seq1 = pF1KE9426.tfa, 2391 bp
seq2 = pF1KE9426/gi568815595f_100509857.tfa (gi568815595f:100509857_100794998), 285142 bp

>pF1KE9426 2391
>gi568815595f:100509857_100794998 (Chr3)

1-115  (100001-100115)   100% ->
116-229  (119742-119855)   100% ->
230-334  (120849-120953)   100% ->
335-447  (123409-123521)   100% ->
448-597  (125821-125970)   100% ->
598-698  (127446-127546)   100% ->
699-838  (133410-133549)   100% ->
839-946  (133670-133777)   100% ->
947-1110  (136089-136252)   100% ->
1111-1266  (136713-136868)   100% ->
1267-1379  (139839-139951)   99% ->
1380-1726  (144979-145325)   100% ->
1727-1823  (146043-146139)   100% ->
1824-1979  (149832-149987)   100% ->
1980-2136  (159093-159249)   100% ->
2137-2391  (184888-185142)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCCTGCCGTGCCTGGAACCTTAGGGTGCTGGTGGCTGTCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCCTGCCGTGCCTGGAACCTTAGGGTGCTGGTGGCTGTCGTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGACTACTGACTGGCATCATTTTGGGACTGGGCATCTGGAGGATTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGACTACTGACTGGCATCATTTTGGGACTGGGCATCTGGAGGATTGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAGGATCCAAAGAG         GAAAATCTACTTCCTCATCAAGCACC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCAGGATCCAAAGAGGTA...TAGGAAAATCTACTTCCTCATCAAGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTACAGAGTTCTGCAGGAATGGTGGAACCTGGGAAAATGGCAGATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119768 CCTACAGAGTTCTGCAGGAATGGTGGAACCTGGGAAAATGGCAGATGTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTGTACAGAAGAGTGGAAAGGACTGAGATGTACAATTG         CTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 119818 TTGTACAGAAGAGTGGAAAGGACTGAGATGTACAATTGGTA...CAGCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTTTTGTGAAAATAGTACCTATATGGGTTTTACTTTTGCCAGAATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120852 ATTTTTGTGAAAATAGTACCTATATGGGTTTTACTTTTGCCAGAATCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGGCAGATATGGACCATCCTTGCAAACATGTGGCAAGGATACTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120902 GTGGGCAGATATGGACCATCCTTGCAAACATGTGGCAAGGATACTCCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TG         CGGGCAATCCAATGGCAGTCCGGTTGTGCAGTCTCTCTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120952 TGGTA...AAGCGGGCAATCCAATGGCAGTCCGGTTGTGCAGTCTCTCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TATATGGAGAGATAGAATTACAAAAAGTGACAATAGGAAATTGCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123448 TATATGGAGAGATAGAATTACAAAAAGTGACAATAGGAAATTGCAATGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATCTGGAAACCCTGGAAAAGCAG         GTAAAGGATGTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123498 AATCTGGAAACCCTGGAAAAGCAGGTA...CAGGTAAAGGATGTCACAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACCACTTAATAACATTTCTTCTGAAGTCCAGATTTTAACATCTGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125838 ACCACTTAATAACATTTCTTCTGAAGTCCAGATTTTAACATCTGATGCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATAAATTAACTGCTGAGAACATCACTAGTGCTACGCGAGTGGTTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125888 ATAAATTAACTGCTGAGAACATCACTAGTGCTACGCGAGTGGTTGGACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATATTCAACACTTCCAGAAATGCTTCACCTGAG         GCAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 125938 ATATTCAACACTTCCAGAAATGCTTCACCTGAGGTA...CAGGCAAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGTTGCCATAGTAACAGTGAGTCAACTCCTAGATGCCAGTGAAGATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127454 AGTTGCCATAGTAACAGTGAGTCAACTCCTAGATGCCAGTGAAGATGCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTCAAAGAGTTGCTGCTACTGCTAATGATGATGCCCTTACAAC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 127504 TTCAAAGAGTTGCTGCTACTGCTAATGATGATGCCCTTACAACGTA...C

