seq1 = pF1KE9442.tfa, 2901 bp
seq2 = pF1KE9442/gi568815597f_202093990.tfa (gi568815597f:202093990_202419204), 325215 bp

>pF1KE9442 2901
>gi568815597f:202093990_202419204 (Chr1)

1-212  (100001-100212)   100% ->
213-284  (131434-131505)   100% ->
285-356  (133947-134018)   100% ->
357-428  (141933-142004)   100% ->
429-644  (182317-182532)   100% ->
645-716  (186792-186863)   100% ->
717-785  (203519-203587)   100% ->
786-857  (206860-206931)   100% ->
858-929  (207175-207246)   100% ->
930-998  (209290-209358)   100% ->
999-1070  (210570-210641)   100% ->
1071-1136  (211695-211760)   100% ->
1137-1208  (212879-212950)   100% ->
1209-1280  (213341-213412)   98% ->
1281-1406  (215062-215187)   100% ->
1407-1567  (216208-216368)   100% ->
1568-1648  (220813-220893)   100% ->
1649-2901  (223963-225215)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAGCCCGCCGGGGCTCCGGGCGCTATGGCTTTGCGCCGCGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAGCCCGCCGGGGCTCCGGGCGCTATGGCTTTGCGCCGCGCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCTTCCCGGAGGGCCGGCGGCGCCCCCCAGCCCGGCCCGGGGCCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCTTCCCGGAGGGCCGGCGGCGCCCCCCAGCCCGGCCCGGGGCCCACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGCCCGGCCCCCTGCCACTGCCAGGAGGACGGCATCATGCTGTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGCCCGGCCCCCTGCCACTGCCAGGAGGACGGCATCATGCTGTCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACTGCTCTGAGCTCGGGCTGTCCGCCGTTCCGGGGGACCTGGACCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACTGCTCTGAGCTCGGGCTGTCCGCCGTTCCGGGGGACCTGGACCCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACGGCTTACCT         GGACCTCAGCATGAACAACCTCACAGAGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GACGGCTTACCTGTG...CAGGGACCTCAGCATGAACAACCTCACAGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCAGCCTGGCCTCTTCCACCACCTGCGCTTCTTGGAGGAGCT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 131463 TTCAGCCTGGCCTCTTCCACCACCTGCGCTTCTTGGAGGAGCTGTG...C

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285   GCGTCTCTCTGGGAACCATCTCTCACACATCCCAGGACAAGCATTCTC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133945 AGGCGTCTCTCTGGGAACCATCTCTCACACATCCCAGGACAAGCATTCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGTCTCTACAGCCTGAAAATCCT         GATGCTGCAGAACAATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 133995 TGGTCTCTACAGCCTGAAAATCCTGTA...TAGGATGCTGCAGAACAATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCTGGGAGGAATCCCCGCAGAGGCGCTGTGGGAGCTGCCGAGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141950 AGCTGGGAGGAATCCCCGCAGAGGCGCTGTGGGAGCTGCCGAGCCTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCGCT         GCGCCTAGATGCCAACCTCATCTCCCTGGTCCCGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142000 TCGCTGTG...CAGGCGCCTAGATGCCAACCTCATCTCCCTGGTCCCGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GAGGAGCTTTGAGGGGCTGTCCTCCCTCCGCCACCTCTGGCTGGACGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182353 GAGGAGCTTTGAGGGGCTGTCCTCCCTCCGCCACCTCTGGCTGGACGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCACTCACGGAGATCCCTGTCAGGGCCCTCAACAACCTCCCTGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182403 ATGCACTCACGGAGATCCCTGTCAGGGCCCTCAACAACCTCCCTGCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CAGGCCATGACCCTGGCCCTCAACCGCATCAGCCACATCCCCGACTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182453 CAGGCCATGACCCTGGCCCTCAACCGCATCAGCCACATCCCCGACTACGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTTCCAGAATCTCACCAGCCTTGTGGTGCT         GCATTTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 182503 GTTCCAGAATCTCACCAGCCTTGTGGTGCTGTG...CAGGCATTTGCATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAACCGCATCCAGCATCTGGGGACCCACAGCTTCGAGGGGCTGCACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186803 ACAACCGCATCCAGCATCTGGGGACCCACAGCTTCGAGGGGCTGCACAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGAGACACT         AGACCTGAATTATAACAAGCTGCAGGAGTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 186853 CTGGAGACACTGTG...CAGAGACCTGAATTATAACAAGCTGCAGGAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCCTGTGGCCATCCGGACCCTGGGCAGACTGCAGGAACT         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 203549 CCCTGTGGCCATCCGGACCCTGGGCAGACTGCAGGAACTGTA...CAGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGTTCCATAACAACAACATCAAGGCCATCCCAGAAAAGGCCTTCATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206862 GGTTCCATAACAACAACATCAAGGCCATCCCAGAAAAGGCCTTCATGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACCCTCTGCTACAGACGAT         ACACTTTTATGATAACCCAAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 206912 AACCCTCTGCTACAGACGATGTG...CAGACACTTTTATGATAACCCAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCAGTTTGTGGGAAGATCGGCATTCCAGTACCTGCCTAAACTCCACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207196 CCAGTTTGTGGGAAGATCGGCATTCCAGTACCTGCCTAAACTCCACACAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 T         ATCTCTGAATGGTGCCATGGACATCCAGGAGTTTCCAGAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207246 TGTA...CAGATCTCTGAATGGTGCCATGGACATCCAGGAGTTTCCAGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CTCAAAGGCACCACCAGCCTGGAGATCCT         GACCCTGACCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 209330 CTCAAAGGCACCACCAGCCTGGAGATCCTGTG...CAGGACCCTGACCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CGCAGGCATCCGGCTGCTCCCATCGGGGATGTGCCAACAGCTGCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210582 CGCAGGCATCCGGCTGCTCCCATCGGGGATGTGCCAACAGCTGCCCAGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCCGAGTCCT         GGAACTGTCTCACAATCAAATTGAGGAGCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 210632 TCCGAGTCCTGTG...CAGGGAACTGTCTCACAATCAAATTGAGGAGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CCCAGCCTGCACAGGTGTCAGAAATTGGAGGAAAT         CGGCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 211726 CCCAGCCTGCACAGGTGTCAGAAATTGGAGGAAATGTG...TAGCGGCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CCAACACAACCGCATCTGGGAAATTGGAGCTGACACCTTCAGCCAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212885 CCAACACAACCGCATCTGGGAAATTGGAGCTGACACCTTCAGCCAGCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 GCTCCCTGCAAGCCCT         GGATCTTAGCTGGAACGCCATCCGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 212935 GCTCCCTGCAAGCCCTGTG...CAGGGATCTTAGCTGGAACGCCATCCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 TCCATCCACCCTGAGGCCTTCTCCACCCTGCACTCCCTGGTCAAGCT   
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 213366 TCCATCCACCCCGAGGCCTTCTCCACCCTGCACTCCCTGGTCAAGCTGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1281       GGACCTGACAGACAACCAGCTGACCACACTGCCCCTGGCTGGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213416 ...TAGGGACCTGACAGACAACCAGCTGACCACACTGCCCCTGGCTGGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TTGGGGGCTTGATGCATCTGAAGCTCAAAGGGAACCTTGCTCTCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215106 TTGGGGGCTTGATGCATCTGAAGCTCAAAGGGAACCTTGCTCTCTCCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 GCCTTCTCCAAGGACAGTTTCCCAAAACTGAG         GATCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 215156 GCCTTCTCCAAGGACAGTTTCCCAAAACTGAGGTG...CAGGATCCTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 GGTGCCTTATGCCTACCAGTGCTGTCCCTATGGGATGTGTGCCAGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216217 GGTGCCTTATGCCTACCAGTGCTGTCCCTATGGGATGTGTGCCAGCTTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TCAAGGCCTCTGGGCAGTGGGAGGCTGAAGACCTTCACCTTGATGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216267 TCAAGGCCTCTGGGCAGTGGGAGGCTGAAGACCTTCACCTTGATGATGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 GAGTCTTCAAAAAGGCCCCTGGGCCTCCTTGCCAGACAAGCAGAGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216317 GAGTCTTCAAAAAGGCCCCTGGGCCTCCTTGCCAGACAAGCAGAGAACCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CT         ATGACCAGGACCTGGATGAGCTCCAGCTGGAGATGGAGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216367 CTGTG...CAGATGACCAGGACCTGGATGAGCTCCAGCTGGAGATGGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 ACTCAAAGCCACACCCCAGTGTCCAGTGTAGCCCTACTCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 220852 ACTCAAAGCCACACCCCAGTGTCCAGTGTAGCCCTACTCCAGGTG...CA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1649  GCCCCTTCAAGCCCTGTGAGTACCTCTTTGAAAGCTGGGGCATCCGCCT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223962 GGCCCCTTCAAGCCCTGTGAGTACCTCTTTGAAAGCTGGGGCATCCGCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GGCCGTGTGGGCCATCGTGTTGCTCTCCGTGCTCTGCAATGGACTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224012 GGCCGTGTGGGCCATCGTGTTGCTCTCCGTGCTCTGCAATGGACTGGTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 TGCTGACCGTGTTCGCTGGCGGGCCTGCCCCCCTGCCCCCGGTCAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 224062 TGCTGACCGTGTTCGCTGGCGGGCCTGTCCCCCTGCCCCCGGTCAAGTTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GTGGTAGGTGCGATTGCAGGCGCCAACACCTTGACTGGCATTTCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224112 