seq1 = pF1KE9458.tfa, 2193 bp
seq2 = pF1KE9458/gi568815595r_154237702.tfa (gi568815595r:154237702_154529615), 291914 bp

>pF1KE9458 2193
>gi568815595r:154237702_154529615 (Chr3)

(complement)

1-981  (100001-100981)   100% ->
982-1174  (101908-102100)   100% ->
1175-1623  (108129-108577)   100% ->
1624-2193  (191345-191914)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTTATTTCTCAGTAACTTATCAACAAATGACTCTAGCCTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTTATTTCTCAGTAACTTATCAACAAATGACTCTAGCCTGTGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGAATCATAATTCTACGGACCTTTTAAATCCGCCAGGAACCCTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGAATCATAATTCTACGGACCTTTTAAATCCGCCAGGAACCCTGAATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTATCTTTTTTGCTTGACATGTCTCATGACTTTTGCAGCCTTGGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTATCTTTTTTGCTTGACATGTCTCATGACTTTTGCAGCCTTGGTGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCATTTATTCACTAATTTCCCTGCTGAAAATGCAGAACAGAACTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCATTTATTCACTAATTTCCCTGCTGAAAATGCAGAACAGAACTGTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTCCATGCTTGTGGCTTCCTGGTCTGTGGATGATCTCATGAGCGTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTCCATGCTTGTGGCTTCCTGGTCTGTGGATGATCTCATGAGCGTCCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGTGACCATCTTCATGTTTTTGCAGTGGCCAAACGAGGTCCCCGGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGTGACCATCTTCATGTTTTTGCAGTGGCCAAACGAGGTCCCCGGTTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTCCAATTTCTGTGCACCACCTCTGCCTTAATGTATTTATGCCAGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTCCAATTTCTGTGCACCACCTCTGCCTTAATGTATTTATGCCAGGGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCTAGCAACTTGAAGGCGACTCTCCTAGTCTCTTACAACTTTTATACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCTAGCAACTTGAAGGCGACTCTCCTAGTCTCTTACAACTTTTATACGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCACAGAGGTGTGGGGAGCCAGACAGCCTCCAGAAGATCGGGCCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCACAGAGGTGTGGGGAGCCAGACAGCCTCCAGAAGATCGGGCCAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCGGCGTGGTGCTGACCGTGTGGGCAGCCAGTCTGCTGCTCTCGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCGGCGTGGTGCTGACCGTGTGGGCAGCCAGTCTGCTGCTCTCGGCGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCGCTGTGCGGCTGGGGCGCCTTCGTGCGCACGCCCTGGGGCTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCGCTGTGCGGCTGGGGCGCCTTCGTGCGCACGCCCTGGGGCTGCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGACTGCTCCAGCTCCTACGTACTATTCCTCTCTATCGTGTACGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGACTGCTCCAGCTCCTACGTACTATTCCTCTCTATCGTGTACGCTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCTTCGGACTCCTCGTGGGCCTCTCAGTCCCACTCACTCACCGATTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCTTCGGACTCCTCGTGGGCCTCTCAGTCCCACTCACTCACCGATTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTGTTCGGAGGAGCCGCCGAGACTCCACTCCAACTACCAGGAAATTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTGTTCGGAGGAGCCGCCGAGACTCCACTCCAACTACCAGGAAATTTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTGGAGCTTCAATTCCTGGGACCCCTCCTACTGCGGGGAGAGTGGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTGGAGCTTCAATTCCTGGGACCCCTCCTACTGCGGGGAGAGTGGTTTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGTCCCCAGAGGATGCTCCAGGCCCGAGTCTGCGGCGCTCTGGGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGTCCCCAGAGGATGCTCCAGGCCCGAGTCTGCGGCGCTCTGGGGGATG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CTCTCCGAGCTCCGACACCGTGTTCGGACCGGGTGCGCCCGCTGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CTCTCCGAGCTCCGACACCGTGTTCGGACCGGGTGCGCCCGCTGCCGCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGGCTGAAGCCTGCAGGCGTGAGAACCGGGGGACTCTCTATGGCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGGCTGAAGCCTGCAGGCGTGAGAACCGGGGGACTCTCTATGGCACCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGCTTCACCGTGAGCGTAGCGCAGAAGCGCTTCGCTTTGATCCTAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGCTTCACCGTGAGCGTAGCGCAGAAGCGCTTCGCTTTGATCCTAGCGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TACAAAAGTCGTCCTTTGGCTGCCCATGATG         ATGCACATGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100951 TACAAAAGTCGTCCTTTGGCTGCCCATGATGGTA...CAGATGCACATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TGGTCCAGAACGTCGTGGGGTTTCAGAGCCTTCCCTTGGAGACATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101918 TGGTCCAGAACGTCGTGGGGTTTCAGAGCCTTCCCTTGGAGACATTCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TTTCTACTTACCCTGCTGGCCACCACTGTAACCCCAGTGTTTGTCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101968 