGGATGGGGGCACCCCAGACAGTGGGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAACTGAGGGGCAATCTGACAGGGGCACCAGGGCAGAGGCTACAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAACTGAGGGGCAATCTGACAGGAGCACCAGGGCAGAGGCTACAGATCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAACCCCCTGTATCCGGTGACCGAGAGCTCCTACAGTGCCTATGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAACCCCCTGTATCCGGTGACCGAGAGCTCCTACAGTGCCTATGCCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCTTCTGGCGCTGGTGGTGTTTGCGGTGGGCATTGTGGGCAACCTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCTTCTGGCGCTGGTGGTGTTTGCGGTGGGCATTGTGGGCAACCTGTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCATGTGCATCGTGTGGCACAGCTACTACCTGAAGAGCGCCTGGAACTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100451 GTCATGTGCATCGTGTGGCACAGCTACTACCTGAAGAGTGCCTGGAACTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CATCCTTGCCAGCCTGGCCCTCTGGGATTTTCTGGTCCTCTTTTTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CATCCTTGCCAGCCTGGCCCTCTGGGATTTTCTGGTCCTCTTTTTCTGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCCTATTGTCATCTTCAACGAGATCACCAAGCAGAGGCTACTGGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCCTATTGTCATCTTCAACGAGATCACCAAGCAGAGGCTACTGGGTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTTTCTTGTCGTGCCGTGCCCTTCATGGAG         GTCTCCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100601 GTTTCTTGTCGTGCCGTGCCCTTCATGGAGGTG...CAGGTCTCCTCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGGAGTCACGACTTTCAGCCTCTGTGCCCTGGGCATTGACCGCTTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104789 GGGAGTCACGACTTTCAGCCTCTGTGCCCTGGGCATTGACCGCTTCCACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGGCCACCAGCACCCTGCCCAAGGTGAGGCCCATCGAGCGGTGCCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104839 TGGCCACCAGCACCCTGCCCAAGGTGAGGCCCATCGAGCGGTGCCAATCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATCCTGGCCAAGTTGGCTGTCATCTGGGTGGGCTCCATGACGCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104889 ATCCTGGCCAAGTTGGCTGTCATCTGGGTGGGCTCCATGACGCTGGCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCTGAGCTCCTGCTGTGGCAGCTGGCACAGGAGCCTGCCCCCACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104939 GCCTGAGCTCCTGCTGTGGCAGCTGGCACAGGAGCCTGCCCCCACCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCACCCTGGACTCATGCATCATGAAACCCTCAGCCAGCCTGCCCGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104989 GCACCCTGGACTCATGCATCATGAAACCCTCAGCCAGCCTGCCCGAGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGTATTCACTGGTGATGACCTACCAGAACGCCCGCATGTGGTGGTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105039 CTGTATTCACTGGTGATGACCTACCAGAACGCCCGCATGTGGTGGTACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGGCTGCTACTTCTGCCTGCCCATCCTCTTCACAGTCACCTGCCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105089 TGGCTGCTACTTCTGCCTGCCCATCCTCTTCACAGTCACCTGCCAGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGACATGGCGGGTGCGAGGCCCTCCAGGGAGGAAGTCAGAGTGCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105139 TGACATGGCGGGTGCGAGGCCCTCCAGGGAGGAAGTCAGAGTGCAGGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGCAAGCACGAGCAGTGTGAGAGCCAGCTCAACAGCACCGTGGTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105189 AGCAAGCACGAGCAGTGTGAGAGCCAGCTCAACAGCACCGTGGTGGGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GACCGTGGTCTACGCCTTCTGCACCCTCCCAGAGAACGTCTGCAACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105239 GACCGTGGTCTACGCCTTCTGCACCCTCCCAGAGAACGTCTGCAACATCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TGGTGGCCTACCTCTCCACCGAGCTGACCCGCCAGACCCTGGACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105289 TGGTGGCCTACCTCTCCACCGAGCTGACCCGCCAGACCCTGGACCTCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GGCCTCATCAACCAGTTCTCCACCTTCTTCAAGGGCGCCATCACCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105339 GGCCTCATCAACCAGTTCTCCACCTTCTTCAAGGGCGCCATCACCCCAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GCTGCTCCTTTGCATCTGCAGGCCGCTGGGCCAGGCCTTCCTGGACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105389 GCTGCTCCTTTGCATCTGCAGGCCGCTGGGCCAGGCCTTCCTGGACTGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GCTGCTGCTGCTGCTGTGAGGAGTGCGGCGGGGCTTCGGAGGCCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105439 GCTGCTGCTGCTGCTGTGAGGAGTGCGGCGGGGCTTCGGAGGCCTCTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GCCAATGGGTCGGACAACAAGCTCAAGACCGAGGTGTCCTCTTCCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105489 GCCAATGGGTCGGACAACAAGCTCAAGACCGAGGTGTCCTCTTCCATCTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CTTCCACAAGCCCAGGGAGTCACCCCCACTCCTGCCCCTGGGCACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105539 CTTCCACAAGCCCAGGGAGTCACCCCCACTCCTGCCCCTGGGCACACCTT

   1450 
   1442 GC
        ||
 105589 GC