seq1 = pF1KE9455.tfa, 1584 bp
seq2 = pF1KE9455/gi568815582f_57462094.tfa (gi568815582f:57462094_57675535), 213442 bp

>pF1KE9455 1584
>gi568815582f:57462094_57675535 (Chr16)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-140  (100291-100366)   100% ->
141-297  (100998-101154)   100% ->
298-429  (101755-101886)   100% ->
430-546  (102941-103057)   100% ->
547-699  (104506-104658)   100% ->
700-821  (105377-105498)   100% ->
822-1090  (105763-106031)   100% ->
1091-1208  (108325-108442)   100% ->
1209-1486  (112722-112999)   99% ->
1487-1584  (113345-113442)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCACTGTGGTGCCCTTTTCCTGTGCCTGTGCCTTCTGACTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCACTGTGGTGCCCTTTTCCTGTGCCTGTGCCTTCTGACTTTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATGCAACAACAG         AGACATGGGAAGAACTCCTGAGCTACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATGCAACAACAGGTA...CAGAGACATGGGAAGAACTCCTGAGCTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGAATATGCAGGTGTCCAGGGGCCGGAGCTCAGTTTTTTCCTCTCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100318 TGGAGAATATGCAGGTGTCCAGGGGCCGGAGCTCAGTTTTTTCCTCTCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141         TCAACTCCACCAGCTGGAGCAGATGCTACTGAACACCAGCTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100368 TG...CAGTCAACTCCACCAGCTGGAGCAGATGCTACTGAACACCAGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCCAGGCTACAACCTGACCTTGCAGACACCCACCATCCAGTCTCTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101040 CCCAGGCTACAACCTGACCTTGCAGACACCCACCATCCAGTCTCTGGCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCAAGCTGAGCTGTGACTTCTCTGGCCTCTCGCTGACCAGTGCCACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101090 TCAAGCTGAGCTGTGACTTCTCTGGCCTCTCGCTGACCAGTGCCACTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGCGGGTGCCCCAG         GCAGGAGGTCAGCATGCCCGGGGTCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 101140 AAGCGGGTGCCCCAGGTC...CAGGCAGGAGGTCAGCATGCCCGGGGTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCACGCCATGCAGTTCCCCGCCGAGCTGACCCGGGACGCCTGCAAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101781 GCACGCCATGCAGTTCCCCGCCGAGCTGACCCGGGACGCCTGCAAGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCCCAGGGAGCTGCGGCTCATCTGTATCTACTTCTCCAACACCCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101831 GCCCCAGGGAGCTGCGGCTCATCTGTATCTACTTCTCCAACACCCACTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCAAG         GATGAAAACAACTCATCTCTGCTGAATAACTACGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101881 TTCAAGGTC...CAGGATGAAAACAACTCATCTCTGCTGAATAACTACGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGGGGGCCCAGCTGAGTCATGGGCACGTGAACAACCTCAGGGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102976 CCTGGGGGCCCAGCTGAGTCATGGGCACGTGAACAACCTCAGGGATCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAACATCAGCTTCTGGCACAACCAAAGCCTG         GAAGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103026 TGAACATCAGCTTCTGGCACAACCAAAGCCTGGTA...CAGGAAGGCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACCCTGACCTGTGTCTTCTGGAAGGAGGGAGCCAGGAAACAGCCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104515 ACCCTGACCTGTGTCTTCTGGAAGGAGGGAGCCAGGAAACAGCCCTGGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGCTGGAGCCCTGAGGGCTGTCGTACAGAGCAGCCCTCCCACTCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104565 GGGCTGGAGCCCTGAGGGCTGTCGTACAGAGCAGCCCTCCCACTCTCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCTCTGCCGCTGCAACCACCTCACCTACTTTGCTGTTCTCATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104615 TGCTCTGCCGCTGCAACCACCTCACCTACTTTGCTGTTCTCATGGTA...