seq1 = pF1KE9437.tfa, 1089 bp
seq2 = pF1KE9437/gi568815594f_8480983.tfa (gi568815594f:8480983_8687360), 206378 bp

>pF1KE9437 1089
>gi568815594f:8480983_8687360 (Chr4)

1-668  (100001-100668)   99% ->
669-782  (101549-101662)   100% ->
783-1089  (106072-106378)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCCCGGCGAGGCGCTGCTGGCGGGTCTTCTGGTGATGGTACTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCCCGGCGAGGCGCTGCTGGCGGGTCTCCTGGTGATGGTACTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGGCGCTGCTATCCAACGCACTGGTGCTGCTTTGTTGCGCCTACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGGCGCTGCTATCCAACGCACTGGTGCTGCTTTGTTGCGCCTACAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAGCTCCGCACTCGAGCCTCAGGCGTCCTCCTGGTGAATCTGTCGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 100101 CTGAGCTCCGCACTCGAGCCTCAGGCGTCCTCCTGGTGAATCTGTCTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCACCTGCTGCTGGCGGCGCTGGACATGCCCTTCACGCTGCTCGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCACCTGCTGCTGGCGGCGCTGGACATGCCCTTCACGCTGCTCGGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATGCGCGGGCGGACACCGTCGGCGCCCGGCGCATGCCAAGTCATTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATGCGCGGGCGGACACCGTCGGCGCCCGGCGCATGCCAAGTCATTGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTGGACACCTTCCTGGCGTCCAACGCGGCGCTGAGCGTGGCGGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTGGACACCTTCCTGGCGTCCAACGCGGCGCTGAGCGTGGCGGCGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCGCAGACCAGTGGCTGGCAGTGGGCTTCCCACTGCGCTACGCCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCGCAGACCAGTGGCTGGCAGTGGGCTTCCCACTGCGCTACGCCGGACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGCGACCGCGCTATGCCGGCCTGCTGCTGGGCTGTGCCTGGGGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGCGACCGCGCTATGCCGGCCTGCTGCTGGGCTGTGCCTGGGGACAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCTGGCCTTCTCAGGCGCTGCACTTGGCTGCTCGTGGCTTGGCTACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGCTGGCCTTCTCAGGCGCTGCACTTGGCTGCTCGTGGCTTGGCTACAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGCGCCTTCGCGTCCTGTTCGCTGCGCCTGCCGCCCGAGCCTGAGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGCGCCTTCGCGTCCTGTTCGCTGCGCCTGCCGCCCGAGCCTGAGCGTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCGCTTCGCAGCCTTCACCGCCACGCTCCATGCCGTGGGCTTCGTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCGCTTCGCAGCCTTCACCGCCACGCTCCATGCCGTGGGCTTCGTGCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGCTGGCGGTGCTCTGCCTCACCTCGCTCCAGGTGCACCGGGTGGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGCTGGCGGTGCTCTGCCTCACCTCGCTCCAGGTGCACCGGGTGGCACGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGCCACTGCCAGCGCATGGACACCGTCACCATGAAGGCGCTCGCGCTGCT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGACACTGCCAGCGCATGGACACCGTCACCATGAAGGCGCTCGCGCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGCCGACCTGCACCCCAG         TGTGCGGCAGCGCTGCCTCATCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100651 CGCCGACCTGCACCCCAGGTA...CAGTGTGCGGCAGCGCTGCCTCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCAGAAGCGGCGCCGCCACCGCGCCACCAGGAAGATTGGCATTGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101572 AGCAGAAGCGGCGCCGCCACCGCGCCACCAGGAAGATTGGCATTGCTATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCGACCTTCCTCATCTGCTTTGCCCCGTATGTCATGACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101622 GCGACCTTCCTCATCTGCTTTGCCCCGTATGTCATGACCAGGTG...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCTGGCGGAGCTCGTGCCCTTCGTCACCGTGAACGCCCAGTGGGGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106072 GCTGGCGGAGCTCGTGCCCTTCGTCACCGTGAACGCCCAGTGGGGCATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TCAGCAAGTGCCTGACCTACAGCAAGGCGGTGGCCGACCCGTTCACGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106122 TCAGCAAGTGCCTGACCTACAGCAAGGCGGTGGCCGACCCGTTCACGTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TCTCTGCTCCGCCGGCCGTTCCGCCAAGTCCTGGCCGGCATGGTGCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106172 TCTCTGCTCCGCCGGCCGTTCCGCCAAGTCCTGGCCGGCATGGTGCACCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCTGCTGAAGAGAACCCCGCGCCCAGCATCCACCCATGACAGCTCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106222 GCTGCTGAAGAGAACCCCGCGCCCAGCATCCACCCATGACAGCTCTCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATGTGGCCGGCATGGTGCACCAGCTGCTGAAGAGAACCCCGCGCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106272 ATGTGGCCGGCATGGTGCACCAGCTGCTGAAGAGAACCCCGCGCCCAGCG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TCCACCCACAACGGCTCTGTGGACACAGAGAATGATTCCTGCCTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106322 TCCACCCACAACGGCTCTGTGGACACAGAGAATGATTCCTGCCTGCAGCA

   1100     .
   1083 GACACAC
        |||||||
 106372 GACACAC