seq1 = pF1KE9424.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KE9424/gi568815588f_93466721.tfa (gi568815588f:93466721_93687606), 220886 bp

>pF1KE9424 1083
>gi568815588f:93466721_93687606 (Chr10)

1-567  (100001-100567)   100% ->
568-696  (109371-109499)   100% ->
697-1083  (120500-120886)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCCTGAATGCGCGCGGGCAGCGGGCGACGCGCCCTTGCGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCCTGAATGCGCGCGGGCAGCGGGCGACGCGCCCTTGCGCAGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCAAGCCAACCGCACCCGCTTTCCCTTCTTCTCCGACGTCAAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCAAGCCAACCGCACCCGCTTTCCCTTCTTCTCCGACGTCAAGGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCACCGGCTGGTGCTGGCCGCGGTGGAGACAACCGTGCTGGTGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCACCGGCTGGTGCTGGCCGCGGTGGAGACAACCGTGCTGGTGCTCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTTGCAGTGTCGCTGCTGGGCAACGTGTGCGCCCTGGTGCTGGTGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTTGCAGTGTCGCTGCTGGGCAACGTGTGCGCCCTGGTGCTGGTGGCGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGACGACGCCGCGGCGCGACTGCCTGCCTGGTACTCAACCTCTTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGACGACGCCGCGGCGCGACTGCCTGCCTGGTACTCAACCTCTTCTGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGACCTGCTCTTCATCAGCGCTATCCCTCTGGTGCTGGCCGTGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGACCTGCTCTTCATCAGCGCTATCCCTCTGGTGCTGGCCGTGCGCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACTGAGGCCTGGCTGCTGGGCCCCGTTGCCTGCCACCTGCTCTTCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACTGAGGCCTGGCTGCTGGGCCCCGTTGCCTGCCACCTGCTCTTCTACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGACCCTGAGCGGCAGCGTCACCATCCTCACGCTGGCCGCGGTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGACCCTGAGCGGCAGCGTCACCATCCTCACGCTGGCCGCGGTCAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGAGCGCATGGTGTGCATCGTGCACCTGCAGCGCGGCGTGCGGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGAGCGCATGGTGTGCATCGTGCACCTGCAGCGCGGCGTGCGGGGTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGGCGGCGGGCGCGGGCAGTGCTGCTGGCGCTCATCTGGGGCTATTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGGCGGCGGGCGCGGGCAGTGCTGCTGGCGCTCATCTGGGGCTATTCGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGTCGCCGCTCTGCCTCTCTGCGTCTTCTTCCGAGTCGTCCCGCAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGTCGCCGCTCTGCCTCTCTGCGTCTTCTTCCGAGTCGTCCCGCAACGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCCCGGCGCCGACCAG         GAAATTTCGATTTGCACACTGATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCCCGGCGCCGACCAGGTG...TAGGAAATTTCGATTTGCACACTGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGGCCCACCATTCCTGGAGAGATCTCGTGGGATGTCTCTTTTGTTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109395 TGGCCCACCATTCCTGGAGAGATCTCGTGGGATGTCTCTTTTGTTACTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GAACTTCTTGGTGCCAGGACTGGTCATTGTGATCAGTTACTCCAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109445 GAACTTCTTGGTGCCAGGACTGGTCATTGTGATCAGTTACTCCAAAATTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TACAG         ATCACAAAGGCATCAAGGAAGAGGCTCACGGTAAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109495 TACAGGTA...CAGATCACAAAGGCATCAAGGAAGAGGCTCACGGTAAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGGCCTACTCGGAGAGCCACCAGATCCGCGTGTCCCAGCAGGACTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120536 CTGGCCTACTCGGAGAGCCACCAGATCCGCGTGTCCCAGCAGGACTTCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCTCTTCCGCACCCTCTTCCTCCTCATGGTCTCCTTCTTCATCATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120586 GCTCTTCCGCACCCTCTTCCTCCTCATGGTCTCCTTCTTCATCATGTGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCCCCATCATCATCACCATCCTCCTCATCCTGATCCAGAACTTCAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120636 GCCCCATCATCATCACCATCCTCCTCATCCTGATCCAGAACTTCAAGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GACCTGGTCATCTGGCCGTCCCTCTTCTTCTGGGTGGTGGCCTTCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120686 GACCTGGTCATCTGGCCGTCCCTCTTCTTCTGGGTGGTGGCCTTCACATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGCTAATTCAGCCCTAAACCCCATCCTCTACAACATGACACTGTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120736 TGCTAATTCAGCCCTAAACCCCATCCTCTACAACATGACACTGTGCAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATGAGTGGAAGAAAATTTTTTGCTGCTTCTGGTTCCCAGAAAAGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120786 ATGAGTGGAAGAAAATTTTTTGCTGCTTCTGGTTCCCAGAAAAGGGAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATTTTAACAGACACATCTGTCAAAAGAAATGACTTGTCGATTATTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120836 ATTTTAACAGACACATCTGTCAAAAGAAATGACTTGTCGATTATTTCTGG

   1100 
   1083 C
        |
 120886 C