seq1 = pF1KE9422.tfa, 2070 bp
seq2 = pF1KE9422/gi568815597r_78791157.tfa (gi568815597r:78791157_79105222), 314066 bp

>pF1KE9422 2070
>gi568815597r:78791157_79105222 (Chr1)

(complement)

1-22  (98569-98590)   100% ->
23-172  (100004-100153)   100% ->
173-325  (158797-158949)   100% ->
326-396  (165965-166035)   100% ->
397-576  (166944-167123)   100% ->
577-760  (167233-167416)   100% ->
761-877  (168812-168928)   100% ->
878-1083  (178132-178337)   99% ->
1084-1257  (183437-183610)   100% ->
1258-1461  (184837-185040)   100% ->
1462-1682  (187173-187393)   100% ->
1683-1749  (187523-187589)   100% ->
1750-1841  (212034-212125)   100% ->
1842-2010  (213531-213699)   100% ->
2011-2070  (214007-214066)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACGCCTCCCGCTCCTAG         TGGTTTTTTCCACTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  98569 ATGAAACGCCTCCCGCTCCTAGGTG...TAGTGGTTTTTTCCACTTTGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAATTGTTCCTATACTCAAAATTGCACCAAGACACCTTGTCTCCCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 GAATTGTTCCTATACTCAAAATTGCACCAAGACACCTTGTCTCCCAAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAAAATGTGAAATACGCAATGGAATTGAAGCCTGCTATTGCAACATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100073 CAAAATGTGAAATACGCAATGGAATTGAAGCCTGCTATTGCAACATGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTCAGGAAATGGTGTCACAATTTGTGAAG         ATGATAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100123 TTTTCAGGAAATGGTGTCACAATTTGTGAAGGTA...CAGATGATAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATGTGGAAATTTAACTCAGTCCTGTGGCGAAAATGCTAATTGCACTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158807 ATGTGGAAATTTAACTCAGTCCTGTGGCGAAAATGCTAATTGCACTAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGAAGGAAGTTATTATTGTATGTGTGTACCTGGCTTCAGATCCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158857 CAGAAGGAAGTTATTATTGTATGTGTGTACCTGGCTTCAGATCCAGCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACCAAGACAGGTTTATCACTAATGATGGAACCGTCTGTATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 158907 AACCAAGACAGGTTTATCACTAATGATGGAACCGTCTGTATAGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   AAAATGTGAATGCAAACTGCCATTTAGATAATGTCTGTATAGCTGCAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165963 AGAAAATGTGAATGCAAACTGCCATTTAGATAATGTCTGTATAGCTGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATATTAATAAAACTTTAACAAAA         ATCAGATCCATAAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 166013 ATATTAATAAAACTTTAACAAAAGTA...CAGATCAGATCCATAAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCTGTGGCTTTGCTACAAGAAGTCTATAGAAATTCTGTGACAGATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166962 CCTGTGGCTTTGCTACAAGAAGTCTATAGAAATTCTGTGACAGATCTTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACCAACAGATATAATTACATATATAGAAATATTAGCTGAATCATCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167012 ACCAACAGATATAATTACATATATAGAAATATTAGCTGAATCATCTTCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACTAGGTTACAAGAACAACACTATCTCAGCCAAGGACACCCTTTCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167062 TACTAGGTTACAAGAACAACACTATCTCAGCCAAGGACACCCTTTCTAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCAACTCTTACT         GAATTTGTAAAAACCGTGAATAATTTTGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 167112 TCAACTCTTACTGTA...TAGGAATTTGTAAAAACCGTGAATAATTTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCAAAGGGATACATTTGTAGTTTGGGACAAGTTATCTGTGAATCATAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167262 TCAAAGGGATACATTTGTAGTTTGGGACAAGTTATCTGTGAATCATAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAACACATCTTACAAAACTCATGCACACTGTTGAACAAGCTACTTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167312 GAACACATCTTACAAAACTCATGCACACTGTTGAACAAGCTACTTTAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATATCCCAGAGCTTCCAAAAGACCACAGAGTTTGATACAAATTCAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167362 ATATCCCAGAGCTTCCAAAAGACCACAGAGTTTGATACAAATTCAACGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TATAG         CTCTCAAAGTTTTCTTTTTTGATTCATATAACATGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167412 TATAGGTA...CAGCTCTCAAAGTTTTCTTTTTTGATTCATATAACATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AACATATTCATCCTCATATGAATATGGATGGAGACTACATAAATATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168848 AACATATTCATCCTCATATGAATATGGATGGAGACTACATAAATATATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCAAAGAGAAAAGCTGCATATGATTCAAATG         GCAATGTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 168898 CCAAAGAGAAAAGCTGCATATGATTCAAATGGTA...TAGGCAATGTTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGTTGCATTTTTATATTATAAGAGTATTGGTCCTTTGCTTTCATCATCTG
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178142 AGTTGCATTTGTATATTATAAGAGTATTGGTCCTTTGCTTTCATCATCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACAACTTCTTATTGAAACCTCAAAATTATGATAATTCTGAAGAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178192 ACAACTTCTTATTGAAACCTCAAAATTATGATAATTCTGAAGAGGAGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGAGTCATATCTTCAGTAATTTCAGTCTCAATGAGCTCAAACCCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178242 AGAGTCATATCTTCAGTAATTTCAGTCTCAATGAGCTCAAACCCACCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 ATTATATGAACTTGAAAAAATAACATTTACATTAAGTCATCGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 178292 ATTATATGAACTTGAAAAAATAACATTTACATTAAGTCATCGAAAGGTA.

