seq1 = pF1KE9415.tfa, 1086 bp
seq2 = pF1KE9415/gi568815592f_109879113.tfa (gi568815592f:109879113_110080198), 201086 bp

>pF1KE9415 1086
>gi568815592f:109879113_110080198 (Chr6)

1-1086  (100001-101086)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGCGAGCGCCGCCTCGCTCAACGACTCCCAGGTGGTGGTAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACGCGAGCGCCGCCTCGCTCAACGACTCCCAGGTGGTGGTAGTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGAAGGAGCGGCGGCGGCGGCCACAGCAGCAGGGGGGCCGGACACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGAAGGAGCGGCGGCGGCGGCCACAGCAGCAGGGGGGCCGGACACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAATGGGGACCCCCTGCTGCGGCGGCTCTAGGAGCCGGCGGCGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGAATGGGGACCCCCTGCTGCGGCGGCTCTAGGAGCCGGCGGCGGAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGGGTCTCTGGAGCTGTCCTCGCAGCTGTCGGCTGGGCCACCGGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGGGTCTCTGGAGCTGTCCTCGCAGCTGTCGGCTGGGCCACCGGGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGCTGCCAGCGGTGAATCCGTGGGACGTGCTCCTGTGCGTGTCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCTGCTGCCAGCGGTGAATCCGTGGGACGTGCTCCTGTGCGTGTCGGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGTGATCGCTGGAGAAAACGCGCTGGTGGTGGCGCTCATCGCGTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGTGATCGCTGGAGAAAACGCGCTGGTGGTGGCGCTCATCGCGTCCACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGGCGCTGCGCACGCCCATGTTCGTGCTGGTAGGCAGCCTGGCCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGGCGCTGCGCACGCCCATGTTCGTGCTGGTAGGCAGCCTGGCCACCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGACCTGTTGGCGGGCTGTGGCCTCATCTTGCACTTTGTGTTCCAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGACCTGTTGGCGGGCTGTGGCCTCATCTTGCACTTTGTGTTCCAGTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGTGCCCTCGGAGACTGTGAGTCTGCTCACGGTGGGCTTCCTCGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGTGCCCTCGGAGACTGTGAGTCTGCTCACGGTGGGCTTCCTCGTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCCTTCGCCGCCTCTGTCAGCAGCCTGCTGGCCATTACGGTGGACCGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCCTTCGCCGCCTCTGTCAGCAGCCTGCTGGCCATTACGGTGGACCGCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCTGTCCCTGTATAACGCGCTCACCTATTACTCGCGCCGGACCCTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCTGTCCCTGTATAACGCGCTCACCTATTACTCGCGCCGGACCCTGTTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCGTGCACCTCCTGCTTGCCGCCACTTGGACCGTGTCCCTAGGCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCGTGCACCTCCTGCTTGCCGCCACTTGGACCGTGTCCCTAGGCCTGGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGCTGCCCGTGCTGGGCTGGAACTGCCTGGCAGAGCGCGCCGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGCTGCCCGTGCTGGGCTGGAACTGCCTGGCAGAGCGCGCCGCCTGCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGTGGTGCGCCCGCTGGCGCGCAGCCACGTGGCTCTGCTCTCCGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGTGGTGCGCCCGCTGGCGCGCAGCCACGTGGCTCTGCTCTCCGCCGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCTTCATGGTCTTCGGCATCATGCTGCACCTGTACGTGCGCATCTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCTTCATGGTCTTCGGCATCATGCTGCACCTGTACGTGCGCATCTGCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGGTCTGGCGCCACGCGCACCAGATCGCGCTGCAGCAGCACTGCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGGTCTGGCGCCACGCGCACCAGATCGCGCTGCAGCAGCACTGCCTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCCACCCCATCTCGCTGCCACCAGAAAGGGTGTGGGTACACTGGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCCACCCCATCTCGCTGCCACCAGAAAGGGTGTGGGTACACTGGCTGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCTGGGCACTTTCGGCGCCAGCTGGCTGCCCTTCGCCATCTATTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCTGGGCACTTTCGGCGCCAGCTGGCTGCCCTTCGCCATCTATTGCGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTGGGCAGCCATGAGGACCCGGCGGTCTACACTTACGCCACCCTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTGGGCAGCCATGAGGACCCGGCGGTCTACACTTACGCCACCCTGCTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGCCACCTACAACTCCATGATCAATCCCATCATCTATGCCTTCCGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CGCCACCTACAACTCCATGATCAATCCCATCATCTATGCCTTCCGCAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AGGAGATCCAGCGCGCCCTGTGGCTCCTGCTCTGTGGCTGTTTCCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AGGAGATCCAGCGCGCCCTGTGGCTCCTGCTCTGTGGCTGTTTCCAGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1051 AAAGTGCCCTTTCGTTCCAGGTCTCCCAGCGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAAGTGCCCTTTCGTTCCAGGTCTCCCAGCGAGGTC