seq1 = pF1KE9404.tfa, 1041 bp
seq2 = pF1KE9404/gi568815596f_130629152.tfa (gi568815596f:130629152_130830192), 201041 bp

>pF1KE9404 1041
>gi568815596f:130629152_130830192 (Chr2)

1-1041  (100001-101041)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGATGAGCTGGCACCTTGCCCTGTGGGCACTACAGCTTGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGATGAGCTGGCACCTTGCCCTGTGGGCACTACAGCTTGGCCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGATCCAGCTCATCAGCAAGACACCCTGCATGCCCCAAGCAGCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGATCCAGCTCATCAGCAAGACACCCTGCATGCCCCAAGCAGCCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACACTTCCTTGGGCCTGGGGGACCTCAGGGTGCCCAGCTCCATGCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACACTTCCTTGGGCCTGGGGGACCTCAGGGTGCCCAGCTCCATGCTGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGCTTTTCCTTCCCTCAAGCCTGCTGGCTGCAGCCACACTGGCTGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGCTTTTCCTTCCCTCAAGCCTGCTGGCTGCAGCCACACTGGCTGTCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCCTGCTGCTGGTGACCATCCTGCGGAACCAACGGCTGCGACAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCCTGCTGCTGGTGACCATCCTGCGGAACCAACGGCTGCGACAGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCCACTACCTGCTCCCGGCTAACATCCTGCTCTCAGACCTGGCCTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCCACTACCTGCTCCCGGCTAACATCCTGCTCTCAGACCTGGCCTACATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCCTCCACATGCTCATCTCCTCCAGCAGCCTGGGTGGCTGGGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCCTCCACATGCTCATCTCCTCCAGCAGCCTGGGTGGCTGGGAGCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCGCATGGCCTGTGGCATTCTCACTGATGCTGTCTTCGCCGCCTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCGCATGGCCTGTGGCATTCTCACTGATGCTGTCTTCGCCGCCTGCACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCACCATCCTGTCCTTCACCGCCATTGTGCTGCACACCTACCTGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCACCATCCTGTCCTTCACCGCCATTGTGCTGCACACCTACCTGGCAGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATCCATCCACTGCGCTACCTCTCCTTCATGTCCCATGGGGCTGCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATCCATCCACTGCGCTACCTCTCCTTCATGTCCCATGGGGCTGCCTGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGCAGTGGCCCTCATCTGGCTGGTGGCCTGCTGCTTCCCCACATTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGCAGTGGCCCTCATCTGGCTGGTGGCCTGCTGCTTCCCCACATTCCTTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTTGGCTCAGCAAGTGGCAGGATGCCCAGCTGGAGGAGCAAGGAGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTTGGCTCAGCAAGTGGCAGGATGCCCAGCTGGAGGAGCAAGGAGCTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TACATCCTACCACCAAGCATGGGCACCCAGCCGGGATGTGGCCTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TACATCCTACCACCAAGCATGGGCACCCAGCCGGGATGTGGCCTCCTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATTGTTACCTACACCTCCATTCTGTGCGTTCTGTTCCTCTGCACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATTGTTACCTACACCTCCATTCTGTGCGTTCTGTTCCTCTGCACAGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCATTGCCAACTGTTTCTGGAGGATCTATGCAGAGGCCAAGACTTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCATTGCCAACTGTTTCTGGAGGATCTATGCAGAGGCCAAGACTTCAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCTGGGGGCAGGGCTATTCCCGGGCCAGGGGCACCCTGCTGATCCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATCTGGGGGCAGGGCTATTCCCGGGCCAGGGGCACCCTGCTGATCCACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGTGCTGATCACATTGTACGTGAGCACAGGGGTGGTGTTCTCCCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGTGCTGATCACATTGTACGTGAGCACAGGGGTGGTGTTCTCCCTGGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGTGCTGACCAGGTACCACCACATTGACTCTGGGACTCACACATGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGGTGCTGACCAGGTACCACCACATTGACTCTGGGACTCACACATGGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGGCAGCTAACAGTGAGGTACTCATGATGCTTCCCCGTGCCATGCTCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100901 CTGGCAGCTAACAGTGAGGTACTCATGATGCTTCCCCGTGCCATGCTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 ATACCTGTACCTGCTCCGCTACCGGCAGCTGTTGGGCATGGTCCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 ATACCTGTACCTGCTCCGCTACCGGCAGCTGTTGGGCATGGTCCGGGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCTCCCATCCAGGAGGCACCAGGCCATCTTTACCATTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACCTCCCATCCAGGAGGCACCAGGCCATCTTTACCATTTCC