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700    CAACTCTCCCCAGCCCTGGTCCCTGCAGAGTTGCTGGCACCTCTTAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105374 CAGCAACTCTCCCCAGCCCTGGTCCCTGCAGAGTTGCTGGCACCTCTTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTACATCTCCCTCGTGGGCTGCAGCATCTCCATCGTGGCCTCGCTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105424 GTACATCTCCCTCGTGGGCTGCAGCATCTCCATCGTGGCCTCGCTGATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGTCCTGCTGCACTTCCATTTCAG         GAAGCAGAGTGACTCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105474 CAGTCCTGCTGCACTTCCATTTCAGGTA...CAGGAAGCAGAGTGACTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTAACACGCATCCACATGAACCTGCATGCCTCCGTGCTGCTCCTGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105779 TTAACACGCATCCACATGAACCTGCATGCCTCCGTGCTGCTCCTGAACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGCCTTCCTGCTGAGCCCCGCATTCGCAATGTCTCCTGTGCCCGGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105829 CGCCTTCCTGCTGAGCCCCGCATTCGCAATGTCTCCTGTGCCCGGGTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CATGCACGGCTCTGGCCGCTGCCCTGCACTACGCGCTGCTCAGCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105879 CATGCACGGCTCTGGCCGCTGCCCTGCACTACGCGCTGCTCAGCTGCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACCTGGATGGCCATCGAGGGCTTCAACCTCTACCTCCTCCTCGGGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105929 ACCTGGATGGCCATCGAGGGCTTCAACCTCTACCTCCTCCTCGGGCGTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTACAACATCTACATCCGCAGATATGTGTTCAAGCTTGGTGTGCTAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105979 CTACAACATCTACATCCGCAGATATGTGTTCAAGCTTGGTGTGCTAGGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGG         GGGCCCCAGCCCTCCTGGTGCTGCTTTCCCTCTCTGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106029 GGGGTA...CAGGGGCCCCAGCCCTCCTGGTGCTGCTTTCCCTCTCTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGAGCTCGGTATACGGACCCTGCACAATCCCCGTCTTCGACAGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108363 AAGAGCTCGGTATACGGACCCTGCACAATCCCCGTCTTCGACAGCTGGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAATGGCACAGGCTTCCAGAACATGTCCAT         ATGCTGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108413 GAATGGCACAGGCTTCCAGAACATGTCCATGTG...CAGATGCTGGGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGAGCCCCGTGGTGCACAGTGTCCTGGTCATGGGCTACGGCGGCCTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112733 GGAGCCCCGTGGTGCACAGTGTCCTGGTCATGGGCTACGGCGGCCTCACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TCCCTCTTCAACCTGGTGGTGCTGGCCTGGGCGCTGTGGACCCTGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112783 TCCCTCTTCAACCTGGTGGTGCTGGCCTGGGCGCTGTGGACCCTGCGCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTGCGGGAGCGGGCGGATGCACCAAGTGTCAGGGCCTGCCATGACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112833 GCTGCGGGAGCGGGCGGATGCACCAAGTGTCAGGGCCTGCCATGACACTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TCACTGTGCTGGGCCTCACCGTGCTGCTGGGAACCACCTGGGCCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112883 TCACTGTGCTGGGCCTCACCGTGCTGCTGGGAACCACCTGGGCCTTGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTCTTTTCTTTTGGCGTTTTCCTGCTGCCCCAGCTGTTCCTCTTCACCAT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 112933 TTCTTTTCTTTTGGCGTCTTCCTGCTGCCCCAGCTGTTCCTCTTCACCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTTAAACTCGCTCTACG         GTTTCTTCCTTTTCCTGTGGTTCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112983 CTTAAACTCGCTCTACGGTA...CAGGTTTCTTCCTTTTCCTGTGGTTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GCTCCCAGCGGTGCCGCTCAGAAGCAGAGGCCAAGGCACAGATAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113369 GCTCCCAGCGGTGCCGCTCAGAAGCAGAGGCCAAGGCACAGATAGAGGCC

   1650     .    :    .    :
   1561 TTCAGCTCCTCCCAAACAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||
 113419 TTCAGCTCCTCCCAAACAACACAG