seq1 = pF1KE9413.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KE9413/gi568815596f_105141859.tfa (gi568815596f:105141859_105342974), 201116 bp

>pF1KE9413 1116
>gi568815596f:105141859_105342974 (Chr2)

1-1116  (100001-101116)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTGCAACAGCACGTCCCTTGAGGCTTACACATACCTGCTGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTGCAACAGCACGTCCCTTGAGGCTTACACATACCTGCTGCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCAGCAACGCCTCAGACTCGGGGTCCACCCAGTTGCCCGCACCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCAGCAACGCCTCAGACTCGGGGTCCACCCAGTTGCCCGCACCCCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGATCTCCTTGGCCATAGTGATGCTGCTGATGACCGTGGTGGGGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGATCTCCTTGGCCATAGTGATGCTGCTGATGACCGTGGTGGGGTTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCAACACTGTGGTCTGCATCATCGTGTACCAGAGGCCGGCTATGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCAACACTGTGGTCTGCATCATCGTGTACCAGAGGCCGGCTATGCGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCATCAACCTGCTGCTGGCCACCCTGGCCTTCTCCGACATCATGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCATCAACCTGCTGCTGGCCACCCTGGCCTTCTCCGACATCATGCTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCTCTGCTGCATGCCCTTCACCGCCGTCACCCTCATCACCGTGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCTCTGCTGCATGCCCTTCACCGCCGTCACCCTCATCACCGTGCGCTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACTTTGGGGACCACTTCTGCCGCCTCTCAGCCACGCTCTACTGGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACTTTGGGGACCACTTCTGCCGCCTCTCAGCCACGCTCTACTGGTTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTCCTGGAGGGCGTGGCCATCCTGCTCATCATCAGCGTGGACCGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTCCTGGAGGGCGTGGCCATCCTGCTCATCATCAGCGTGGACCGCTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATCATCGTCCAGCGCCAGGACAAGCTGAACCCGCGCAGGGCCAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATCATCGTCCAGCGCCAGGACAAGCTGAACCCGCGCAGGGCCAAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCATCGCGGTCTCCTGGGTGCTGTCCTTCTGCATCGCGGGGCCCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCATCGCGGTCTCCTGGGTGCTGTCCTTCTGCATCGCGGGGCCCTCGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACGGGCTGGACGCTGGTGGAGGTGCCGGCGCGGGCCCCACAGTGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACGGGCTGGACGCTGGTGGAGGTGCCGGCGCGGGCCCCACAGTGCGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGCTACACGGAGCTCCCCGCTGACCGCGCCTACGTGGTCACCTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGGCTACACGGAGCTCCCCGCTGACCGCGCCTACGTGGTCACCTTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGGCCGTGTTCTTCGCGCCCTTTGGCGTCATGCTGTGCGCCTACATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGGCCGTGTTCTTCGCGCCCTTTGGCGTCATGCTGTGCGCCTACATGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCCTCAACACGGTCCGCAAGAACGCCGTGCGCGTGCACAACCAGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATCCTCAACACGGTCCGCAAGAACGCCGTGCGCGTGCACAACCAGTCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAGCCTGGACCTGCGGCAGCTCACCAGGGCGGGCCTGCGGCGCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAGCCTGGACCTGCGGCAGCTCACCAGGGCGGGCCTGCGGCGCCTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGCAGCAACAGGTCAGCGTGGACTTGAGCTTCAAGACCAAGGCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGGCAGCAACAGGTCAGCGTGGACTTGAGCTTCAAGACCAAGGCCTTCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACCATCCTGATCCTCTTCGTGGGCTTCTCCCTCTGCTGGCTGCCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACCATCCTGATCCTCTTCGTGGGCTTCTCCCTCTGCTGGCTGCCCCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCGTCTACAGCCTCCTGTCTGTGTTTAGCCAGCGCTTTTACTGCGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCGTCTACAGCCTCCTGTCTGTGTTTAGCCAGCGCTTTTACTGCGGTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCCTTCTACGCCACCAGCACCTGCGTCCTGTGGCTCAGTTACCTCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCCTTCTACGCCACCAGCACCTGCGTCCTGTGGCTCAGTTACCTCAAGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGTCTTCAACCCCATCGTCTACTGCTGGAGAATCAAAAAATTCCGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CGTCTTCAACCCCATCGTCTACTGCTGGAGAATCAAAAAATTCCGCGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCTGCATAGAGTTGCTGCCCCAGACCTTCCAAATCCTCCCCAAAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCTGCATAGAGTTGCTGCCCCAGACCTTCCAAATCCTCCCCAAAGTGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GAGCGGATCCGAAGGAGAATCCAGCCAAGCACAGTCTACGTGTGCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GAGCGGATCCGAAGGAGAATCCAGCCAAGCACAGTCTACGTGTGCAATGA

   1100     .    :    .
   1101 AAACCAGTCTGCGGTT
        ||||||||||||||||
 101101 AAACCAGTCTGCGGTT