seq1 = pF1KE9402.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE9402/gi568815585r_26658826.tfa (gi568815585r:26658826_26859827), 201002 bp

>pF1KE9402 1002
>gi568815585r:26658826_26859827 (Chr13)

(complement)

1-1002  (100001-101002)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGAAGACCTGAAGGTCAATTTAAGCGGGCTGCCTCGGGATTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGAAGACCTGAAGGTCAATTTAAGCGGGCTGCCTCGGGATTATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGATGCCGCTGCTGCGGAGAACATCTCGGCTGCTGTCTCCTCCCGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGATGCCGCTGCTGCGGAGAACATCTCGGCTGCTGTCTCCTCCCGGGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCCGTAGAGCCAGAGCCTGAGCTCGTAGTCAACCCCTGGGACATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCCGTAGAGCCAGAGCCTGAGCTCGTAGTCAACCCCTGGGACATTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGTGTACCTCGGGAACCCTCATCTCCTGTGAAAATGCCATTGTGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGTGTACCTCGGGAACCCTCATCTCCTGTGAAAATGCCATTGTGGTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TATCATCTTCCACAACCCCAGCCTGCGAGCACCCATGTTCCTGCTAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TATCATCTTCCACAACCCCAGCCTGCGAGCACCCATGTTCCTGCTAATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAGCCTGGCTCTTGCAGACCTGCTGGCCGGCATTGGACTCATCACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAGCCTGGCTCTTGCAGACCTGCTGGCCGGCATTGGACTCATCACCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTGTTTTTGCCTACCTGCTTCAGTCAGAAGCCACCAAGCTGGTCACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTGTTTTTGCCTACCTGCTTCAGTCAGAAGCCACCAAGCTGGTCACGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGCCTCATTGTCGCCTCTTTCTCTGCCTCTGTCTGCAGCTTGCTGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGCCTCATTGTCGCCTCTTTCTCTGCCTCTGTCTGCAGCTTGCTGGCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCACTGTTGACCGCTACCTCTCACTGTACTACGCTCTGACGTACCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCACTGTTGACCGCTACCTCTCACTGTACTACGCTCTGACGTACCATTCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGAGGACGGTCACGTTTACCTATGTCATGCTCGTCATGCTCTGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGAGGACGGTCACGTTTACCTATGTCATGCTCGTCATGCTCTGGGGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCCATCTGCCTGGGGCTGCTGCCCGTCATGGGCTGGAACTGCCTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTCCATCTGCCTGGGGCTGCTGCCCGTCATGGGCTGGAACTGCCTCCGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACGAGTCCACCTGCAGCGTGGTCAGACCGCTCACCAAGAACAACGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACGAGTCCACCTGCAGCGTGGTCAGACCGCTCACCAAGAACAACGCGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATCCTCTCGGTGTCCTTCCTCTTCATGTTTGCGCTCATGCTTCAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATCCTCTCGGTGTCCTTCCTCTTCATGTTTGCGCTCATGCTTCAGCTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATCCAGATCTGTAAGATTGTGATGAGGCACGCCCATCAGATAGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CATCCAGATCTGTAAGATTGTGATGAGGCACGCCCATCAGATAGCCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCACCACTTCCTGGCCACGTCGCACTATGTGACCACCCGGAAAGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCACCACTTCCTGGCCACGTCGCACTATGTGACCACCCGGAAAGGGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCCACCCTGGCTATCATCCTGGGGACGTTTGCTGCTTGCTGGATGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCCACCCTGGCTATCATCCTGGGGACGTTTGCTGCTTGCTGGATGCCTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CACCCTCTATTCCTTGATAGCGGATTACACCTACCCCTCCATCTATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CACCCTCTATTCCTTGATAGCGGATTACACCTACCCCTCCATCTATACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACGCCACCCTCCTGCCCGCCACCTACAATTCCATCATCAACCCTGTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACGCCACCCTCCTGCCCGCCACCTACAATTCCATCATCAACCCTGTCATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TATGCTTTCAGAAACCAAGAGATCCAGAAAGCGCTCTGTCTCATTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TATGCTTTCAGAAACCAAGAGATCCAGAAAGCGCTCTGTCTCATTTGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGGCTGCATCCCGTCCAGTCTCGCCCAGAGAGCGCGCTCGCCCAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CGGCTGCATCCCGTCCAGTCTCGCCCAGAGAGCGCGCTCGCCCAGTGATG

   1000 
   1001 TG
        ||
 101001 TG