seq1 = pF1KE9431.tfa, 1827 bp
seq2 = pF1KE9431/gi568815597r_6149341.tfa (gi568815597r:6149341_6354905), 205565 bp

>pF1KE9431 1827
>gi568815597r:6149341_6354905 (Chr1)

(complement)

1-356  (100001-100356)   99% ->
357-786  (100759-101188)   99% ->
787-979  (103376-103568)   100% ->
980-1164  (104282-104466)   100% ->
1165-1827  (104903-105565)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTGATGAGCGGCGGCTGCCTGGCAGTGCAGTGGGCTGGCTGGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTGATGAGCGGCGGCTGCCTGGCAGTGCAGTGGGCTGGCTGGTATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGGGCCTCTCCCTGCTGGCCAATGCCTGGGGCATCCTCAGCGTTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGGGCCTCTCCCTGCTGGCCAATGCCTGGGGCATCCTCAGCGTTGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAGCAGAAGAAGTGGAAGCCCTTGGAGTTCCTGCTGTGTACGCTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100101 CCAAGCAGAAGAAGTGGAAGCCCTTGGAGTTCCTGCTGTGTACACTCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCACCCACATGCTAAATGTGGCCGTGCCCATCGCCACCTACTCCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCACCCACATGCTAAATGTGGCCGTGCCCATCGCCACCTACTCCGTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGCTGCGGCGGCAGCGCCCCGACTTCGAGTGGAATGAGGGTCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGCTGCGGCGGCAGCGCCCCGACTTCGAGTGGAATGAGGGTCTCTGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGTCTTCGTGTCCACCTTCTACACCCTCACCCTGGCCACCTGTTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGTCTTCGTGTCCACCTTCTACACCCTCACCCTGGCCACCTGTTTCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCACCTCCCTCTCCTACCACCGCATGTGGATGGTCTGCTGGCCTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCACCTCCCTCTCCTACCACCGCATGTGGATGGTCTGCTGGCCTGTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTACCG         GCTGAGCAATGCCAAGAAGCAGGCGGTGCACACAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTACCGGTG...CAGGCTGAGCAATGCCAAGAAGCAGGCGGTGCACACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCATGGGTATCTGGATGGTGTCCTTCATCCTGTCGGCCCTGCCTGCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100794 TCATGGGTATCTGGATGGTGTCCTTCATCCTGTCGGCCCTGCCTGCCGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGCTGGCACGACACCAGCGAGCGCTTCTACACCCATGGCTGCCGCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100844 GGCTGGCACGACACCAGCGAGCGCTTCTACACCCATGGCTGCCGCTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CGTGGCTGAGATCGGCCTGGGCTTTGGCGTCTGCTTCCTGCTGCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100894 CGTGGCTGAGATCGGCCTGGGCTTTGGCGTCTGCTTCCTGCTGCTGGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCGGCAGCGTGGCCATGGGCGTGATCTGCACAGCCATCGCCCTCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100944 GCGGCAGCGTGGCCATGGGCGTGATCTGCACAGCCATCGCCCTCTTCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACGCTGGCCGTGCAGGTGGGGCGCCAGGCCGACCACCGCGCCTTCACCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100994 ACGCTGGCCGTGCAGGTGGGGCGCCAGGCCGACCGCCGCGCCTTCACCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCCCACCATCGTGGTGGAGGACGCGCAGGGCAAGCGGCGCTCCTCCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101044 GCCCACCATCGTGGTGGAGGACGCGCAGGGCAAGCGGCGCTCCTCCATCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGGCTCGGAGCCCGCCAAAACCTCTCTGCAGACCACGGGCCTCGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101094 ATGGCTCGGAGCCCGCCAAAACCTCTCTGCAGACCACGGGCCTCGTGACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCATAGTCTTCATCTACGACTGCCTCATGGGCTTCCCTGTGCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101144 ACCATAGTCTTCATCTACGACTGCCTCATGGGCTTCCCTGTGCTGGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    787     GTGGTGAGCTTCAGCAGCCTGCGGGCCGACGCCTCAGCGCCCTGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101194 .CAGGTGGTGAGCTTCAGCAGCCTGCGGGCCGACGCCTCAGCGCCCTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGCACTCTGCGTGCTGTGGTGCTCCGTGGCCCAGGCCCTGCTGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103422 