seq1 = pF1KE9281.tfa, 627 bp
seq2 = pF1KE9281/gi568815596f_236985965.tfa (gi568815596f:236985965_237197739), 211775 bp

>pF1KE9281 627
>gi568815596f:236985965_237197739 (Chr2)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-149  (101163-101233)   100% ->
150-198  (102641-102689)   100% ->
199-331  (103898-104030)   100% ->
332-439  (108126-108233)   100% ->
440-502  (109858-109920)   100% ->
503-550  (110858-110905)   100% ->
551-627  (111699-111775)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGTGGCGGTGATGGCGGAAAGCGCCTTTAGTTTCAAAAAGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGTGGCGGTGATGGCGGAAAGCGCCTTTAGTTTCAAAAAGTTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATCAGTGCGAGAACCAGGAGCTCGAG         GCCCCTGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 GGATCAGTGCGAGAACCAGGAGCTCGAGGTA...TAGGCCCCTGGAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGCTACACCCCCAGTGTATGGTCAGCTTCTAGCTTTATATTTGCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101176 TTGCTACACCCCCAGTGTATGGTCAGCTTCTAGCTTTATATTTGCTCCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATGACAT         GAATAATGCAAGATATCTTTGGAAAAGAATACC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101226 AATGACATGTA...TAGGAATAATGCAAGATATCTTTGGAAAAGAATACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACCTGCTATAAAATCT         GCAAATTCTGAACTTGGGGGAATTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102674 ACCTGCTATAAAATCTGTA...CAGGCAAATTCTGAACTTGGGGGAATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GGTCAGTAGGACAAAGAATCTGGCAGAGAGATTTCCCTGGGATCTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103923 GGTCAGTAGGACAAAGAATCTGGCAGAGAGATTTCCCTGGGATCTATACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACCATCAACGCTCACCAGTGGTCTGAGACGGTCCAGCCAATTATGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103973 ACCATCAACGCTCACCAGTGGTCTGAGACGGTCCAGCCAATTATGGAAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTTAGAG         ATGCAACAAGGAGACGCGCCTTTGCCCTGGTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104023 ACTTAGAGGTA...TAGATGCAACAAGGAGACGCGCCTTTGCCCTGGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTCAAGCGTATACTTCAATCATCGCCGATGATTTTGCAGCCTTTGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108159 CTCAAGCGTATACTTCAATCATCGCCGATGATTTTGCAGCCTTTGTTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTCCTGTAGAAGAGGCTGTGAAAG         GCATATTAGAACAAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108209 CTTCCTGTAGAAGAGGCTGTGAAAGGTA...TAGGCATATTAGAACAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATGGCAAGCTGATTCCACCACAAGAATGGTTCTGCCCAGAAAGCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109874 ATGGCAAGCTGATTCCACCACAAGAATGGTTCTGCCCAGAAAGCCAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    503       TTGCAGGGGCCCTGGATGTTTCCTTTAACAAGTTTATTCCCTTA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109924 ...TAGTTGCAGGGGCCCTGGATGTTTCCTTTAACAAGTTTATTCCCTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCAG         AGCCTGCTCCAGTTCCCCCAATACCCAATGAACAGCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110902 TCAGGTA...CAGAGCCTGCTCCAGTTCCCCCAATACCCAATGAACAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GTTAGCCAGACTGACGGATTATGTGGCTTTCCTTGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111736 GTTAGCCAGACTGACGGATTATGTGGCTTTCCTTGAAAAC