seq1 = pF1KE9287.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KE9287/gi568815579f_17168807.tfa (gi568815579f:17168807_17379045), 210239 bp

>pF1KE9287 987
>gi568815579f:17168807_17379045 (Chr19)

1-285  (100001-100285)   100% ->
286-344  (102791-102849)   100% ->
345-465  (105098-105218)   100% ->
466-544  (105301-105379)   100% ->
545-569  (106995-107019)   100% ->
570-699  (107689-107818)   100% ->
700-786  (108017-108103)   100% ->
787-987  (110039-110239)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGTGGCAGAGCCCAGCAGCCCCACTGAAGAGGAGGAGGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGTGGCAGAGCCCAGCAGCCCCACTGAAGAGGAGGAGGAGGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCACTCGGCAGAGCCTCGGCCCCGCACTCGCTCCAATCCTGAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCACTCGGCAGAGCCTCGGCCCCGCACTCGCTCCAATCCTGAAGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAGGACCGGGCAGTAGGGGCACAGGCCAGCGTGGGCAGCCGCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGAGGACCGGGCAGTAGGGGCACAGGCCAGCGTGGGCAGCCGCAGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGTGAGGGTGAGGCCGCCAGTGCTGATGATGGGAGCCTCAACACTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTGAGGGTGAGGCCGCCAGTGCTGATGATGGGAGCCTCAACACTTCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCCGGCCCTAAGTCCTGGCAGGTGCCCCCGCCAGCCCCTGAGGTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCCGGCCCTAAGTCCTGGCAGGTGCCCCCGCCAGCCCCTGAGGTCCAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCGGACACCAAGGGTCAACTGTCCAGAGAAAGTG         ATTATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100251 TTCGGACACCAAGGGTCAACTGTCCAGAGAAAGTGGTA...CAGATTATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCCTGGACCTGTCAGAGGAAATGTCACTGCCAAAGCTGGAGTCGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102797 TGCCTGGACCTGTCAGAGGAAATGTCACTGCCAAAGCTGGAGTCGTTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGG         CTCCAAAACCAACGCCCTCAATGTCTCCCAGAAGATGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102847 CGGGTA...CAGCTCCAAAACCAACGCCCTCAATGTCTCCCAGAAGATGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGAGATGTTCGTGCGGACAAAACACAAGATCGACAAAAGCCACGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105136 TTGAGATGTTCGTGCGGACAAAACACAAGATCGACAAAAGCCACGAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCACTGGTGGTGGTGAACGATGACACGGCCTGG         CTGTCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105186 GCACTGGTGGTGGTGAACGATGACACGGCCTGGGTG...CAGCTGTCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCTGACCTCCGACCCCCGCGAGCTCTGTAGCTGCCTCTATGATCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105309 CCTGACCTCCGACCCCCGCGAGCTCTGTAGCTGCCTCTATGATCTGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGGCCTCCTGTTCCACCTTCA         ATCTGGAAGGACTTTTCAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105359 CGGCCTCCTGTTCCACCTTCAGTA...CAGATCTGGAAGGACTTTTCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTCAT         CCAGCAGAAAACTGAGCTTCCGGTCACAGAGAACGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107015 CTCATGTA...CAGCCAGCAGAAAACTGAGCTTCCGGTCACAGAGAACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGACGATTCCCCCGCCATATGTGGTCCGCACCATCCTTGTCTACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107725 GCAGACGATTCCCCCGCCATATGTGGTCCGCACCATCCTTGTCTACAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTCCACCTTGCCAGCCCCAGTTCTCCTTGACGGAGCCCATGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107775 GTCCACCTTGCCAGCCCCAGTTCTCCTTGACGGAGCCCATGAAGGTG...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700    AAAATGTTCCAGTGCCCATATTTCTTCTTTGACGTTGTTTACATCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108014 CAGAAAATGTTCCAGTGCCCATATTTCTTCTTTGACGTTGTTTACATCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAATGGCACTGAGGAGAAGGAGGAGGAGATGAGTTGGAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108064 CAATGGCACTGAGGAGAAGGAGGAGGAGATGAGTTGGAAGGTG...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATATGTTTGCCTTCATGGGCAGCCTGGATACCAAGGGTACCAGCTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 110040 ATATGTTTGCCTTCATGGGCAGCCTGGATACCAAGGGTACCAGCTACAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TATGAGGTGGCACTGGCTGGGCCAGCCCTGGAGTTGCACAACTGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110090 TATGAGGTGGCACTGGCTGGGCCAGCCCTGGAGTTGCACAACTGCATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAACTGTTGGCCCACCCCCTGCAGCGGCCTTGCCAGAGCCATGCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110140 GAAACTGTTGGCCCACCCCCTGCAGCGGCCTTGCCAGAGCCATGCTTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACAGCCTGCTGGAGGAGGAGGATGAAGCCATTGAGGTTGAGGCCACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110190 ACAGCCTGCTGGAGGAGGAGGATGAAGCCATTGAGGTTGAGGCCACTGTC