GTGGTAGGTGCGATTGCAGGCGCCAACACCTTGACTGGCATTTCCTGTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 CCTTCTAGCCTCAGTCGATGCCCTGACCTTTGGTCAGTTCTCTGAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224162 CCTTCTAGCCTCAGTCGATGCCCTGACCTTTGGTCAGTTCTCTGAGTACG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 GAGCCCGCTGGGAGACGGGGCTAGGCTGCCGGGCCACTGGCTTCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224212 GAGCCCGCTGGGAGACGGGGCTAGGCTGCCGGGCCACTGGCTTCCTGGCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GTACTTGGGTCGGAGGCATCGGTGCTGCTGCTCACTCTGGCCGCAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224262 GTACTTGGGTCGGAGGCATCGGTGCTGCTGCTCACTCTGGCCGCAGTGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 GTGCAGCGTCTCCGTCTCCTGTGTCCGGGCCTATGGGAAGTCCCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224312 GTGCAGCGTCTCCGTCTCCTGTGTCCGGGCCTATGGGAAGTCCCCCTCCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 TGGGCAGCGTTCGAGCAGGGGTCCTAGGCTGCCTGGCACTGGCAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224362 TGGGCAGCGTTCGAGCAGGGGTCCTAGGCTGCCTGGCACTGGCAGGGCTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GCCGCCGCACTGCCCCTGGCCTCAGTGGGAGAATACGGGGCCTCCCCACT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224412 GCCGCCGCGCTGCCCCTGGCCTCAGTGGGAGAATACGGGGCCTCCCCACT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CTGCCTGCCCTACGCGCCACCTGAGGGTCAGCCAGCAGCCCTGGGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224462 CTGCCTGCCCTACGCGCCACCTGAGGGTCAGCCAGCAGCCCTGGGCTTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 CCGTGGCCCTGGTGATGATGAACTCCTTCTGTTTCCTGGTCGTGGCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224512 CCGTGGCCCTGGTGATGATGAACTCCTTCTGTTTCCTGGTCGTGGCCGGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 GCCTACATCAAACTGTACTGTGACCTGCCGCGGGGCGACTTTGAGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224562 GCCTACATCAAACTGTACTGTGACCTGCCGCGGGGCGACTTTGAGGCCGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 GTGGGACTGCGCCATGGTGAGGCACGTGGCCTGGCTCATCTTCGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224612 GTGGGACTGCGCCATGGTGAGGCACGTGGCCTGGCTCATCTTCGCAGACG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 GGCTCCTCTACTGTCCCGTGGCCTTCCTCAGCTTCGCCTCCATGCTGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 224662 GGCTCCTCTACTGTCCCGTGGCCTTCCTCAGCTTTGCCTCCATGCTGGGC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 CTCTTCCCTGTCACGCCCGAGGCCGTCAAGTCTGTCCTGCTGGTGGTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 224712 CTCTTCCCTGTCACGCCCGAGGCCGTCAAGTCTGTCCTGCTGGTGGTGCT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 GCCCCTGCCTGCCTGCCTCAACCCACTGCTGTACCTGCTCTTCAACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224762 GCCCCTGCCTGCCTGCCTCAACCCACTGCTGTACCTGCTCTTCAACCCCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 ACTTCCGGGATGACCTTCGGCGGCTTCGGCCCCGCGCAGGGGACTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224812 ACTTCCGGGATGACCTTCGGCGGCTTCGGCCCCGCGCAGGGGACTCAGGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 CCCCTAGCCTATGCTGCGGCCGGGGAGCTGGAGAAGAGCTCCTGTGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224862 CCCCTAGCCTATGCTGCGGCCGGGGAGCTGGAGAAGAGCTCCTGTGATTC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 TACCCAGGCCCTGGTAGCCTTCTCTGATGTGGATCTCATTCTGGAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224912 TACCCAGGCCCTGGTAGCCTTCTCTGATGTGGATCTCATTCTGGAAGCTT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2648 CTGAAGCTGGGCGGCCCCCTGGGCTGGAGACCTATGGCTTCCCCTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224962 CTGAAGCTGGGCGGCCCCCTGGGCTGGAGACCTATGGCTTCCCCTCAGTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 ACCCTCATCTCCTGTCAGCAGCCAGGGGCCCCCAGGCTGGAGGGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225012 ACCCTCATCTCCTGTCAGCAGCCAGGGGCCCCCAGGCTGGAGGGCAGCCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 TTGTGTAGAGCCAGAGGGGAACCACTTTGGGAACCCCCAACCCTCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225062 TTGTGTAGAGCCAGAGGGGAACCACTTTGGGAACCCCCAACCCTCCATGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 ATGGAGAACTGCTGCTGAGGGCAGAGGGATCTACGCCAGCAGGTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225112 ATGGAGAACTGCTGCTGAGGGCAGAGGGATCTACGCCAGCAGGTGGAGGC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2848 TTGTCAGGGGGTGGCGGCTTTCAGCCCTCTGGCTTGGCCTTTGCTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225162 TTGTCAGGGGGTGGCGGCTTTCAGCCCTCTGGCTTGGCCTTTGCTTCACA

   3050 
   2898 CGTG
        ||||
 225212 CGTG