seq1 = pF1KE9289.tfa, 912 bp
seq2 = pF1KE9289/gi568815587f_124124693.tfa (gi568815587f:124124693_124365793), 241101 bp

>pF1KE9289 912
>gi568815587f:124124693_124365793 (Chr11)

1-912  (100001-100912)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTTTTCTTTCCTCCGTAGAAACTGACCAAAGGAAAATGTCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTTTTCTTTCCTCCGTAGAAACTGACCAAAGGAAAATGTCAGCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAACCATTCCTCAGTGACTGAGTTCATTCTGGCTGGGCTCTCAGAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAACCATTCCTCAGTGACTGAGTTCATTCTGGCTGGGCTCTCAGAACAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGAGCTCCAGCTGCGCCTCTTCCTCCTGTTCTTAGGAATCTATGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGAGCTCCAGCTGCGCCTCTTCCTCCTGTTCTTAGGAATCTATGTGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACAGTGGTGGGCAACTTGAGCATGATCACACTGATTGGGCTCAGTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACAGTGGTGGGCAACTTGAGCATGATCACACTGATTGGGCTCAGTTCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGCATACCCCCATGTACTATTTCCTCAGTGGTCTGTCCTTCATTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100201 CCTGCATACCCCCATGTACTATTTCCTCAGTGGTCTGTCCTTCATTGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTGCCATTCCACTATCATTACCCCCAAAATGCTGGTGAACTTTGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCTGCCATTCCACTATCATTACCCCCAAAATGCTGGTGAACTTTGTGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGAAGAACATCATCTCCTACCCTGAATGCATGACTCAGCTTTACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGAAGAACATCATCTCCTACCCTGAATGCATGACTCAGCTTTACTTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTCATTTTTGCTATTGCAGAGTGTCACATGTTGGCTGTAACGGCATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTCATTTTTGCTATTGCAGAGTGTCACATGTTGGCTGTAACGGCATATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCGCTATGTTGCCATCTGCAGCCCCTTGCTGTACAATGTCATCATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCGCTATGTTGCCATCTGCAGCCCCTTGCTGTACAATGTCATCATGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATCACCACTGCTTCTGGCTCACAGTGGGAGTTTACATTTTAGGCATCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100451 TATCACCACTGCTTCTGGCTCACAGTGGGAGTTTACGTTTTAGGCATCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGATCTACAATTCACACCGGCTTTATGTTGAGACTCTTTTTGTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGATCTACAATTCACACCGGCTTTATGTTGAGACTCTTTTTGTGCAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTAATGTGATTAACCATTATTTTTGTGATCTCTTCCCTCTCTTGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTAATGTGATTAACCATTATTTTTGTGATCTCTTCCCTCTCTTGGGGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TCCTGCTCCAGCACCTACATCAATGAATTACTGGTTCTGGTCTTGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TCCTGCTCCAGCACCTACATCAATGAATTACTGGTTCTGGTCTTGAGTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATTTAACATCCTGACGCCTGCCTTAACCATCCTTGCTTCTTACATCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATTTAACATCCTGACGCCTGCCTTAACCATCCTTGCTTCTTACATCTTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCATTGCCAGCATCCTCCGCATTCGCTCCACTGAGGGCAGGTCCAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCATTGCCAGCATCCTCCGCATTCGCTCCACTGAGGGCAGGTCCAAAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTCAGCACTTGCAGCTCCCACATCTTGGCTGTTGCTGTTTTCTTTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTCAGCACTTGCAGCTCCCACATCTTGGCTGTTGCTGTTTTCTTTGGGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCAGCATTCATGTACCTGCAGCCATCATCTGTCAGCTCCATGGACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100801 TGCAGCATTCATGTACCTGCAGCCATCATCTGTCAGCTCCATGGACCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGAAAGTGTCCTCTGTGTTTTATACTATTGTTGTGCCCATGCTGAACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
 100851 GGAAAGTGTCCTCTGTGTTTTATACTACTATTGTGCCCATGCTGAACCCC

    900     .    :
    901 CAATCTATAGCC
        ||||||||||||
 100901 CAATCTATAGCC