seq1 = pF1KE9407.tfa, 999 bp
seq2 = pF1KE9407/gi568815575f_79071008.tfa (gi568815575f:79071008_79272006), 200999 bp

>pF1KE9407 999
>gi568815575f:79071008_79272006 (ChrX)

1-999  (100001-100999)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGCTAATTACACGTGTACCAGGCCAGATGGAGACAATACAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGCTAATTACACGTGTACCAGGCCAGATGGAGACAATACAGATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCGATACTTTATTTATGCAGTGACATACACTGTCATTCTTGTGCCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCGATACTTTATTTATGCAGTGACATACACTGTCATTCTTGTGCCAGGTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATAGGGAATATATTAGCCCTGTGGGTATTCTATGGTTATATGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATAGGGAATATATTAGCCCTGTGGGTATTCTATGGTTATATGAAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAAAACGAGCTGTGATATTTATGATAAACTTAGCCATTGCTGACTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACAAAACGAGCTGTGATATTTATGATAAACTTAGCCATTGCTGACTTACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACAAGTTCTTTCCTTGCCACTGAGGATCTTCTACTACTTGAATCATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACAAGTTCTTTCCTTGCCACTGAGGATCTTCTACTACTTGAATCATGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCATTTGGGCCTGGTCTCTGCATGTTCTGTTTCTACCTGAAGTATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCATTTGGGCCTGGTCTCTGCATGTTCTGTTTCTACCTGAAGTATGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACATGTATGCAAGCATCTACTTCTTGGTCTGCATCAGTGTGCGACGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACATGTATGCAAGCATCTACTTCTTGGTCTGCATCAGTGTGCGACGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTGGTTTCTCATGTACCCCTTTCGCTTCCATGACTGCAAACAGAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTGGTTTCTCATGTACCCCTTTCGCTTCCATGACTGCAAACAGAAATATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGTACATCAGCATTGCTGGCTGGCTGATCATCTGCCTTGCCTGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTGTACATCAGCATTGCTGGCTGGCTGATCATCTGCCTTGCCTGTGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTCTTTCCACTCCTCAGAACCAGTGATGATACCTCTGGCAATAGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTCTTTCCACTCCTCAGAACCAGTGATGATACCTCTGGCAATAGGACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 ATGCTTTGTGGATCTTCCTACCAGGAATGTCAACCTGGCCCAGTCCGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 ATGCTTTGTGGATCTTCCTACCAGGAATGTCAACCTGGCCCAGTCCGTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTATGATGACCATTGGCGAGTTGATTGGGTTTGTAACTCCGCTTCTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTATGATGACCATTGGCGAGTTGATTGGGTTTGTAACTCCGCTTCTGATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCCTATATTGTACCTGGAAGACGGTTTTATCACTGCAAGATAAATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCCTATATTGTACCTGGAAGACGGTTTTATCACTGCAAGATAAATATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATGGCCCAAGATCTTGGAGAGAAACAGAAAGCCTTGAAGATGATTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATGGCCCAAGATCTTGGAGAGAAACAGAAAGCCTTGAAGATGATTCTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTGTGCAGGGGTATTCCTAATTTGCTTTGCACCTTATCATTTCAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCTGTGCAGGGGTATTCCTAATTTGCTTTGCACCTTATCATTTCAGTTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCTTTAGATTTCCTGGTGAAGTCCAATGAAATTAAAAGCTGCCTAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCTTTAGATTTCCTGGTGAAGTCCAATGAAATTAAAAGCTGCCTAGCCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AAGGGTGATTCTAATATTTCATTCTGTGGCATTGTGTCTTGCTAGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AAGGGTGATTCTAATATTTCATTCTGTGGCATTGTGTCTTGCTAGTCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATTCATGTCTTGACCCAGTCATATACTACTTTTCCACTAATGAGTTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATTCATGTCTTGACCCAGTCATATACTACTTTTCCACTAATGAGTTCCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGACGGCTTTCAAGACAAGATTTGCATGACAGCATCCAACTCCATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGACGGCTTTCAAGACAAGATTTGCATGACAGCATCCAACTCCATGCAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    951 ATCCTTTGTGAGTAACCATACAGCTTCCACCATGACACCTGAATTATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ATCCTTTGTGAGTAACCATACAGCTTCCACCATGACACCTGAATTATGC