seq1 = pF1KE9440.tfa, 1035 bp
seq2 = pF1KE9440/gi568815586r_12840778.tfa (gi568815586r:12840778_13050384), 209607 bp

>pF1KE9440 1035
>gi568815586r:12840778_13050384 (Chr12)

(complement)

1-895  (100001-100895)   100% ->
896-963  (108057-108124)   100% ->
964-1035  (109536-109607)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACAAGGACTGCATCGAGTCCACTGGAGACTATTTTCTTCTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACAAGGACTGCATCGAGTCCACTGGAGACTATTTTCTTCTCTGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCGAGGGGCCATGGGGCATCATTCTGGAGTCCCTGGCCATACTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCCGAGGGGCCATGGGGCATCATTCTGGAGTCCCTGGCCATACTTGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGTGGTCACAATTCTGCTACTCTTAGCATTTCTCTTCCTCATGCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGTGGTCACAATTCTGCTACTCTTAGCATTTCTCTTCCTCATGCGAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCAAGACTGCAGCCAGTGGAATGTCCTCCCCACCCAGCTCCTCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCAAGACTGCAGCCAGTGGAATGTCCTCCCCACCCAGCTCCTCTTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGAGTGTCCTGGGGCTCTTCGGACTCGCTTTTGCCTTCATCATCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGAGTGTCCTGGGGCTCTTCGGACTCGCTTTTGCCTTCATCATCGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAATCAACAAACTGCCCCCGTACGCTACTTTCTCTTTGGGGTTCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAATCAACAAACTGCCCCCGTACGCTACTTTCTCTTTGGGGTTCTCTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCTCTCTGTTTCTCATGCCTCTTAGCTCATGCCTCCAATCTAGTGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCTCTCTGTTTCTCATGCCTCTTAGCTCATGCCTCCAATCTAGTGAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGTTCGGGGTTGTGTCTCCTTCTCCTGGACGACAATTCTGTGCATTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTTCGGGGTTGTGTCTCCTTCTCCTGGACGACAATTCTGTGCATTGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTGGTTGCAGTCTGTTGCAAATCATTATTGCCACTGAGTATGTGACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTGGTTGCAGTCTGTTGCAAATCATTATTGCCACTGAGTATGTGACTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCATGACCAGAGGTATGATGTTTGTGAATATGACACCCTGCCAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCATGACCAGAGGTATGATGTTTGTGAATATGACACCCTGCCAGCTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGTGGACTTTGTTGTACTCCTGGTCTATGTCCTCTTCCTGATGGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGTGGACTTTGTTGTACTCCTGGTCTATGTCCTCTTCCTGATGGCCCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CATTCTTCGTCTCCAAAGCCACCTTCTGTGGCCCGTGTGAGAACTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CATTCTTCGTCTCCAAAGCCACCTTCTGTGGCCCGTGTGAGAACTGGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGCATGGAAGGCTCATCTTTATCACTGTGCTCTTCTCCATCATCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGCATGGAAGGCTCATCTTTATCACTGTGCTCTTCTCCATCATCATCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGTGGTGTGGATCTCCATGCTCCTGAGAGGCAACCCGCAGTTCCAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGTGGTGTGGATCTCCATGCTCCTGAGAGGCAACCCGCAGTTCCAGCGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCCCCAGTGGGACGACCCGGTCGTCTGCATTGCTCTGGTCACCAACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCCCCAGTGGGACGACCCGGTCGTCTGCATTGCTCTGGTCACCAACGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGGGTTTTCCTGCTGCTGTACATCGTCCCTGAGCTCTGCATTCTCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGGGTTTTCCTGCTGCTGTACATCGTCCCTGAGCTCTGCATTCTCTACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATCGTGTAGACAGGAGTGCCCTTTACAAGGCAATGCCTGCCCCGTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ATCGTGTAGACAGGAGTGCCCTTTACAAGGCAATGCCTGCCCCGTCACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCTACCAACACAGCTTCCAAGTGGAGAACCAGGAGCTCTCCAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100851 CCTACCAACACAGCTTCCAAGTGGAGAACCAGGAGCTCTCCAGAGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    896     CCCGAGACAGTGATGGAGCTGAGGAGGATGTAGCATTAACTTCATA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 .CAGCCCGAGACAGTGATGGAGCTGAGGAGGATGTAGCATTAACTTCATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGGTACTCCCATTCAGCCGCAG         ACTGTTGATCCCACACAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108103 TGGTACTCCCATTCAGCCGCAGGTA...CAGACTGTTGATCCCACACAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGTGTTTCATCCCACAGGCTAAACTAAGCCCCCAGCAAGATGCAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109555 AGTGTTTCATCCCACAGGCTAAACTAAGCCCCCAGCAAGATGCAGGAGGA

   1050 
   1033 GTA
        |||
 109605 GTA