seq1 = pF1KE9412.tfa, 927 bp
seq2 = pF1KE9412/gi568815596f_240529953.tfa (gi568815596f:240529953_240730879), 200927 bp

>pF1KE9412 927
>gi568815596f:240529953_240730879 (Chr2)

1-927  (100001-100927)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGGCACCTACAACACCTGTGGCTCCAGCGACCTCACCTGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGGCACCTACAACACCTGTGGCTCCAGCGACCTCACCTGGCCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGATCAAGCTGGGCTTCTACGCCTACTTGGGCGTCCTGCTGGTGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGATCAAGCTGGGCTTCTACGCCTACTTGGGCGTCCTGCTGGTGCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTGCTGCTCAACAGCCTGGCGCTCTGGGTGTTCTGCTGCCGCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTGCTGCTCAACAGCCTGGCGCTCTGGGTGTTCTGCTGCCGCATGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGTGGACGGAGACCCGCATCTACATGACCAACCTGGCGGTGGCCGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGTGGACGGAGACCCGCATCTACATGACCAACCTGGCGGTGGCCGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCCTGCTGTGCACCTTGCCCTTCGTGCTGCACTCCCTGCGAGACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGCCTGCTGTGCACCTTGCCCTTCGTGCTGCACTCCCTGCGAGACACCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGACACGCCGCTGTGCCAGCTCTCCCAGGGCATCTACCTGACCAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGACACGCCGCTGTGCCAGCTCTCCCAGGGCATCTACCTGACCAACAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACATGAGCATCAGCCTGGTCACGGCCATCGCCGTGGACCGCTATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACATGAGCATCAGCCTGGTCACGGCCATCGCCGTGGACCGCTATGTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTGCGGCACCCGCTGCGTGCCCGCGGGCTGCGGTCCCCCAGGCAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTGCGGCACCCGCTGCGTGCCCGCGGGCTGCGGTCCCCCAGGCAGGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGCCGTGTGCGCGGTCCTCTGGGTGCTGGTCATCGGCTCCCTGGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGCCGTGTGCGCGGTCCTCTGGGTGCTGGTCATCGGCTCCCTGGTGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCTGGCTCCTGGGGATTCAGGAGGGCGGCTTCTGCTTCAGGAGCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCTGGCTCCTGGGGATTCAGGAGGGCGGCTTCTGCTTCAGGAGCACCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCACAATTTCAACTCCATGGCGTTCCCGCTGCTGGGATTCTACCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCACAATTTCAACTCCATGGCGTTCCCGCTGCTGGGATTCTACCTGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGCCGTGGTGGTCTTCTGCTCCCTGAAGGTGGTGACTGCCCTGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGCCGTGGTGGTCTTCTGCTCCCTGAAGGTGGTGACTGCCCTGGCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGGCCACCCACCGACGTGGGGCAGGCAGAGGCCACCCGCAAGGCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGGCCACCCACCGACGTGGGGCAGGCAGAGGCCACCCGCAAGGCTGCCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATGGTCTGGGCCAACCTCCTGGTGTTCGTGGTCTGCTTCCTGCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATGGTCTGGGCCAACCTCCTGGTGTTCGTGGTCTGCTTCCTGCCCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACGTGGGGCTGACAGTGCGCCTCGCAGTGGGCTGGAACGCCTGTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACGTGGGGCTGACAGTGCGCCTCGCAGTGGGCTGGAACGCCTGTGCCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTGGAGACGATCCGTCGCGCCCTGTACATAACCAGCAAGCTCTCAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTGGAGACGATCCGTCGCGCCCTGTACATAACCAGCAAGCTCTCAGATGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAACTGCTGCCTGGACGCCATCTGCTACTACTACATGGCCAAGGAGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAACTGCTGCCTGGACGCCATCTGCTACTACTACATGGCCAAGGAGTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGGAGGCGTCTGCACTGGCCGTGGCTCCCCGTGCTAAGGCCCACAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100851 AGGAGGCGTCTGCACTGGCCGTGGCTCCCAGTGCTAAGGCCCACAAAAGC

    900     .    :    .    :    .
    901 CAGGACTCTCTGTGCGTGACCCTCGCC
        |||||||||||||||||||||||||||
 100901 CAGGACTCTCTGTGCGTGACCCTCGCC