seq1 = pF1KE9445.tfa, 1029 bp
seq2 = pF1KE9445/gi568815587r_68905281.tfa (gi568815587r:68905281_69109901), 204621 bp

>pF1KE9445 1029
>gi568815587r:68905281_69109901 (Chr11)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-1029  (103641-104621)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGGAAACTGCTCCTGGGAGGCCCATCCCGGCAACAGGAACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGCTGGAAACTGCTCCTGGGAGGCCCATCCCGGCAACAGGAACAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        ATGTGCCCTGGCCTGAGCGAGGCCCCGGAACTCTACAGCCGGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGATGTGCCCTGGCCTGAGCGAGGCCCCGGAACTCTACAGCCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTTCCTGACCATCGAGCAGATCGCGATGCTGCCGCCTCCGGCCGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103684 GCTTCCTGACCATCGAGCAGATCGCGATGCTGCCGCCTCCGGCCGTCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACTACATCTTCCTGCTCCTCTGCCTGTGTGGCCTGGTGGGCAACGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103734 AACTACATCTTCCTGCTCCTCTGCCTGTGTGGCCTGGTGGGCAACGGGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTCCTCTGGTTTTTCGGCTTCTCCATCAAGAGGAACCCCTTCTCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103784 GGTCCTCTGGTTTTTCGGCTTCTCCATCAAGAGGAACCCCTTCTCCATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACTTCCTGCACCTGGCCAGCGCCGATGTGGGCTACCTCTTCAGCAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103834 ACTTCCTGCACCTGGCCAGCGCCGATGTGGGCTACCTCTTCAGCAAGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGTTCTCCATCCTGAACACGGGGGGCTTCCTGGGCACGTTTGCCGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103884 GTGTTCTCCATCCTGAACACGGGGGGCTTCCTGGGCACGTTTGCCGACTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATCCGCAGCGTGTGCCGGGTCCTGGGGCTCTGTATGTTCCTTACCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 103934 CATCCGCAGCGTGTGCCGGGTCCTGGGGCTCTGCATGTTCCTTACCGGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAGCCTCCTGCCGGCCGTCAGCGCCGAGCGCTGCGCCTCGGTCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103984 TGAGCCTCCTGCCGGCCGTCAGCGCCGAGCGCTGCGCCTCGGTCATCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCGCCTGGTACTGGCGCCGGCGGCCCAAGCGCCTGTCGGCCGTGGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104034 CCCGCCTGGTACTGGCGCCGGCGGCCCAAGCGCCTGTCGGCCGTGGTGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGCCCTGCTGTGGGTCCTGTCCCTCCTGGTCACCTGCCTGCACAACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104084 CGCCCTGCTGTGGGTCCTGTCCCTCCTGGTCACCTGCCTGCACAACTACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCTGCGTGTTCCTGGGCCGCGGGGCCCCCGGCGCGGCCTGCAGGCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104134 TCTGCGTGTTCCTGGGCCGCGGGGCCCCCGGCGCGGCCTGCAGGCACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GACATCTTCCTGGGCATCCTCCTGTTCCTGCTCTGCTGCCCGCTCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104184 GACATCTTCCTGGGCATCCTCCTGTTCCTGCTCTGCTGCCCGCTCATGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCTGCCCTGCCTGGCCCTCATCCTGCACGTGGAGTGCCGGGCCCGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104234 GCTGCCCTGCCTGGCCCTCATCCTGCACGTGGAGTGCCGGGCCCGACGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCCAGCGCTCTGCCAAGCTCAACCACGTCATCCTGGCCATGGTCTCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104284 GCCAGCGCTCTGCCAAGCTCAACCACGTCATCCTGGCCATGGTCTCCGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTCCTGGTGTCCTCCATCTACTTAGGGATCGACTGGTTCCTCTTCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104334 TTCCTGGTGTCCTCCATCTACTTAGGGATCGACTGGTTCCTCTTCTGGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTTCCAGATCCCGGCCCCCTTCCCCGAGTACGTCACTGACCTGTGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104384 CTTCCAGATCCCGGCCCCCTTCCCCGAGTACGTCACTGACCTGTGCATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GCATCAACAGCAGCGCCAAGCCCATCGTCTACTTCCTGGCCGGGAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104434 GCATCAACAGCAGCGCCAAGCCCATCGTCTACTTCCTGGCCGGGAGGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 AAGTCGCAGCGGCTGTGGGAGCCGCTCAGGGTGGTCTTCCAGCGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104484 AAGTCGCAGCGGCTGTGGGAGCCGCTCAGGGTGGTCTTCCAGCGGGCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCGGGACGGCGCTGAGCTGGGGGAGGCCGGGGGCAGCACGCCCAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104534 GCGGGACGGCGCTGAGCTGGGGGAGGCCGGGGGCAGCACGCCCAACACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    992 TCACCATGGAGATGCAGTGTCCCCCGGGGAACGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104584 TCACCATGGAGATGCAGTGTCCCCCGGGGAACGCCTCC