seq1 = pF1KE9395.tfa, 1836 bp
seq2 = pF1KE9395/gi568815597f_92199074.tfa (gi568815597f:92199074_92480871), 281798 bp

>pF1KE9395 1836
>gi568815597f:92199074_92480871 (Chr1)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-119  (101121-101166)   100% ->
120-234  (102403-102517)   100% ->
235-333  (104904-105002)   100% ->
334-399  (105211-105276)   100% ->
400-488  (108115-108203)   100% ->
489-524  (121526-121561)   100% ->
525-1455  (124372-125302)   100% ->
1456-1538  (134318-134400)   100% ->
1539-1619  (137274-137354)   100% ->
1620-1688  (146773-146841)   100% ->
1689-1836  (181651-181798)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACTTCGCTGGGCCGTCTTCTGCCGGCCGCAAGGCCGGGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACTTCGCTGGGCCGTCTTCTGCCGGCCGCAAGGCCGGGGCTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCTGCTCTCGAAAAGCCGCAG         GTACTAAACAGACAAGTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CCGCTGCTCTCGAAAAGCCGCAGGTA...TAGGTACTAAACAGACAAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTTGAAACAAGAAGATGCTTCTAAAAG         GAAAGCTGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101139 CTTTGAAACAAGAAGATGCTTCTAAAAGGTA...TAGGAAAGCTGAACTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAAGCAGCTGTGAGAAAGAAGATTGAATTTGAGAGAAAAGCTCTACATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102416 GAAGCAGCTGTGAGAAAGAAGATTGAATTTGAGAGAAAAGCTCTACATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTTGAACAGCTTTTAGAGGAGAATATTACAGAAGAGTTCCTAATGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102466 TGTTGAACAGCTTTTAGAGGAGAATATTACAGAAGAGTTCCTAATGGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GT         GGGAGGTTCATTACACCTGCTCACTACAGTGATGTCGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102516 GTGTA...TAGGGGAGGTTCATTACACCTGCTCACTACAGTGATGTCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGAACGTTCTATTGTCAAACTCTGTGGTTATCCTTTATGTCAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104943 GATGAACGTTCTATTGTCAAACTCTGTGGTTATCCTTTATGTCAGAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCTGGGAATT         GTACCAAAACAGAAATATAAAATTTCTACCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104993 GCTGGGAATTGTA...TAGGTACCAAAACAGAAATATAAAATTTCTACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAACCAATAAAGTCTATGATATTACTGAAAGAAAG         TCTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105242 AAACCAATAAAGTCTATGATATTACTGAAAGAAAGGTG...CAGTCTTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 TGCAGCAATTTTTGTTATCAAGCATCTAAGTTTTTTGAAGCACAAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108121 TGCAGCAATTTTTGTTATCAAGCATCTAAGTTTTTTGAAGCACAAATTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAAAACTCCAGTATGGGTTCGAGAAGAAGAGAG         GCATCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108171 CAAAACTCCAGTATGGGTTCGAGAAGAAGAGAGGTA...CAGGCATCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 ATTTTCAACTGCTAAAGGAAGAACAAAG         TGGCCATTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 121534 ATTTTCAACTGCTAAAGGAAGAACAAAGGTA...CAGTGGCCATTCTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GAAGAAGTACAGTTATGCAGTAAAGCCATTAAAACATCAGATATCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124385 GAAGAAGTACAGTTATGCAGTAAAGCCATTAAAACATCAGATATCGACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TCCTAGCCACTTTGAAAAGCAATATGAATCTAGTTCTTCTAGCACTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124435 TCCTAGCCACTTTGAAAAGCAATATGAATCTAGTTCTTCTAGCACTCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTGATAGTAGCAGTGACAATGAGCAAGACTTTGTTTCCTCCATTCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124485 GTGATAGTAGCAGTGACAATGAGCAAGACTTTGTTTCCTCCATTCTACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGAAACAGACCAAATTCAACAAATATTAGACCACAGCTGCACCAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124535 GGAAACAGACCAAATTCAACAAATATTAGACCACAGCTGCACCAAAAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CATAATGAAAAAGAAAGCTGGTCACAAAGCTAACTCCAAACACAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124585 CATAATGAAAAAGAAAGCTGGTCACAAAGCTAACTCCAAACACAAAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AAGAACAGACAGTAGTAGATGTCACTGAGCAGTTAGGCGATTGCAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124635 