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    699   GCTTATTGAGCAAATGGAGACTTATTCCTTGTCTTTGGGTAATCAATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133408 AGGCTTATTGAGCAAATGGAGACTTATTCCTTGTCTTTGGGTAATCAATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTGGTGGAACCTAACATAGCAATACAGTCAGCAAATTTCTCTTCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133458 AGTGGTGGAACCTAACATAGCAATACAGTCAGCAAATTTCTCTTCAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGCGGTGGGGCCTTCAAATGTTCGCTTCTCTGTGCAGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 133508 ATGCGGTGGGGCCTTCAAATGTTCGCTTCTCTGTGCAGAAAGGTG...TA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    839  GAGCTAGCAGTTCTCTAGTTTCTAGTTCAACATTTATACATACAAATGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133669 GGAGCTAGCAGTTCTCTAGTTTCTAGTTCAACATTTATACATACAAATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGATGGCCTTAACCCAGATGCACAGACTGAGCTTCAGGTCTTGCTTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133719 GGATGGCCTTAACCCAGATGCACAGACTGAGCTTCAGGTCTTGCTTAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGACGAAAA         ATTACACCAAGACATGCGGCTTTGTAGTTTAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 133769 TGACGAAAAGTA...TAGATTACACCAAGACATGCGGCTTTGTAGTTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAAAATGACAAGCTTTTCCAATCAAAAACTTTTACAGCTAAATCGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136121 CAAAATGACAAGCTTTTCCAATCAAAAACTTTTACAGCTAAATCGGATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TAGTCAAAAAATTATCTCAAGCAAAACTGATGAAAATGAGCAAGATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136171 TAGTCAAAAAATTATCTCAAGCAAAACTGATGAAAATGAGCAAGATCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GTGCTTCTGTTGACATGGTCTTTAGTCCAAAG         TACAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 136221 GTGCTTCTGTTGACATGGTCTTTAGTCCAAAGGTG...TAGTACAACCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAAGAATTTCAACTCTATTCCTATGCCTGTGTCTATTGGAATTTGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136722 AAAGAATTTCAACTCTATTCCTATGCCTGTGTCTATTGGAATTTGTCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAAGGACTGGGACACATATGGCTGTCAAAAAGACAAGGGCACTGATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136772 GAAGGACTGGGACACATATGGCTGTCAAAAAGACAAGGGCACTGATGGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCTGCGCTGCCGCTGCAACCATACTACTAATTTTGCTGTATTAATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 136822 TCCTGCGCTGCCGCTGCAACCATACTACTAATTTTGCTGTATTAATGGTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267       ACTTTCAGAAAGGATTATCAATATCCCAAATCACTTGACATATT
        ...>>>||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136872 ...CAGACTTTCAAAAAGGATTATCAATATCCCAAATCACTTGACATATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATCCAACGTTGGATGTGCACTGTCTGTTACTGGTCTGGCTCTCACAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139883 ATCCAACGTTGGATGTGCACTGTCTGTTACTGGTCTGGCTCTCACAGTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TATTTCAGATTGTCACCAG         GAAAGTCAGAAAAACCTCAGTA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 139933 TATTTCAGATTGTCACCAGGTA...CAGGAAAGTCAGAAAAACCTCAGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACCTGGGTTTTGGTCAATCTGTGCATATCAATGTTGATTTTCAACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145001 ACCTGGGTTTTGGTCAATCTGTGCATATCAATGTTGATTTTCAACCTCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CTTTGTGTTTGGAATTGAAAACTCCAATAAGAACTTGCAGACAAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145051 CTTTGTGTTTGGAATTGAAAACTCCAATAAGAACTTGCAGACAAGTGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GTGACATCAATAATATTGACTTTGACAATAATGACATACCCAGGACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145101 GTGACATCAATAATATTGACTTTGACAATAATGACATACCCAGGACAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 ACCATTAACATCCCGAATCCCATGTGCACTGCGATTGCCGCCTTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145151 ACCATTAACATCCCGAATCCCATGTGCACTGCGATTGCCGCCTTACTGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CTATTTTCTGTTAGTGACATTTACCTGGAACGCACTCAGCGCTGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145201 CTATTTTCTGTTAGTGACATTTACCTGGAACGCACTCAGCGCTGCACAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TCTATTACCTTCTAATAAGGACCATGAAGCCTCTTCCTCGGCATTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145251 TCTATTACCTTCTAATAAGGACCATGAAGCCTCTTCCTCGGCATTTCATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTTTTCATCTCATTAATTGGATGGG         GAGTCCCAGCTATAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 145301 CTTTTCATCTCATTAATTGGATGGGGTA...TAGGAGTCCCAGCTATAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGTGGCTATAACAGTGGGAGTTATTTATTCTCAGAATGGAAATAATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146059 AGTGGCTATAACAGTGGGAGTTATTTATTCTCAGAATGGAAATAATCCAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AGTGGGAATTAGACTACCGGCAAGAGAAAAT         CTGCTGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 146109 AGTGGGAATTAGACTACCGGCAAGAGAAAATGTG...CAGCTGCTGGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GCAATTCCAGAACCCAATGGTGTTATAAAAAGTCCGCTGTTGTGGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149842 GCAATTCCAGAACCCAATGGTGTTATAAAAAGTCCGCTGTTGTGGTCATT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CATCGTACCTGTAACCATTATCCTCATCAGCAATGTTGTTATGTTTATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149892 CATCGTACCTGTAACCATTATCCTCATCAGCAATGTTGTTATGTTTATTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CAATCTCGATCAAAGTGCTGTGGAAGAATAACCAGAACCTGACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 149942 CAATCTCGATCAAAGTGCTGTGGAAGAATAACCAGAACCTGACAAGGTA.

