seq1 = pF1KE9414.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KE9414/gi568815597f_174348112.tfa (gi568815597f:174348112_174549194), 201083 bp

>pF1KE9414 1083
>gi568815597f:174348112_174549194 (Chr1)

1-1083  (100001-101083)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGAATCCAGGTGGACTGAATGGAGGATCCTGAACATGAGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGAATCCAGGTGGACTGAATGGAGGATCCTGAACATGAGCAGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTGTGAATGTGTCCGAGCGTCACTCCTGCCCACTTGGATTTGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATTGTGAATGTGTCCGAGCGTCACTCCTGCCCACTTGGATTTGGCCACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGTGTGGTGGATGTCTGCATCTTCGAGACAGTGGTTATTGTGTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAGTGTGGTGGATGTCTGCATCTTCGAGACAGTGGTTATTGTGTTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACATTTCTGATCATTGCTGGGAATCTAACAGTTATCTTTGTCTTTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACATTTCTGATCATTGCTGGGAATCTAACAGTTATCTTTGTCTTTCATTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCTCCACTGTTACATCATTATACTACCAGCTATTTCATTCAGACGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCTCCACTGTTACATCATTATACTACCAGCTATTTCATTCAGACGATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CATATGCTGATCTTTTCGTTGGAGTTAGCTGCTTGGTTCCTACTCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CATATGCTGATCTTTTCGTTGGAGTTAGCTGCTTGGTTCCTACTCTGTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTCTCCACTACTCCACAGGTGTCCACGAGTCATTGACTTGCCAGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTCTCCACTACTCCACAGGTGTCCACGAGTCATTGACTTGCCAGGTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGATATATCATCTCAGTTCTAAAAAGTGTTTCTATGGCATGTCTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGATATATCATCTCAGTTCTAAAAAGTGTTTCTATGGCATGTCTTGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCATCAGTGTGGATCGTTATCTTGCAATAACCAAGCCTCTTTCCTACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCATCAGTGTGGATCGTTATCTTGCAATAACCAAGCCTCTTTCCTACAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAACTGGTCACCCCTTGTCGCTTGAGAATTTGCATTATTTTGATCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAACTGGTCACCCCTTGTCGCTTGAGAATTTGCATTATTTTGATCTGGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTACTCCTGCCTAATTTTCTTGCCTTCCTTTTTTGGCTGGGGGAAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTACTCCTGCCTAATTTTCTTGCCTTCCTTTTTTGGCTGGGGGAAACCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTTACCATGGTGACATTTTTGAATGGTGTGCCACGTCTTGGCTCACCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTTACCATGGTGACATTTTTGAATGGTGTGCCACGTCTTGGCTCACCAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GCCTATTTTACTGGCTTTATTGTTTGTTTACTTTATGCTCCTGCTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GCCTATTTTACTGGCTTTATTGTTTGTTTACTTTATGCTCCTGCTGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGTTGTCTGCTTCACTTACTTCCACATTTTCAAAATTTGCCGTCAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGTTGTCTGCTTCACTTACTTCCACATTTTCAAAATTTGCCGTCAGCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAAAGAGATAAATGACCGAAGAGCCCGATTCCCTAGTCATGAGGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAAAGAGATAAATGACCGAAGAGCCCGATTCCCTAGTCATGAGGTAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCTTCCAGAGAGACTGGACACAGCCCTGACCGTCGCTACGCCATGGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCTTCCAGAGAGACTGGACACAGCCCTGACCGTCGCTACGCCATGGTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTTTAGGATAACCAGTGTATTTTATATGCTGTGGCTCCCCTATATAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTTTAGGATAACCAGTGTATTTTATATGCTGTGGCTCCCCTATATAATTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACTTTCTTCTAGAAAGCTCCCGGGTCTTGGACAATCCAACTCTGTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACTTTCTTCTAGAAAGCTCCCGGGTCTTGGACAATCCAACTCTGTCCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TTAACAACCTGGCTTGCAATAAGTAATAGTTTTTGTAACTGTGTAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TTAACAACCTGGCTTGCAATAAGTAATAGTTTTTGTAACTGTGTAATATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CAGCCTCTCCAACAGCGTTTTCCGGCTAGGCCTCCGAAGACTGTCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAGCCTCTCCAACAGCGTTTTCCGGCTAGGCCTCCGAAGACTGTCTGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAATGTGCACATCCTGTATGTGTGTGAAGGATCAGGAAGCACAAGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CAATGTGCACATCCTGTATGTGTGTGAAGGATCAGGAAGCACAAGAACCC

   1050     .    :    .    :    .    :
   1051 AAACCTAGGAAACGGGCTAATTCTTGCTCCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAACCTAGGAAACGGGCTAATTCTTGCTCCATT