seq1 = pF1KE9428.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KE9428/gi568815597f_236042623.tfa (gi568815597f:236042623_236308155), 265533 bp

>pF1KE9428 1197
>gi568815597f:236042623_236308155 (Chr1)

1-414  (100001-100414)   100% ->
415-464  (126084-126133)   100% ->
465-687  (135792-136014)   100% ->
688-837  (137257-137406)   100% ->
838-966  (141156-141284)   100% ->
967-1091  (162504-162628)   100% ->
1092-1197  (165428-165533)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCCCGAGCGTCCCCGGCCGCGCGGCAGCGCCCCCGGCCCGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCCCGAGCGTCCCCGGCCGCGCGGCAGCGCCCCCGGCCCGATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCCCGCCGTGGGACCCAGCCCGCAACGACTCGCTGCCGCCCACGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCCCGCCGTGGGACCCAGCCCGCAACGACTCGCTGCCGCCCACGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCGGCCGTGCCCCCCTACGTGAAGCTTGGCCTCACCGTCGTCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCGGCCGTGCCCCCCTACGTGAAGCTTGGCCTCACCGTCGTCTACACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGTTCTACGCGCTGCTCTTCGTGTTCATCTACGTGCAGCTCTGGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGTTCTACGCGCTGCTCTTCGTGTTCATCTACGTGCAGCTCTGGCTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGCGTTACCGCCACAAGCGGCTCAGCTACCAGAGCGTCTTCCTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGCGTTACCGCCACAAGCGGCTCAGCTACCAGAGCGTCTTCCTCTTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTGCCTCTTCTGGGCCTCCCTGCGGACCGTCCTCTTCTCCTTCTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTGCCTCTTCTGGGCCTCCCTGCGGACCGTCCTCTTCTCCTTCTACTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAGACTTCGTGGCGGCCAATTCGCTCAGCCCCTTCGTCTTCTGGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAAGACTTCGTGGCGGCCAATTCGCTCAGCCCCTTCGTCTTCTGGCTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTACTGCTTCCCTGTGTGCCTGCAGTTTTTCACCCTCACGCTGATGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTACTGCTTCCCTGTGTGCCTGCAGTTTTTCACCCTCACGCTGATGAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGTACTTCACGCAG         GTGATTTTCAAAGCCAAGTCAAAATAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGTACTTCACGCAGGTG...CAGGTGATTTTCAAAGCCAAGTCAAAATAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCTCCAGAATTACTCAAATACCG         GTTGCCCCTCTACCTGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 126111 TCTCCAGAATTACTCAAATACCGGTA...CAGGTTGCCCCTCTACCTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTCCCTCTTCATCAGCCTTGTTTTCCTGTTGGTGAATTTAACCTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135810 CTCCCTCTTCATCAGCCTTGTTTTCCTGTTGGTGAATTTAACCTGTGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCTGGTAAAGACGGGAAATTGGGAGAGGAAGGTTATCGTCTCTGTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135860 TGCTGGTAAAGACGGGAAATTGGGAGAGGAAGGTTATCGTCTCTGTGCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGGCCATTAATGACACGCTCTTCGTGCTGTGTGCCGTCTCTCTCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135910 GTGGCCATTAATGACACGCTCTTCGTGCTGTGTGCCGTCTCTCTCTCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTGTCTCTACAAAATCTCTAAGATGTCCTTAGCCAACATTTACTTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135960 CTGTCTCTACAAAATCTCTAAGATGTCCTTAGCCAACATTTACTTGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCAAG         GGCTCCTCCGTGTGTCAAGTGACTGCCATCGGTGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136010 CCAAGGTA...CAGGGCTCCTCCGTGTGTCAAGTGACTGCCATCGGTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ACCGTGATACTGCTTTACACCTCTCGGGCCTGCTACAACCTGTTCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137293 ACCGTGATACTGCTTTACACCTCTCGGGCCTGCTACAACCTGTTCATCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GTCATTTTCTCAGAACAAGAGCGTCCATTCCTTTGATTATGACTGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137343 GTCATTTTCTCAGAACAAGAGCGTCCATTCCTTTGATTATGACTGGTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATGTATCAGACCAG         GCAGATTTGAAGAATCAGCTGGGAGAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 137393 ATGTATCAGACCAGGTC...CAGGCAGATTTGAAGAATCAGCTGGGAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCTGGATACGTATTATTTGGAGTGGTGTTATTTGTTTGGGAACTCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141183 GCTGGATACGTATTATTTGGAGTGGTGTTATTTGTTTGGGAACTCTTACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TACCACCTTAGTCGTTTATTTCTTCCGAGTTAGAAATCCTACAAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141233 TACCACCTTAGTCGTTTATTTCTTCCGAGTTAGAAATCCTACAAAGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TT         ACCAACCCTGGAATGGTCCCCAGCCATGGATTCAGTCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141283 TTGTA...TAGACCAACCCTGGAATGGTCCCCAGCCATGGATTCAGTCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGATCTTATTTCTTTGACAACCCTCGAAGATATGACAGTGATGATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162543 AGATCTTATTTCTTTGACAACCCTCGAAGATATGACAGTGATGATGACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGCCTGGAACATTGCCCCTCAGGGACTTCAGGGAGG         TTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 162593 TGCCTGGAACATTGCCCCTCAGGGACTTCAGGGAGGGTA...AAGTTTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTCCAGATTACTATGATTGGGGACAACAAACTAACAGCTTCCTGGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165433 CTCCAGATTACTATGATTGGGGACAACAAACTAACAGCTTCCTGGCACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GCAGGAACTTTGCAAGACTCAACTTTGGATCCTGACAAACCAAGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165483 GCAGGAACTTTGCAAGACTCAACTTTGGATCCTGACAAACCAAGCCTTGG

   1250 
   1197 G
        |
 165533 G