seq1 = pF1KE9421.tfa, 1044 bp
seq2 = pF1KE9421/gi568815592f_132438290.tfa (gi568815592f:132438290_132639333), 201044 bp

>pF1KE9421 1044
>gi568815592f:132438290_132639333 (Chr6)

1-1044  (100001-101044)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAACAATTTCTCCCAAGCTGAGGCTGTGGAGCTGTGTTACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGAACAATTTCTCCCAAGCTGAGGCTGTGGAGCTGTGTTACAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGAACGAATCCTGCATTAAAACTCCTTACTCGCCAGGTCCTCGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGAACGAATCCTGCATTAAAACTCCTTACTCGCCAGGTCCTCGATCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTCTACGCCGTCCTTGGTTTTGGGGCTGTGCTGGCAGCGTTTGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTCTACGCCGTCCTTGGTTTTGGGGCTGTGCTGGCAGCGTTTGGAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTACTGGTCATGATTGCTATCCTTCACTTCAAACAACTGCACACACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTACTGGTCATGATTGCTATCCTTCACTTCAAACAACTGCACACACCTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAACTTTCTGATTGCGTCGCTGGCCTGTGCTGACTTCTTGGTGGGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAACTTTCTGATTGCGTCGCTGGCCTGTGCTGACTTCTTGGTGGGAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGTGATGCCCTTCAGCACAGTGAGGTCTGTGGAGAGCTGTTGGTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGTGATGCCCTTCAGCACAGTGAGGTCTGTGGAGAGCTGTTGGTACTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGGGACAGTTACTGTAAATTCCATACATGTTTTGACACATCCTTCTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGGGACAGTTACTGTAAATTCCATACATGTTTTGACACATCCTTCTGTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGCTTCTTTATTTCATTTATGCTGTATCTCTGTTGATAGATACATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGCTTCTTTATTTCATTTATGCTGTATCTCTGTTGATAGATACATTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTACTGATCCTCTGACCTATCCAACCAAGTTTACTGTGTCAGTTTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TTACTGATCCTCTGACCTATCCAACCAAGTTTACTGTGTCAGTTTCAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATATGCATTGTTCTTTCCTGGTTCTTTTCTGTCACATACAGCTTTTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATATGCATTGTTCTTTCCTGGTTCTTTTCTGTCACATACAGCTTTTCGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTTTACACGGGAGCCAACGAAGAAGGAATTGAGGAATTAGTAGTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTTTACACGGGAGCCAACGAAGAAGGAATTGAGGAATTAGTAGTTGCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TAACCTGTGTAGGAGGCTGCCAGGCTCCACTGAATCAAAACTGGGTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TAACCTGTGTAGGAGGCTGCCAGGCTCCACTGAATCAAAACTGGGTCCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTTTGTTTTCTTCTATTCTTTATACCCAATGTCGCCATGGTGTTTATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTTTGTTTTCTTCTATTCTTTATACCCAATGTCGCCATGGTGTTTATATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAGTAAGATATTTTTGGTGGCCAAGCATCAGGCTAGGAAGATAGAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAGTAAGATATTTTTGGTGGCCAAGCATCAGGCTAGGAAGATAGAAAGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CAGCCAGCCAAGCTCAGTCCTCCTCAGAGAGTTACAAGGAAAGAGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CAGCCAGCCAAGCTCAGTCCTCCTCAGAGAGTTACAAGGAAAGAGTAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AAAAGAGAGAGAAAGGCTGCCAAAACCTTGGGAATTGCTATGGCAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AAAAGAGAGAGAAAGGCTGCCAAAACCTTGGGAATTGCTATGGCAGCATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCTTGTCTCTTGGCTACCATACCTCGTTGATGCAGTGATTGATGCTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCTTGTCTCTTGGCTACCATACCTCGTTGATGCAGTGATTGATGCTTATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGAATTTTATAACTCCTCCTTATGTTTATGAGATTTTAGTTTGGTGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGAATTTTATAACTCCTCCTTATGTTTATGAGATTTTAGTTTGGTGTGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TATTATAATTCAGCTATGAACCCCTTGATTTATGCTTTCTTTTACCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TATTATAATTCAGCTATGAACCCCTTGATTTATGCTTTCTTTTACCAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GTTTGGGAAGGCAATAAAACTTATTGTAAGCGGCAAGGTCTTAAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GTTTGGGAAGGCAATAAAACTTATTGTAAGCGGCAAGGTCTTAAGGACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATTCGTCAACAACTAATTTATTTTCTGAAGAAGTAGAGACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATTCGTCAACAACTAATTTATTTTCTGAAGAAGTAGAGACAGAT