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980      CACAAAAAAAGTTTCATCCATGAAGAAGATTGTTAGCACATTATC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149992 ..TAGCACAAAAAAAGTTTCATCCATGAAGAAGATTGTTAGCACATTATC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 TGTTGCAGTTGTTTTTGGAATTACCTGGATTCTAGCATACCTGATGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159138 TGTTGCAGTTGTTTTTGGAATTACCTGGATTCTAGCATACCTGATGCTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 TTAATGATGATAGCATCAGGATCGTCTTCAGCTACATATTCTGCCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159188 TTAATGATGATAGCATCAGGATCGTCTTCAGCTACATATTCTGCCTTTTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AACACTACACAG         GGATTGCAAATTTTTATCCTGTACACTGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 159238 AACACTACACAGGTA...CAGGGATTGCAAATTTTTATCCTGTACACTGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TAGAACAAAAGTCTTCCAGAGTGAAGCTTCCAAAGTGTTGATGTTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184917 TAGAACAAAAGTCTTCCAGAGTGAAGCTTCCAAAGTGTTGATGTTGCTAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CGTCTATTGGGAGAAGGAAGTCATTGCCTTCAGTGACGCGGCCGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184967 CGTCTATTGGGAGAAGGAAGTCATTGCCTTCAGTGACGCGGCCGAGGCTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 CGTGTAAAGATGTATAATTTCCTCAGGTCATTGCCAACCTTACATGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185017 CGTGTAAAGATGTATAATTTCCTCAGGTCATTGCCAACCTTACATGAACG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 CTTTAGGCTACTGGAAACCTCTCCGAGTACTGAGGAAATCACACTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185067 CTTTAGGCTACTGGAAACCTCTCCGAGTACTGAGGAAATCACACTCTCTG

   2500     .    :    .    :    .
   2366 AAAGTGACAATGCAAAGGAAAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||
 185117 AAAGTGACAATGCAAAGGAAAGCATC