seq1 = pF1KE9283.tfa, 576 bp
seq2 = pF1KE9283/gi568815597r_154825132.tfa (gi568815597r:154825132_155036685), 211554 bp

>pF1KE9283 576
>gi568815597r:154825132_155036685 (Chr1)

(complement)

1-95  (100001-100095)   100% ->
96-159  (104271-104334)   100% ->
160-312  (107510-107662)   100% ->
313-442  (110203-110332)   100% ->
443-576  (111421-111554)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCGCTGGGAGGCGCCCCGCGGCTGGTACTGCTGTTCAGCGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCCGCTGGGAGGCGCCCCGCGGCTGGTACTGCTGTTCAGCGGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGGAAATCCGGGAAGGACTTCGTGACCGAGGCGCTGCAGAGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100051 GAGGAAATCCGGGAAGGACTTCGTGACCGAGGCGCTGCAGAGCAGGTG..

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96     ACTTGGAGCTGATGTCTGTGCTGTCCTCCGGCTCTCTGGTCCACTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 .CAGACTTGGAGCTGATGTCTGTGCTGTCCTCCGGCTCTCTGGTCCACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGAACAGTATGCTCAG         GAGCATGGCTTGAACTTCCAGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104317 AAGGAACAGTATGCTCAGGTA...CAGGAGCATGGCTTGAACTTCCAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTCCTGGACACCAGCACCTACAAGGAGGCCTTTCGGAAGGACATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107533 ACTCCTGGACACCAGCACCTACAAGGAGGCCTTTCGGAAGGACATGATCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTGGGGAGAGGAGAAACGCCAGGCTGACCCAGGCTTCTTTTGCAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107583 GCTGGGGAGAGGAGAAACGCCAGGCTGACCCAGGCTTCTTTTGCAGGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTGTGGAGGGCATCTCCCAGCCCATCTGG         CTGGTGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 107633 ATTGTGGAGGGCATCTCCCAGCCCATCTGGGTA...CAGCTGGTGAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACACGGAGAGTGTCTGACATCCAGTGGTTTCGGGAGGCCTATGGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110214 CACACGGAGAGTGTCTGACATCCAGTGGTTTCGGGAGGCCTATGGGGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACGCAGACGGTCCGCGTTGTAGCGTTGGAGCAGAGCCGACAGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110264 TGACGCAGACGGTCCGCGTTGTAGCGTTGGAGCAGAGCCGACAGCAGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCTGGGTGTTCACGCCAG         GGGTGGACGATGCTGAGTCAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110314 GGCTGGGTGTTCACGCCAGGTG...TAGGGGTGGACGATGCTGAGTCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATGTGGCCTGGACAACTTCGGGGACTTTGACTGGGTCATCGAGAACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111443 ATGTGGCCTGGACAACTTCGGGGACTTTGACTGGGTCATCGAGAACCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGTTGAACAGCGCCTGGAGGAGCAGTTGGAGAACCTGATAGAATTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111493 GAGTTGAACAGCGCCTGGAGGAGCAGTTGGAGAACCTGATAGAATTTATC

    600     .    :
    565 CGCTCCAGACTT
        ||||||||||||
 111543 CGCTCCAGACTT