TGGCACTCTGCGTGCTGTGGTGCTCCGTGGCCCAGGCCCTGCTGCTGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GTGTTCCTCTGGGCCTGCGACCGCTACCGGGCTGACCTCAAAGCTGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103472 GTGTTCCTCTGGGCCTGCGACCGCTACCGGGCTGACCTCAAAGCTGTCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGAGAAGTGCATGGCCCTCATGGCCAACGACGAGGAGTCAGACGATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103522 GGAGAAGTGCATGGCCCTCATGGCCAACGACGAGGAGTCAGACGATGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    980       AGACCAGCCTGGAAGGTGGCATCTCCCCGGACCTGGTGTTGGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103572 ...CAGAGACCAGCCTGGAAGGTGGCATCTCCCCGGACCTGGTGTTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGCTCCCTGGACTATGGCTATGGAGGTGATTTTGTGGCCCTAGATAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104326 CGCTCCCTGGACTATGGCTATGGAGGTGATTTTGTGGCCCTAGATAGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGCCAAGTATGAGATCTCCGCCCTGGAGGGGGGCCTGCCCCAGCTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104376 GGCCAAGTATGAGATCTCCGCCCTGGAGGGGGGCCTGCCCCAGCTCTACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CACTGCGGCCCTTGCAGGAGGACAAGATGCAATACCTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104426 CACTGCGGCCCTTGCAGGAGGACAAGATGCAATACCTGCAGGTG...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTCCCGCCCACGCGGCGCTTCTCCCACGACGATGCGGACGTGTGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104903 GTCCCGCCCACGCGGCGCTTCTCCCACGACGATGCGGACGTGTGGGCCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CGTCCCGCTGCCCGCCTTCCTGCCGCGCTGGGGCTCCGGCGAGGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104953 CGTCCCGCTGCCCGCCTTCCTGCCGCGCTGGGGCTCCGGCGAGGACCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CCGCCCTGGCGCACCTGGTGCTGCCTGCCGGGCCCGAGCGGCGCCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105003 CCGCCCTGGCGCACCTGGTGCTGCCTGCCGGGCCCGAGCGGCGCCGCGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AGCCTCCTGGCCTTCGCGGAGGACGCACCACCGTCCCGCGCGCGCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105053 AGCCTCCTGGCCTTCGCGGAGGACGCACCACCGTCCCGCGCGCGCCGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CTCGGCCGAGAGCCTGCTGTCGCTGCGGCCCTCGGCCCTGGATAGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105103 CTCGGCCGAGAGCCTGCTGTCGCTGCGGCCCTCGGCCCTGGATAGCGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CGCGGGGAGCCCGCGACTCGCCCCCCGGCAGCCCGCGCCGCCGCCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105153 CGCGGGGAGCCCGCGACTCGCCCCCCGGCAGCCCGCGCCGCCGCCCCGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CCCGGCCCCCGCTCCGCCTCGGCCTCGCTGCTGCCCGACGCCTTCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105203 CCCGGCCCCCGCTCCGCCTCGGCCTCGCTGCTGCCCGACGCCTTCGCCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GACCGCCTTCGAGTGCGAGCCACAGGCCCTGCGCCGCCCGCCCGGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105253 GACCGCCTTCGAGTGCGAGCCACAGGCCCTGCGCCGCCCGCCCGGGCCCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TCCCCGCTGCGCCCGCCGCCCCCGACGGCGCAGATCCCGGAGAGGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105303 TCCCCGCTGCGCCCGCCGCCCCCGACGGCGCAGATCCCGGAGAGGCCCCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 ACGCCCCCAAGCAGCGCCCAGCGGAGCCCAGGGCCACGCCCCTCTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105353 ACGCCCCCAAGCAGCGCCCAGCGGAGCCCAGGGCCACGCCCCTCTGCGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 CTCGCACGCCGGCTCTCTGCGCCCCGGCCTGAGCGCGTCGTGGGGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105403 CTCGCACGCCGGCTCTCTGCGCCCCGGCCTGAGCGCGTCGTGGGGCGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CCGGGGGGCTGCGCGCGGCGGGCGGCGGCGGCAGCACCAGCAGCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105453 CCGGGGGGCTGCGCGCGGCGGGCGGCGGCGGCAGCACCAGCAGCTTCCTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 AGTTCCCCCTCCGAGTCCTCGGGCTACGCCACGCTGCACTCGGACTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105503 AGTTCCCCCTCCGAGTCCTCGGGCTACGCCACGCTGCACTCGGACTCGCT

   1850     .    :
   1815 GGGCTCCGCGTCC
        |||||||||||||
 105553 GGGCTCCGCGTCC