TTTCTACTTACCCTGCTGGCCACCACTGTAACCCCAGTGTTTGTCTTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAAACGCTGGACCCACTTGCCCTGTGGCTGCATCATCAACTGCAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102018 CAAACGCTGGACCCACTTGCCCTGTGGCTGCATCATCAACTGCAGGCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 ACGCATATGCAGTGGCGTCCGATGGGAAAAAAA         TCAAGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102068 ACGCATATGCAGTGGCGTCCGATGGGAAAAAAAGTA...CAGTCAAGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAAGGCTTTGAATTCAATCTATCATTCCAAAAAAGTTATGGGATTTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108137 AAAGGCTTTGAATTCAATCTATCATTCCAAAAAAGTTATGGGATTTATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AATAGCACATGAAGATTACTATGATGATGATGAAAATTCCATATTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108187 AATAGCACATGAAGATTACTATGATGATGATGAAAATTCCATATTCTATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ACAACCTGATGAACTCTGAGTGTGAAACTACAAAAGACCCTCAGAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108237 ACAACCTGATGAACTCTGAGTGTGAAACTACAAAAGACCCTCAGAGAGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AACCGTAACATCTTCAATGCTATAAAAGTAGAAATCAGCACCACGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108287 AACCGTAACATCTTCAATGCTATAAAAGTAGAAATCAGCACCACGCCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TCTGGACAGCTCCACACAAAGAGGCATCAACAAATGCACAAATACTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108337 TCTGGACAGCTCCACACAAAGAGGCATCAACAAATGCACAAATACTGATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 TTACAGAAGCTAAACAGGATTCCAACAACAAAAAGGATGCGTTTTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108387 TTACAGAAGCTAAACAGGATTCCAACAACAAAAAGGATGCGTTTTCTGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 AAAACAGGAGGTGATATTAACTATGAAGAAACTACCTTTTCTGAAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108437 AAAACAGGAGGTGATATTAACTATGAAGAAACTACCTTTTCTGAAGGGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 AGAAAGAAGACTGTCTCATGAAGAGAGTCAGAAACCAGATCTTTCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108487 AGAAAGAAGACTGTCTCATGAAGAGAGTCAGAAACCAGATCTTTCAGACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GGGAGTGGTGTAGGAGTAAATCAGAAAGAACCCCTCGTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108537 GGGAGTGGTGTAGGAGTAAATCAGAAAGAACCCCTCGTCAGGTA...CAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 CGTTCCGGTTATGCCCTTGCCATTCCCTTGTGTGCATTCCAGGGGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191345 CGTTCCGGTTATGCCCTTGCCATTCCCTTGTGTGCATTCCAGGGGACTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 GTCTCTCCATGCACCTACAGGGAAAACCCTATCTCTTTCTACCTATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191395 GTCTCTCCATGCACCTACAGGGAAAACCCTATCTCTTTCTACCTATGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 TAAGCGCAGAAGGGCAAAAAATAACTCCAGCCTCTAAGAAAATAGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191445 TAAGCGCAGAAGGGCAAAAAATAACTCCAGCCTCTAAGAAAATAGAAGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 TATCGATCCAAAAGTGTTGGCCATGAACCAAACTCAGAAGATTCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191495 TATCGATCCAAAAGTGTTGGCCATGAACCAAACTCAGAAGATTCTTCATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 CACGTTTGTGGACACCAGTGTGAAAATACACTTGGAGGTTCTTGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191545 CACGTTTGTGGACACCAGTGTGAAAATACACTTGGAGGTTCTTGAAATTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 GTGATAATGAAGAGGCCTTGGACACTGTGTCAATCATTAGTAACATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191595 GTGATAATGAAGAGGCCTTGGACACTGTGTCAATCATTAGTAACATCAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 CAGTCCTCCACACAAGTCAGATCTCCATCCCTACGTTACTCCAGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191645 CAGTCCTCCACACAAGTCAGATCTCCATCCCTACGTTACTCCAGGAAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 AAACAGATTTGTTTCATGTGACCTAGGGGAAACAGCCTCATACTCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191695 AAACAGATTTGTTTCATGTGACCTAGGGGAAACAGCCTCATACTCCCTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 TTTTGCCCACCAGTAATCCTGATGGTGATATTAATATCTCCATTCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191745 TTTTGCCCACCAGTAATCCTGATGGTGATATTAATATCTCCATTCCAGAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 ACAGTAGAAGCACACAGGCAGAACAGTAAAAGGCAGCATCAAGAGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191795 ACAGTAGAAGCACACAGGCAGAACAGTAAAAGGCAGCATCAAGAGAGGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 TGGCTACCAGGAGGAAATCCAGTTGTTAAATAAAGCTTACAGAAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191845 TGGCTACCAGGAGGAAATCCAGTTGTTAAATAAAGCTTACAGAAAAAGAG

   2200     .    :    .    :
   2174 AGGAAGAAAGCAAGGGTAGT
        ||||||||||||||||||||
 191895 AGGAAGAAAGCAAGGGTAGT