seq1 = pF1KE9419.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KE9419/gi568815593f_33836741.tfa (gi568815593f:33836741_34038147), 201407 bp

>pF1KE9419 1407
>gi568815593f:33836741_34038147 (Chr5)

1-1407  (100001-101407)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGATGGCCGATGCAGCCACGATAGCCACCATGAATAAGGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGATGGCCGATGCAGCCACGATAGCCACCATGAATAAGGCAGCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGACAAGCTAGCAGAACTCTTCAGTCTGGTCCCGGACCTTCTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGACAAGCTAGCAGAACTCTTCAGTCTGGTCCCGGACCTTCTGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCCAACACGAGTGGTAACGCGTCGCTGCAGCTTCCGGACTTGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCCAACACGAGTGGTAACGCGTCGCTGCAGCTTCCGGACTTGTGGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCTGGGGCTGGAGTTGCCGGACGGCGCGCCGCCAGGACATCCCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGCTGGGGCTGGAGTTGCCGGACGGCGCGCCGCCAGGACATCCCCCGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCGGCGGGGCAGAGAGCGCGGACACAGAGGCCCGGGTGCGGATTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCGGCGGGGCAGAGAGCGCGGACACAGAGGCCCGGGTGCGGATTCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAGCGTGGTGTACTGGGTGGTGTGCGCCCTGGGGTTGGCGGGCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAGCGTGGTGTACTGGGTGGTGTGCGCCCTGGGGTTGGCGGGCAACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGTTCTCTACCTGATGAAGAGCATGCAGGGCTGGCGCAAGTCCTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGTTCTCTACCTGATGAAGAGCATGCAGGGCTGGCGCAAGTCCTCTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAACCTCTTCGTCACCAACCTGGCGCTGACGGACTTTCAGTTTGTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAACCTCTTCGTCACCAACCTGGCGCTGACGGACTTTCAGTTTGTGCTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCTGCCCTTCTGGGCGGTGGAGAACGCTCTTGACTTCAAATGGCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCTGCCCTTCTGGGCGGTGGAGAACGCTCTTGACTTCAAATGGCCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCAAGGCCATGTGTAAGATCGTGTCCATGGTGACGTCCATGAACATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCAAGGCCATGTGTAAGATCGTGTCCATGGTGACGTCCATGAACATGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGCCAGCGTGTTCTTCCTCACTGCCATGAGTGTGACGCGCTACCATTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGCCAGCGTGTTCTTCCTCACTGCCATGAGTGTGACGCGCTACCATTCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGCCTCGGCTCTGAAGAGCCACCGGACCCGAGGACACGGCCGGGGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGCCTCGGCTCTGAAGAGCCACCGGACCCGAGGACACGGCCGGGGCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGCTGCGGCCGGAGCCTGGGGGACAGCTGCTGCTTCTCGGCCAAGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGCTGCGGCCGGAGCCTGGGGGACAGCTGCTGCTTCTCGGCCAAGGCGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GTGTGTGTGGATCTGGGCTTTGGCCGCGCTGGCCTCGCTGCCCAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GTGTGTGTGGATCTGGGCTTTGGCCGCGCTGGCCTCGCTGCCCAGTGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTTTCTCCACCACGGTCAAGGTGATGGGCGAGGAGCTGTGCCTGGTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTTTCTCCACCACGGTCAAGGTGATGGGCGAGGAGCTGTGCCTGGTGCGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCCCGGACAAGTTGCTGGGCCGCGACAGGCAGTTCTGGCTGGGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCCCGGACAAGTTGCTGGGCCGCGACAGGCAGTTCTGGCTGGGCCTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCACTCGCAGAAGGTGCTGCTGGGCTTCGTGCTGCCGCTGGGCATCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCACTCGCAGAAGGTGCTGCTGGGCTTCGTGCTGCCGCTGGGCATCATTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TCTTGTGCTACCTGCTGCTGGTGCGCTTCATCGCCGACCGCCGCGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TCTTGTGCTACCTGCTGCTGGTGCGCTTCATCGCCGACCGCCGCGCGGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGGACCAAAGGAGGGGCCGCGGTAGCCGGAGGACGCCCGACCGGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGGACCAAAGGAGGGGCCGCGGTAGCCGGAGGACGCCCGACCGGAGCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGCCCGGAGACTGTCGAAGGTCACCAAATCAGTGACCATCGTTGTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CGCCCGGAGACTGTCGAAGGTCACCAAATCAGTGACCATCGTTGTCCTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCTTCTTCCTGTGTTGGCTGCCCAACCAGGCGCTCACCACCTGGAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCTTCTTCCTGTGTTGGCTGCCCAACCAGGCGCTCACCACCTGGAGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTCATCAAGTTCAACGCGGTGCCCTTCAGCCAGGAGTATTTCCTGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTCATCAAGTTCAACGCGGTGCCCTTCAGCCAGGAGTATTTCCTGTGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGTATACGCGTTCCCTGTGAGCGTGTGCCTAGCGCACTCCAACAGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGTATACGCGTTCCCTGTGAGCGTGTGCCTAGCGCACTCCAACAGCTGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TCAACCCCGTCCTCTACTGCCTCGTGCGCCGCGAGTTCCGCAAGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TCAACCCCGTCCTCTACTGCCTCGTGCGCCGCGAGTTCCGCAAGGCGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 AAGAGCCTGCTGTGGCGCATCGCGTCTCCTTCGATCACCAGCATGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 AAGAGCCTGCTGTGGCGCATCGCGTCTCCTTCGATCACCAGCATGCGCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTTCACCGCCACTACCAAGCCGGAGCACGAGGATCAGGGGCTGCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CTTCACCGCCACTACCAAGCCGGAGCACGAGGATCAGGGGCTGCAGGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CGGCGCCGCCCCACGCGGCCGCGGAGCCGGACCTGCTCTACTACCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CGGCGCCGCCCCACGCGGCCGCGGAGCCGGACCTGCTCTACTACCCACCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GGCGTCGTGGTCTACAGCGGGGGGCGCTACGACCTGCTGCCCAGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GGCGTCGTGGTCTACAGCGGGGGGCGCTACGACCTGCTGCCCAGCAGCTC

   1400     .
   1401 TGCCTAC
        |||||||
 101401 TGCCTAC