seq1 = pF1KE9409.tfa, 1083 bp
seq2 = pF1KE9409/gi568815597f_200773038.tfa (gi568815597f:200773038_200974120), 201083 bp

>pF1KE9409 1083
>gi568815597f:200773038_200974120 (Chr1)

1-1083  (100001-101083)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCCACAGAGCCCTGGAGCCCCAGCCCGGGGTCAGCGCCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCCCACAGAGCCCTGGAGCCCCAGCCCGGGGTCAGCGCCCTGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACTCGGGGTTGGACGGCCTGGAGGAGCTGGAGCTGTGTCCGGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACTCGGGGTTGGACGGCCTGGAGGAGCTGGAGCTGTGTCCGGCCGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCTGCCCTACGGCTACGTCTACATCCCCGCGCTCTACCTGGCGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCTGCCCTACGGCTACGTCTACATCCCCGCGCTCTACCTGGCGGCCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCGTGGGCCTGCTGGGCAACGCCTTTGTGGTGTGGCTGCTGGCCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCGTGGGCCTGCTGGGCAACGCCTTTGTGGTGTGGCTGCTGGCCGGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGGGGCCCGCGGCGGCTGGTGGATACCTTCGTGCTGCACCTGGCGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGGGGCCCGCGGCGGCTGGTGGATACCTTCGTGCTGCACCTGGCGGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGACCTGGGCTTCGTGCTCACGCTGCCGCTGTGGGCCGCGGCGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGACCTGGGCTTCGTGCTCACGCTGCCGCTGTGGGCCGCGGCGGCGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTAGGCGGCCGCTGGCCGTTCGGCGATGGCCTCTGCAAGCTCAGCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTAGGCGGCCGCTGGCCGTTCGGCGATGGCCTCTGCAAGCTCAGCAGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGCGCTGGCGGGCACGCGCTGCGCGGGCGCGCTGCTGCTGGCGGGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGCGCTGGCGGGCACGCGCTGCGCGGGCGCGCTGCTGCTGGCGGGCATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGTGGACCGCTACCTGGCCGTGGTGAAGCTGCTCGAGGCGAGGCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGTGGACCGCTACCTGGCCGTGGTGAAGCTGCTCGAGGCGAGGCCACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCACCCCGCGCTGCGCGCTGGCCTCGTGCTGCGGCGTCTGGGCCGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCACCCCGCGCTGCGCGCTGGCCTCGTGCTGCGGCGTCTGGGCCGTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGCTGGCCGGCCTGCCCTCCCTGGTCTACCGGGGGTTGCAGCCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCTGCTGGCCGGCCTGCCCTCCCTGGTCTACCGGGGGTTGCAGCCCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGGGGGCCAGGACAGCCAGTGCGGCGAGGAGCCCTCCCACGCCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGGGGGCCAGGACAGCCAGTGCGGCGAGGAGCCCTCCCACGCCTTCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCCTCAGCTTGCTGCTGCTGCTGCTGACCTTCGTGCTGCCCCTGGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCCTCAGCTTGCTGCTGCTGCTGCTGACCTTCGTGCTGCCCCTGGTCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACCCTCTTCTGCTACTGCCGCATCTCGCGCCGCCTGCGACGGCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACCCTCTTCTGCTACTGCCGCATCTCGCGCCGCCTGCGACGGCCGCCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACGTGGGTCGGGCCCGGAGGAACTCGCTGCGCATCATCTTCGCCATCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACGTGGGTCGGGCCCGGAGGAACTCGCTGCGCATCATCTTCGCCATCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCACGTTTGTGGGCTCCTGGCTGCCCTTCAGCGCCCTGCGGGCCGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCACGTTTGTGGGCTCCTGGCTGCCCTTCAGCGCCCTGCGGGCCGTCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCACCTGGCGCGTCTGGGGGCGCTGCCGCTGCCGTGCCCCCTGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCACCTGGCGCGTCTGGGGGCGCTGCCGCTGCCGTGCCCCCTGCTGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGCTGCGCTGGGGCCTCACCATTGCCACCTGCCTGGCCTTCGTCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGCTGCGCTGGGGCCTCACCATTGCCACCTGCCTGGCCTTCGTCAACAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TGCGCCAACCCGCTCATCTACCTCCTGCTGGACCGCTCATTCCGAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TGCGCCAACCCGCTCATCTACCTCCTGCTGGACCGCTCATTCCGAGCCCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGCGCTGGACGGGGCCTGCGGGCGCACCGGCCGCCTGGCGCGAAGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCGCTGGACGGGGCCTGCGGGCGCACCGGCCGCCTGGCGCGAAGGATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GCTCAGCCTCCTCGCTCTCCAGGGACGACAGTTCCGTGTTCCGTTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GCTCAGCCTCCTCGCTCTCCAGGGACGACAGTTCCGTGTTCCGTTGCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :
   1051 GCCCAGGCCGCGAACACTGCCTCGGCCTCCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCCCAGGCCGCGAACACTGCCTCGGCCTCCTGG