seq1 = pF1KE9280.tfa, 1128 bp
seq2 = pF1KE9280/gi568815589r_128722768.tfa (gi568815589r:128722768_128929156), 206389 bp

>pF1KE9280 1128
>gi568815589r:128722768_128929156 (Chr9)

(complement)

1-36  (99377-99412)   100% ->
37-82  (100002-100047)   100% ->
83-208  (100297-100422)   100% ->
209-368  (101966-102125)   100% ->
369-458  (102528-102617)   98% ->
459-508  (102724-102773)   100% ->
509-639  (103005-103135)   100% ->
640-712  (104108-104180)   100% ->
713-811  (104288-104386)   100% ->
812-914  (104983-105085)   99% ->
915-1062  (105263-105410)   100% ->
1063-1128  (106324-106389)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAGCGCGGCAGGAAGCGGCCGTGCGGCCCG         GGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  99377 ATGGCGGAGCGCGGCAGGAAGCGGCCGTGCGGCCCGGTA...CAGGGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACACGGCCAAAGGATTGAGTGGCGAAAATGGAAGCAACAGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100007 ACACGGCCAAAGGATTGAGTGGCGAAAATGGAAGCAACAGAGTA...CAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AGAAAGAGGAGAAAAAAAAATGGAAGGATCTCAAGCTGATGAAAAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100297 AGAAAGAGGAGAAAAAAAAATGGAAGGATCTCAAGCTGATGAAAAAACTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGCGGCAGCGGGCACAGGAGGAACAGGCAAAGCGCCTGGAAGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100347 GAGCGGCAGCGGGCACAGGAGGAACAGGCAAAGCGCCTGGAAGAGGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCAGCGGCAGAGAAGGAGGACCGCG         GGCGGCCCTACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100397 GGCAGCGGCAGAGAAGGAGGACCGCGGTG...CAGGGCGGCCCTACACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGAGCGTAGCCCTGCCGGGCTCCATCCTGGACAATGCTCAGTCGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101981 TGAGCGTAGCCCTGCCGGGCTCCATCCTGGACAATGCTCAGTCGCCGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTTCGCACCTACTTGGCCGGTCAGATTGCCAGAGCCTGTGCCATCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102031 CTTCGCACCTACTTGGCCGGTCAGATTGCCAGAGCCTGTGCCATCTTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTGGATGAGATCGTGGTGTTTGATGAGGAGGGCCAGGATGCCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102081 TGTGGATGAGATCGTGGTGTTTGATGAGGAGGGCCAGGATGCCAAGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369     GACTGTGGAGGGGGAATTCAGAGGAGTTGGGAAGAAGGGGCAGGCG
        .>>>|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 102131 .CAGGACTGTGGAGGGGGAATTCACAGGAGTTGGGAAGAAGGGGCAGGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGCGTACAGCTGGCCCGGATCCTGCAGTACCTGGAGTGTCCACA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102574 TGCGTACAGCTGGCCCGGATCCTGCAGTACCTGGAGTGTCCACAGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    459    GTACCTGAGGAAGGCGTTCTTCCCCAAGCACCAGGATCTACAGTTTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102721 TAGGTACCTGAGGAAGGCGTTCTTCCCCAAGCACCAGGATCTACAGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CAG         GGCTCCTGAACCCCCTGGACAGCCCCCACCACATGCGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102771 CAGGTA...CAGGGCTCCTGAACCCCCTGGACAGCCCCCACCACATGCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CAGGATGAGGAATCCGAGTTCCGAGAGGGCATCGTGGTGGATCGGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103043 CAGGATGAGGAATCCGAGTTCCGAGAGGGCATCGTGGTGGATCGGCCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCGGCCAGGCCACGGCTCCTTTGTCAACTGTGGCATGAAAAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103093 CCGGCCAGGCCACGGCTCCTTTGTCAACTGTGGCATGAAAAAGGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    640   GAGGTGAAGATTGACAAGAACCTGGAGCCCGGGCTTCGGGTGACTGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104106 AGGAGGTGAAGATTGACAAGAACCTGGAGCCCGGGCTTCGGGTGACTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CGACTGAACCAGCAGCAGCACCCAG         ACTGCAAGACCTACCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104156 CGACTGAACCAGCAGCAGCACCCAGGTA...CAGACTGCAAGACCTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGGCAAAGTGGTATCATCGCAGGACCCTCGCACCAAAGCTGGTCTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104304 TGGCAAAGTGGTATCATCGCAGGACCCTCGCACCAAAGCTGGTCTCTACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GGGGCTACACCGTCCGACTGGCTTCCTGCCTCA         GTGCTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104354 GGGGCTACACCGTCCGACTGGCTTCCTGCCTCAGTA...CAGGTGCTGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTTGCTGAGGCCCCCTTCCAAGATGGGTATGACCTGACCATCGGGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104991 TTTGCTGAGGCCCCCTTCCAAGATGGGTATGACCTGACCATCGGGACGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 AGAGCGCGGCTCAGATGTGGCTTCTGCCCAGCTTCCCAACTTCAG     
        ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||>>>..
 105041 AGAGCGCGGCTCAGATGTGGCCTCTGCCCAGCTTCCCAACTTCAGGTG..

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915     GCATGCTCTTGTGGTGTTCGGGGGCCTCCAGGGTCTGGAAGCTGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105091 .CAGGCATGCTCTTGTGGTGTTCGGGGGCCTCCAGGGTCTGGAAGCTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GCGGATGCTGACCCCAACCTGGAGGTGGCTGAACCCAGTGTCCTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105309 GCGGATGCTGACCCCAACCTGGAGGTGGCTGAACCCAGTGTCCTCTTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCTGTACGTCAATACCTGTCCTGGCCAGGGTAGCCGTACCATCCGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105359 CCTGTACGTCAATACCTGTCCTGGCCAGGGTAGCCGTACCATCCGCACGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AG         GAAGCCATCCTCATCTCCCTGGCCGCCCTGCAGCCTGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105409 AGGTG...CAGGAAGCCATCCTCATCTCCCTGGCCGCCCTGCAGCCTGGC

   1200     .    :    .    :    .
   1102 CTCATCCAGGCGGGTGCCCGGCACACC
        |||||||||||||||||||||||||||
 106363 CTCATCCAGGCGGGTGCCCGGCACACC