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084      GTCACAGATAGGTATAGGAGTCTATGTGCATTTTGGAATTACTCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178342 ..CAGGTCACAGATAGGTATAGGAGTCTATGTGCATTTTGGAATTACTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CCTGATACCATGAATGGCAGCTGGTCTTCAGAGGGCTGTGAGCTGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183482 CCTGATACCATGAATGGCAGCTGGTCTTCAGAGGGCTGTGAGCTGACATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTCAAATGAGACCCACACCTCATGCCGCTGTAATCACCTGACACATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183532 CTCAAATGAGACCCACACCTCATGCCGCTGTAATCACCTGACACATTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAATTTTGATGTCCTCTGGTCCTTCCATT         GGTATTAAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 183582 CAATTTTGATGTCCTCTGGTCCTTCCATTGTA...TAGGGTATTAAAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TATAATATTCTTACAAGGATCACTCAACTAGGAATAATTATTTCACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184849 TATAATATTCTTACAAGGATCACTCAACTAGGAATAATTATTTCACTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TTGTCTTGCCATATGCATTTTTACCTTCTGGTTCTTCAGTGAAATTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184899 TTGTCTTGCCATATGCATTTTTACCTTCTGGTTCTTCAGTGAAATTCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCACCAGGACAACAATTCACAAAAATCTTTGCTGTAGCCTATTTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184949 GCACCAGGACAACAATTCACAAAAATCTTTGCTGTAGCCTATTTCTTGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAACTTGTTTTTCTTGTTGGGATCAATACAAATACTAATAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 184999 GAACTTGTTTTTCTTGTTGGGATCAATACAAATACTAATAAGGTA...TA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1462  CTCTTCTGTTCAATCATTGCCGGACTGCTACACTACTTCTTTTTAGCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187172 GCTCTTCTGTTCAATCATTGCCGGACTGCTACACTACTTCTTTTTAGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CTTTTGCATGGATGTGCATTGAAGGCATACATCTCTATCTCATTGTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187222 CTTTTGCATGGATGTGCATTGAAGGCATACATCTCTATCTCATTGTTGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GGTGTCATCTACAACAAGGGATTTTTGCACAAGAATTTTTATATCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187272 GGTGTCATCTACAACAAGGGATTTTTGCACAAGAATTTTTATATCTTTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CTATCTAAGCCCAGCCGTGGTAGTTGGATTTTCGGCAGCACTAGGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187322 CTATCTAAGCCCAGCCGTGGTAGTTGGATTTTCGGCAGCACTAGGATACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GATATTATGGCACAACCAAAGT         ATGTTGGCTTAGCACCGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 187372 GATATTATGGCACAACCAAAGTGTA...CAGATGTTGGCTTAGCACCGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AACAACTTTATTTGGAGTTTTATAGGACCAGCATGCCTAATCATTCTT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 187542 AACAACTTTATTTGGAGTTTTATAGGACCAGCATGCCTAATCATTCTTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1750        GTTAATCTCTTGGCTTTTGGAGTCATCATATACAAAGTTTTTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187592 A...CAGGTTAATCTCTTGGCTTTTGGAGTCATCATATACAAAGTTTTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTCACACTGCAGGGTTGAAACCAGAAGTTAGTTGCTTTGAGAACATAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 212077 GTCACACTGCAGGGTTGAAACCAGAAGTTAGTTGCTTTGAGAACATAAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842         GTCTTGTGCAAGAGGAGCCCTCGCTCTTCTGTTCCTTCTCGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212127 TA...TAGGTCTTGTGCAAGAGGAGCCCTCGCTCTTCTGTTCCTTCTCGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CACCACCTGGATCTTTGGGGTTCTCCATGTTGTGCACGCATCAGTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213573 CACCACCTGGATCTTTGGGGTTCTCCATGTTGTGCACGCATCAGTGGTTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CAGCTTACCTCTTCACAGTCAGCAATGCTTTCCAGGGGATGTTCATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213623 CAGCTTACCTCTTCACAGTCAGCAATGCTTTCCAGGGGATGTTCATTTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TTATTCCTGTGTGTTTTATCTAGAAAG         ATTCAAGAAGAATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 213673 TTATTCCTGTGTGTTTTATCTAGAAAGGTA...TAGATTCAAGAAGAATA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2025 TTACAGATTGTTCAAAAATGTCCCCTGTTGTTTTGGATGTTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214021 TTACAGATTGTTCAAAAATGTCCCCTGTTGTTTTGGATGTTTAAGG