seq1 = pF1KE9460.tfa, 957 bp
seq2 = pF1KE9460/gi568815595r_151098430.tfa (gi568815595r:151098430_151299386), 200957 bp

>pF1KE9460 957
>gi568815595r:151098430_151299386 (Chr3)

(complement)

1-957  (100001-100957)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAAACAGTTCGTTCTTCTGCCCAGTTTATAAAGATCTGGAGCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACAAACAGTTCGTTCTTCTGCCCAGTTTATAAAGATCTGGAGCCATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACGTATTTTTTTTATTTAGTTTTCCTTGTTGGAATTATTGGAAGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACGTATTTTTTTTATTTAGTTTTCCTTGTTGGAATTATTGGAAGTTGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCAACCTGGGCTTTTATACAGAAGAATACGAATCACAGGTGTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCAACCTGGGCTTTTATACAGAAGAATACGAATCACAGGTGTGTGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCTACTTAATTAATTTGCTTACAGCCGATTTCCTGCTTACTCTGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCTACTTAATTAATTTGCTTACAGCCGATTTCCTGCTTACTCTGGCATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCAGTGAAAATTGTTGTTGACTTGGGTGTGGCACCTTGGAAGCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCAGTGAAAATTGTTGTTGACTTGGGTGTGGCACCTTGGAAGCTGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TATTCCACTGCCAAGTAACAGCCTGCCTCATCTATATCAATATGTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TATTCCACTGCCAAGTAACAGCCTGCCTCATCTATATCAATATGTATTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCAATTATCTTCTTAGCATTTGTCAGCATTGACCGCTGTCTTCAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCAATTATCTTCTTAGCATTTGTCAGCATTGACCGCTGTCTTCAGCTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 ACACAGCTGCAAGATCTACCGAATACAAGAACCCGGATTTGCCAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACACAGCTGCAAGATCTACCGAATACAAGAACCCGGATTTGCCAAAATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TATCAACCGTTGTGTGGCTAATGGTCCTTCTTATAATGGTGCCAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TATCAACCGTTGTGTGGCTAATGGTCCTTCTTATAATGGTGCCAAATATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGATTCCCATCAAAGACATCAAGGAAAAGTCAAATGTGGGTTGTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGATTCCCATCAAAGACATCAAGGAAAAGTCAAATGTGGGTTGTATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTTTAAAAAGGAATTTGGAAGAAATTGGCATTTGCTGACAAATTTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTTTAAAAAGGAATTTGGAAGAAATTGGCATTTGCTGACAAATTTCATAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGTAGCAATATTTTTAAATTTCTCAGCCATCATTTTAATATCCAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTGTAGCAATATTTTTAAATTTCTCAGCCATCATTTTAATATCCAATTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTGTAATTCGACAGCTCTACAGAAACAAAGATAATGAAAATTACCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTGTAATTCGACAGCTCTACAGAAACAAAGATAATGAAAATTACCCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTGAAAAAGGCTCTCATCAACATACTTTTAGTGACCACGGGCTACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTGAAAAAGGCTCTCATCAACATACTTTTAGTGACCACGGGCTACATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TATGCTTTGTTCCTTACCACATTGTCCGAATCCCGTATACCCTCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TATGCTTTGTTCCTTACCACATTGTCCGAATCCCGTATACCCTCAGCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACAGAAGTCATAACTGATTGCTCAACCAGGATTTCACTCTTCAAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACAGAAGTCATAACTGATTGCTCAACCAGGATTTCACTCTTCAAAGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGAGGCTACACTGCTCCTGGCTGTGTCGAACCTGTGCTTTGATCCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGAGGCTACACTGCTCCTGGCTGTGTCGAACCTGTGCTTTGATCCTATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTACTATCACCTCTCAAAAGCATTCCGCTCAAAGGTCACTGAGACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGTACTATCACCTCTCAAAAGCATTCCGCTCAAAGGTCACTGAGACTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCTCACCTAAAGAGACCAAGGCTCAGAAAGAAAAATTAAGATGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCTCACCTAAAGAGACCAAGGCTCAGAAAGAAAAATTAAGATGTGAAAA

    950     .
    951 TAATGCA
        |||||||
 100951 TAATGCA