seq1 = pF1KE9447.tfa, 1206 bp
seq2 = pF1KE9447/gi568815597r_241494431.tfa (gi568815597r:241494431_241740170), 245740 bp

>pF1KE9447 1206
>gi568815597r:241494431_241740170 (Chr1)

(complement)

1-373  (99917-100289)   100% ->
374-693  (135592-135911)   100% ->
694-945  (142174-142425)   100% ->
946-1206  (145480-145740)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACTCGGGGAACCGCAGCGGCGGCCACGGCTACTGGGACGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99917 ATGTACTCGGGGAACCGCAGCGGCGGCCACGGCTACTGGGACGGCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCGGGCGCTGAGGGGCCGGCGCCGGCGGGGACACTGAGCCCCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99967 GGCCGCGGGCGCTGAGGGGCCGGCGCCGGCGGGGACACTGAGCCCCGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTCTTCAGCCCCGGCACCTACGAGCGCCTGGCGCTGCTGCTGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 CCCTCTTCAGCCCCGGCACCTACGAGCGCCTGGCGCTGCTGCTGGGCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGGGCTGCTGGGCGTCGGCAACAACCTGCTGGTGCTCGTCCTCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100067 ATTGGGCTGCTGGGCGTCGGCAACAACCTGCTGGTGCTCGTCCTCTACTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGTTCCAGCGGCTCCGCACTCCCACTCACCTCCTCCTGGTCAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100117 CAAGTTCCAGCGGCTCCGCACTCCCACTCACCTCCTCCTGGTCAACATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTCAGCGACCTGCTGGTGTCCCTCTTCGGGGTCACCTTTACCTTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100167 GCCTCAGCGACCTGCTGGTGTCCCTCTTCGGGGTCACCTTTACCTTCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCTGCCTGAGGAACGGCTGGGTGTGGGACACCGTGGGCTGCGTGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100217 TCCTGCCTGAGGAACGGCTGGGTGTGGGACACCGTGGGCTGCGTGTGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGGTTTAGCGGCAGCCTCTTCG         GGATTGTTTCCATTGCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100267 CGGGTTTAGCGGCAGCCTCTTCGGTG...CAGGGATTGTTTCCATTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCCTAACCGTGCTGGCCTATGAACGTTACATTCGCGTGGTCCATGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135610 CCCTAACCGTGCTGGCCTATGAACGTTACATTCGCGTGGTCCATGCCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGATCAATTTTTCCTGGGCCTGGAGGGCCATTACCTACATCTGGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135660 GTGATCAATTTTTCCTGGGCCTGGAGGGCCATTACCTACATCTGGCTCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTCACTGGCGTGGGCAGGAGCACCTCTCCTGGGATGGAACAGGTACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135710 CTCACTGGCGTGGGCAGGAGCACCTCTCCTGGGATGGAACAGGTACATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGGACGTACACGGACTAGGCTGCACTGTGGACTGGAAATCCAAGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135760 TGGACGTACACGGACTAGGCTGCACTGTGGACTGGAAATCCAAGGATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AACGATTCCTCCTTTGTGCTTTTCTTATTTCTTGGCTGCCTGGTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135810 AACGATTCCTCCTTTGTGCTTTTCTTATTTCTTGGCTGCCTGGTGGTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTGGGTGTCATAGCCCATTGCTATGGCCATATTCTATATTCCATTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135860 CCTGGGTGTCATAGCCCATTGCTATGGCCATATTCTATATTCCATTCGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TG         CTTCGTTGTGTGGAAGATCTTCAGACAATTCAAGTGATC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135910 TGGTG...CAGCTTCGTTGTGTGGAAGATCTTCAGACAATTCAAGTGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAGATTTTAAAATATGAAAAGAAACTGGCCAAAATGTGCTTTTTAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142213 AAGATTTTAAAATATGAAAAGAAACTGGCCAAAATGTGCTTTTTAATGAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ATTCACCTTCCTGGTCTGTTGGATGCCTTATATCGTGATCTGCTTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142263 ATTCACCTTCCTGGTCTGTTGGATGCCTTATATCGTGATCTGCTTCTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGTTAATGGTCATGGTCACCTGGTCACTCCAACAATATCTATTGTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142313 TGGTTAATGGTCATGGTCACCTGGTCACTCCAACAATATCTATTGTTTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TACCTCTTTGCTAAATCGAACACTGTATACAATCCAGTGATTTATGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142363 TACCTCTTTGCTAAATCGAACACTGTATACAATCCAGTGATTTATGTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CATGATCAGAAAG         TTTCGAAGATCCCTTTTGCAGCTTCTGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 142413 CATGATCAGAAAGGTA...CAGTTTCGAAGATCCCTTTTGCAGCTTCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GCCTCCGACTGCTGAGGTGCCAGAGGCCTGCTAAAGACCTACCAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145508 GCCTCCGACTGCTGAGGTGCCAGAGGCCTGCTAAAGACCTACCAGCAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GGAAGTGAAATGCAGATCAGACCCATTGTGATGTCACAGAAAGATGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145558 GGAAGTGAAATGCAGATCAGACCCATTGTGATGTCACAGAAAGATGGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CAGGCCAAAGAAAAAAGTGACTTTCAACTCTTCTTCCATCATTTTTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145608 CAGGCCAAAGAAAAAAGTGACTTTCAACTCTTCTTCCATCATTTTTATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCACCAGTGATGAATCACTGTCAGTTGACGACAGCGACAAAACCAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145658 TCACCAGTGATGAATCACTGTCAGTTGACGACAGCGACAAAACCAATGGG

   1200     .    :    .    :    .    :
   1174 TCCAAAGTTGATGTAATCCAAGTTCGTCCTTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 145708 TCCAAAGTTGATGTAATCCAAGTTCGTCCTTTG