seq1 = pF1KE9405.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KE9405/gi568815595f_98432034.tfa (gi568815595f:98432034_98633113), 201080 bp

>pF1KE9405 1080
>gi568815595f:98432034_98633113 (Chr3)

1-1080  (100001-101080)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCCAGAAGAAACTTCAGTTTATTTGGATTATTACTATGCTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCCAGAAGAAACTTCAGTTTATTTGGATTATTACTATGCTACGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAAACTCTGACATCAGGGAGACCCACTCCCATGTTCCTTACACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCAAACTCTGACATCAGGGAGACCCACTCCCATGTTCCTTACACCTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTCCTTCCAGTCTTTTACACAGCTGTGTTCCTGACTGGAGTGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTCCTTCCAGTCTTTTACACAGCTGTGTTCCTGACTGGAGTGCTGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCTTGTTCTCATGGGAGCGTTGCATTTCAAACCCGGCAGCCGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACCTTGTTCTCATGGGAGCGTTGCATTTCAAACCCGGCAGCCGAAGACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATCGACATCTTTATCATCAATCTGGCTGCCTCTGACTTCATTTTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATCGACATCTTTATCATCAATCTGGCTGCCTCTGACTTCATTTTTCTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCACATTGCCTCTCTGGGTGGATAAAGAAGCATCTCTAGGACTGTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCACATTGCCTCTCTGGGTGGATAAAGAAGCATCTCTAGGACTGTGGAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACGGGCTCCTTCCTGTGCAAAGGGAGCTCCTACATGATCTCCGTCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACGGGCTCCTTCCTGTGCAAAGGGAGCTCCTACATGATCTCCGTCAATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCACTGCAGTGTCCTCCTGCTCACTTGCATGAGTGTTGACCGCTACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCACTGCAGTGTCCTCCTGCTCACTTGCATGAGTGTTGACCGCTACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCATTGTGTGGCCAGTCGTATCCAGGAAATTCAGAAGGACAGACTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCATTGTGTGGCCAGTCGTATCCAGGAAATTCAGAAGGACAGACTGTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATGTAGTCTGTGCCAGCATCTGGTTTATCTCCTGCCTGCTGGGGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TATGTAGTCTGTGCCAGCATCTGGTTTATCTCCTGCCTGCTGGGGTTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TACTCTTCTGTCCAGGGAGCTCACGCTGATTGATGATAAGCCATACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TACTCTTCTGTCCAGGGAGCTCACGCTGATTGATGATAAGCCATACTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CAGAGAAAAAGGCAACTCCAATTAAACTCATATGGTCCCTGGTGGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CAGAGAAAAAGGCAACTCCAATTAAACTCATATGGTCCCTGGTGGCCTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATTTTCACCTTTTTTGTCCCTTTGTTGAGCATTGTGACCTGCTACTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATTTTCACCTTTTTTGTCCCTTTGTTGAGCATTGTGACCTGCTACTGTTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATTGCAAGGAAGCTGTGTGCCCATTACCAGCAATCAGGAAAGCACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATTGCAAGGAAGCTGTGTGCCCATTACCAGCAATCAGGAAAGCACAACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAAAGCTGAAGAAATCTATAAAGATCATCTTTATTGTCGTGGCAGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAAAGCTGAAGAAATCTATAAAGATCATCTTTATTGTCGTGGCAGCCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CTTGTCTCCTGGCTGCCCTTCAATACTTTCAAGTTCCTGGCCATTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CTTGTCTCCTGGCTGCCCTTCAATACTTTCAAGTTCCTGGCCATTGTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGGGTTGCGGCAAGAACACTATTTACCCTCAGCTATTCTTCAGCTTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGGGTTGCGGCAAGAACACTATTTACCCTCAGCTATTCTTCAGCTTGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGAGGTGAGTGGACCCTTGGCATTTGCCAACAGCTGTGTCAACCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGAGGTGAGTGGACCCTTGGCATTTGCCAACAGCTGTGTCAACCCTTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ATTTACTATATCTTCGACAGCTACATCCGCCGGGCCATTGTCCACTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ATTTACTATATCTTCGACAGCTACATCCGCCGGGCCATTGTCCACTGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GTGCCCTTGCCTGAAAAACTATGACTTTGGGAGTAGCACTGAGACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GTGCCCTTGCCTGAAAAACTATGACTTTGGGAGTAGCACTGAGACATCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATAGTCACCTCACTAAGGCTCTCTCCACCTTCATTCATGCAGAAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATAGTCACCTCACTAAGGCTCTCTCCACCTTCATTCATGCAGAAGATTTT

   1050     .    :    .    :    .    :
   1051 GCCAGGAGGAGGAAGAGGTCTGTGTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCCAGGAGGAGGAAGAGGTCTGTGTCACTC