seq1 = pF1KE9284.tfa, 981 bp
seq2 = pF1KE9284/gi568815591f_99989014.tfa (gi568815591f:99989014_100191786), 202773 bp

>pF1KE9284 981
>gi568815591f:99989014_100191786 (Chr7)

1-76  (99978-100053)   100% ->
77-202  (100277-100402)   100% ->
203-334  (100602-100733)   100% ->
335-423  (101386-101474)   98% ->
424-486  (101579-101641)   100% ->
487-534  (101889-101936)   100% ->
535-649  (102025-102139)   100% ->
650-742  (102225-102317)   100% ->
743-843  (102407-102507)   100% ->
844-981  (102636-102773)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCTGCAGCTACGAACGGGACCGGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99978 ATGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCTGCAGCTACGAACGGGACCGGAGGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGGGATGGAGGTGGATGCAGCAG         TAGTCCCCAGCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100028 CAGCGGGATGGAGGTGGATGCAGCAGGTA...TAGTAGTCCCCAGCGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCCTGCGGAGTGACTGGGAGTGTTTCCGTCGCTCTCCATCCCCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100292 TGGCCTGCGGAGTGACTGGGAGTGTTTCCGTCGCTCTCCATCCCCTTGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTCTCAACATCTCAGACCACTGGATCCGCATGCGCTCCCAGGAGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100342 ATTCTCAACATCTCAGACCACTGGATCCGCATGCGCTCCCAGGAGGGGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCCTGTGCAGG         TGATTGGGGCTCTGATTGGCAAGCAGGAGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100392 GCCTGTGCAGGGTG...CAGTGATTGGGGCTCTGATTGGCAAGCAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCGAAATATCGAGGTGATGAACTCCTTTGAGCTGCTGTCCCACACCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100632 GCCGAAATATCGAGGTGATGAACTCCTTTGAGCTGCTGTCCCACACCGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGAGAAGATTATCATTGACAAGGAATATTATTACACCAAGGAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100682 GAAGAGAAGATTATCATTGACAAGGAATATTATTACACCAAGGAGGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GT         TCAAACAGGTGTTCAAGGAGCTGGAGTTTCTGGGTTGGT
        ||>>>...>>>| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100732 GTGTG...TAGTTAAACAGGTGTTCAAGGAGCTGGAGTTTCTGGGTTGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATACCACAGGGGGGCCACCTGACCCCTCGGACATCCACGTCCATAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101425 ATACCACAGGGGGGCCACCTGACCCCTCGGACATCCACGTCCATAAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424          GTGTGTGAGATCATCGAGAGCCCCCTCTTTCTGAAGTTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101475 GTA...CAGGTGTGTGAGATCATCGAGAGCCCCCTCTTTCTGAAGTTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCCTATGACCAAGCACACAGAT         CTTCCTGTCAGCGTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101620 CCCTATGACCAAGCACACAGATGTG...CAGCTTCCTGTCAGCGTTTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGTCTGTCATTGATATAATCAATGGAGAG         GCCACAATGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 101908 AGTCTGTCATTGATATAATCAATGGAGAGGTA...TAGGCCACAATGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TTTGCTGAGCTGACCTACACTCTGGCCACAGAGGAAGCGGAACGCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 TTTGCTGAGCTGACCTACACTCTGGCCACAGAGGAAGCGGAACGCATTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTAGACCACGTAGCCCGAATGACAGCAACAGGCAGTGGAGAGAACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102087 TGTAGACCACGTAGCCCGAATGACAGCAACAGGCAGTGGAGAGAACTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTG         TGGCTGAACACCTGATAGCACAGCACAGCGCCATCAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102137 CTGGTA...CAGTGGCTGAACACCTGATAGCACAGCACAGCGCCATCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATGCTGCACAGCCGCGTCAAGCTCATCTTGGAGTACGTCAAGGCCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102263 ATGCTGCACAGCCGCGTCAAGCTCATCTTGGAGTACGTCAAGGCCTCTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGCGG         GAGAGGTCCCCTTTAATCATGAGATCCTGCGGGAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102313 AGCGGGTA...TAGGAGAGGTCCCCTTTAATCATGAGATCCTGCGGGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CCTATGCTCTGTGTCACTGTCTCCCGGTGCTCAGCACAGACAAGTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102443 CCTATGCTCTGTGTCACTGTCTCCCGGTGCTCAGCACAGACAAGTTCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACAGATTTTTATGAT         CAATGCAACGACGTGGGGCTCATGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102493 ACAGATTTTTATGATGTG...CAGCAATGCAACGACGTGGGGCTCATGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CTACCTCGGCACCATCACCAAAACGTGCAACACCATGAACCAGTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102662 CTACCTCGGCACCATCACCAAAACGTGCAACACCATGAACCAGTTTGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ACAAGTTCAATGTCCTCTACGACCGACAAGGCATCGGCAGGAGAATGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102712 ACAAGTTCAATGTCCTCTACGACCGACAAGGCATCGGCAGGAGAATGCGC

   1050     .    :
    970 GGGCTCTTTTTC
        ||||||||||||
 102762 GGGCTCTTTTTC