seq1 = pF1KE9439.tfa, 1647 bp
seq2 = pF1KE9439/gi568815582f_57568348.tfa (gi568815582f:57568348_57788458), 220111 bp

>pF1KE9439 1647
>gi568815582f:57568348_57788458 (Chr16)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-206  (104974-105121)   100% ->
207-345  (107853-107991)   100% ->
346-492  (109823-109969)   100% ->
493-627  (110830-110964)   100% ->
628-667  (111469-111508)   100% ->
668-768  (111918-112018)   100% ->
769-881  (112158-112270)   100% ->
882-1162  (115585-115865)   100% ->
1163-1256  (116043-116136)   100% ->
1257-1540  (117296-117579)   100% ->
1541-1647  (120005-120111)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACGCCCAGGGGCCTGGGGGCCCTGCTCCTGCTCCTCCTGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACGCCCAGGGGCCTGGGGGCCCTGCTCCTGCTCCTCCTGCTCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCTCAG         GTCAGGAAAAGCCCACCGAAGGGCCAAGAAACA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCTCAGGTG...TAGGTCAGGAAAAGCCCACCGAAGGGCCAAGAAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGCCTGGGGAGCAACAACATGTACGACATCTTCAACTTGAATGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105007 CCTGCCTGGGGAGCAACAACATGTACGACATCTTCAACTTGAATGACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTTTGTGCTTCACCAAGTGCAGGCAGTCGGGCAGCGACTCCTGCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105057 GCTTTGTGCTTCACCAAGTGCAGGCAGTCGGGCAGCGACTCCTGCAATGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAAAACTTGCAGAG         ATACTGGCTAAACTACGAGGCCCATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105107 GGAAAACTTGCAGAGGTG...CAGATACTGGCTAAACTACGAGGCCCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGATGAAGGAAGGTTTGACGCAGAAGGTGAACACGCCTTTCCTGAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107879 TGATGAAGGAAGGTTTGACGCAGAAGGTGAACACGCCTTTCCTGAAGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGGTCCAGAACCTCAGCACCAACACTGCAGAAGACTTCTATTTCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107929 TTGGTCCAGAACCTCAGCACCAACACTGCAGAAGACTTCTATTTCTCTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAGCCCTCTCAG         GTTCCGAGGCAGGTGATGAAGGACGAGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 107979 GGAGCCCTCTCAGGTG...TAGGTTCCGAGGCAGGTGATGAAGGACGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAAGCCCCCTGACAGAGTGCGACTTCCCAAGAGCCTTTTTCGATCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109851 ACAAGCCCCCTGACAGAGTGCGACTTCCCAAGAGCCTTTTTCGATCCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGGCAACAGGTCTGTGGTCCGCTTGGCCGTCACCATTCTGGACATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109901 CCAGGCAACAGGTCTGTGGTCCGCTTGGCCGTCACCATTCTGGACATTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCAGGGACTCTCTTCAAG         GGCCCCCGGCTCGGCCTGGGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109951 TCCAGGGACTCTCTTCAAGGTG...CAGGGCCCCCGGCTCGGCCTGGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGGCAGCGGCGTGTTGAACAATCGCCTGGTGGGTTTGAGTGTGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110852 ATGGCAGCGGCGTGTTGAACAATCGCCTGGTGGGTTTGAGTGTGGGACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGCATGTCACCAAGCTGGCTGAGCCTCTGGAGATCGTCTTCTCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110902 ATGCATGTCACCAAGCTGGCTGAGCCTCTGGAGATCGTCTTCTCTCACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCGACCGCCCCCT         AACATGACCCTCACCTGTGTATTCTGGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110952 GCGACCGCCCCCTGTG...CAGAACATGACCCTCACCTGTGTATTCTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGTGACTAAAG         GGACCACTGGAGACTGGTCTTCTGAGGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111497 ATGTGACTAAAGGTA...CAGGGACCACTGGAGACTGGTCTTCTGAGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGCTCCACGGAGGTCAGACCTGAGGGGACCGTGTGCTGCTGTGACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111947 TGCTCCACGGAGGTCAGACCTGAGGGGACCGTGTGCTGCTGTGACCACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACCTTTTTCGCCCTGCTCCTG         AGACCCACCTTGGACCAGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111997 GACCTTTTTCGCCCTGCTCCTGGTA...CAGAGACCCACCTTGGACCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCACGGTGCATATCCTCACACGCATCTCCCAGGCGGGCTGTGGGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112177 CCACGGTGCATATCCTCACACGCATCTCCCAGGCGGGCTGTGGGGTCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATGATCTTCCTGGCCTTCACCATTATTCTTTATGCCTTTCTGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112227 ATGATCTTCCTGGCCTTCACCATTATTCTTTATGCCTTTCTGAGGTG...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882    GCTTTCCCGGGAGAGGTTCAAGTCAGAAGATGCCCCAAAGATCCACG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115582 CAGGCTTTCCCGGGAGAGGTTCAAGTCAGAAGATGCCCCAAAGATCCACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGGCCCTGGGTGGCAGCCTGTTCCTCCTGAATCTGGCCTTCTTGGTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115632 TGGCCCTGGGTGGCAGCCTGTTCCTCCTGAATCTGGCCTTCTTGGTCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTGGGGAGTGGCTCAAAGGGGTCTGATGCTGCCTGCTGGGCCCGGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115682 GTGGGGAGTGGCTCAAAGGGGTCTGATGCTGCCTGCTGGGCCCGGGGGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGTCTTCCACTACTTCCTGCTCTGTGCCTTCACCTGGATGGGCCTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115732 TGTCTTCCACTACTTCCTGCTCTGTGCCTTCACCTGGATGGGCCTTGAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCTTCCACCTCTACCTGCTCGCTGTCAGGGTCTTCAACACCTACTTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115782 CCTTCCACCTCTACCTGCTCGCTGTCAGGGTCTTCAACACCTACTTCGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CACTACTTCCTGAAGCTGAGCCTGGTGGGCTGGG         GCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115832 CACTACTTCCTGAAGCTGAGCCTGGTGGGCTGGGGTA...CAGGCCTGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGCCCTGATGGTCATCGGCACTGGGAGTGCCAACAGCTACGGCCTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116050 CGCCCTGATGGTCATCGGCACTGGGAGTGCCAACAGCTACGGCCTCTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCATCCGTGATAGGGAGAACCGCACCTCTCTGGAGCT         ATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 116100 CCATCCGTGATAGGGAGAACCGCACCTCTCTGGAGCTGTG...CAGATGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGGTTCCGTGAAGGGACAACCATGTACGCCCTCTATATCACCGTCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117300 TGGTTCCGTGAAGGGACAACCATGTACGCCCTCTATATCACCGTCCACGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTACTTCCTCATCACCTTCCTCTTTGGCATGGTGGTCCTGGCCCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117350 CTACTTCCTCATCACCTTCCTCTTTGGCATGGTGGTCCTGGCCCTGGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCTGGAAGATCTTCACCCTGTCCCGTGCTACAGCGGTCAAGGAGCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117400 TCTGGAAGATCTTCACCCTGTCCCGTGCTACAGCGGTCAAGGAGCGGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AAGAACCGGAAGAAGGTGCTCACCCTGCTGGGCCTCTCGAGCCTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117450 AAGAACCGGAAGAAGGTGCTCACCCTGCTGGGCCTCTCGAGCCTGGTGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGTGACATGGGGGTTGGCCATCTTCACCCCGTTGGGCCTCTCCACCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117500 TGTGACATGGGGGTTGGCCATCTTCACCCCGTTGGGCCTCTCCACCGTCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACATCTTTGCACTTTTCAACTCCTTGCAAG         GTGTCTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 117550 ACATCTTTGCACTTTTCAACTCCTTGCAAGGTG...CAGGTGTCTTCATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TGCTGCTGGTTCACCATCCTTTACCTCCCAAGTCAGAGCACCACAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120016 TGCTGCTGGTTCACCATCCTTTACCTCCCAAGTCAGAGCACCACAGTCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1602 CTCTTCTACTGCAAGATTGGACCAGGCCCACTCCGCATCTCAAGAA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120066 CTCCTCTACTGCAAGATTGGACCAGGCCCACTCCGCATCTCAAGAA