AAGAACAGACAGTAGTAGATGTCACTGAGCAGTTAGGCGATTGCAAATTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATAGTCAGGAGAAAGATGCTACATGTGAACTTCCTTTACAGAAAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124685 GATAGTCAGGAGAAAGATGCTACATGTGAACTTCCTTTACAGAAAGTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TACTCAGAGTTCTTCAAATAGCACTTTGCCTGAAAGATTAAAAGCGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124735 TACTCAGAGTTCTTCAAATAGCACTTTGCCTGAAAGATTAAAAGCGTCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAAATTCTGAAAGTGAATACAGTAGGTCAGAAATAACTCTAGTAGGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124785 AAAATTCTGAAAGTGAATACAGTAGGTCAGAAATAACTCTAGTAGGCATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGTAAGAAAAGTGCAGAGCATTTTAAGAGAAAATTTGCCAAATCAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124835 AGTAAGAAAAGTGCAGAGCATTTTAAGAGAAAATTTGCCAAATCAAACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGTGTCTAGGTCAGTGTCTAGTTCAGTGCAGGTGTGTCCTGAAGTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124885 AGTGTCTAGGTCAGTGTCTAGTTCAGTGCAGGTGTGTCCTGAAGTTGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGAGAAACTTACTTAAAGTTTTGAAGGAGACTTTGATTGAGTGGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124935 AGAGAAACTTACTTAAAGTTTTGAAGGAGACTTTGATTGAGTGGAAGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAAGAAACATTGAGGTTTTTGTATGGCCAGAATTATGCTTCTGTGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124985 GAAGAAACATTGAGGTTTTTGTATGGCCAGAATTATGCTTCTGTGTGTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GAAACCCGAAGCCTCTCTGGTTAAAGAAGAACTTGATGAAGATGACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125035 GAAACCCGAAGCCTCTCTGGTTAAAGAAGAACTTGATGAAGATGACATAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCTCAGATCCAGATAGTCATTTCCCTGCCTGGAGGGAATCTCAGAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125085 TCTCAGATCCAGATAGTCATTTCCCTGCCTGGAGGGAATCTCAGAACAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTGGATGAGTCTTTACCTTTTAGGGGCTCAGGTACAGCCATTAAACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125135 TTGGATGAGTCTTTACCTTTTAGGGGCTCAGGTACAGCCATTAAACCACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GCCAAGTTACGAGAATTTGAAAAAAGAAACTGAAAAGTTAAATCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125185 GCCAAGTTACGAGAATTTGAAAAAAGAAACTGAAAAGTTAAATCTGAGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TCAGGGAGTTTTACAGAGGACGGTATGTTTTGGGTGAAGAAACCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125235 TCAGGGAGTTTTACAGAGGACGGTATGTTTTGGGTGAAGAAACCACCAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TCACAAGACTCAGAAGAG         CATGATTCCACCTTTCCACTGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 125285 TCACAAGACTCAGAAGAGGTA...CAGCATGATTCCACCTTTCCACTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AGACTCAAGTTCCCAGAACCAGATTAGAAAACGCATCGTACTTGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134341 AGACTCAAGTTCCCAGAACCAGATTAGAAAACGCATCGTACTTGAAAAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGAGTAAAGT         GTTGCCTGGGCTTCTGGTTCCTCTTCAGATT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 134391 TGAGTAAAGTGTA...CAGGTTGCCTGGGCTTCTGGTTCCTCTTCAGATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ACATTGGGAGATATTTACACACAACTTAAAAATCTTGTTCGAACTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137305 ACATTGGGAGATATTTACACACAACTTAAAAATCTTGTTCGAACTTTCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620          GTTAACAAATAGAAATATTATACACAAACCTGCGGAATGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137355 GTT...CAGGTTAACAAATAGAAATATTATACACAAACCTGCGGAATGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CTTTAATTGCTATGGTGTTGCTGTCATT         ACTGACCCCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 146814 CTTTAATTGCTATGGTGTTGCTGTCATTGTA...CAGACTGACCCCAATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CTTGGCATTCAGAAACATTCTCAGGAAGGTATGGTGTTTACACGGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181664 CTTGGCATTCAGAAACATTCTCAGGAAGGTATGGTGTTTACACGGTTTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AGACACCCTCCTTGAAGAATTACATCTAAAAAATGAAGACCTTGAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181714 AGACACCCTCCTTGAAGAATTACATCTAAAAAATGAAGACCTTGAAAGTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .
   1802 TAACCATCATATTTAGAACCAGCTGTTTACCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181764 TAACCATCATATTTAGAACCAGCTGTTTACCAGAG